MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis Ia/SotonIa3 complete genome

Total Repeats: 342

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020940	AAGG	2	8	1909	1916	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020940	GGAG	2	8	6906	6913	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020940	TATG	2	8	7555	7562	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020940	ATTT	2	8	7696	7703	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020940	TTTG	2	8	7788	7795	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020940	TATT	2	8	9910	9917	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020940	AGAA	2	8	11802	11809	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020940	AAGG	2	8	14037	14044	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020940	CAAA	2	8	16671	16678	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_020940	CGCT	2	8	21867	21874	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
11	NC_020940	TTAA	2	8	21888	21895	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020940	GTTA	2	8	21925	21932	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020940	GATC	2	8	21980	21987	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_020940	ATTG	2	8	28537	28544	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020940	TGTT	2	8	44415	44422	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020940	AATA	2	8	44653	44660	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020940	AAGT	2	8	48575	48582	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020940	TATT	2	8	52669	52676	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020940	GTTT	2	8	54529	54536	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020940	TGTT	2	8	54537	54544	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020940	TAAT	2	8	54582	54589	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020940	CAGA	2	8	61280	61287	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_020940	ACAA	2	8	67930	67937	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
24	NC_020940	AAGG	2	8	68028	68035	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020940	GATA	2	8	72509	72516	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020940	TCTA	2	8	77168	77175	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
27	NC_020940	GTTT	2	8	79943	79950	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020940	ATTC	2	8	80146	80153	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_020940	GGTT	2	8	80296	80303	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020940	GTTT	2	8	88602	88609	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020940	TTTA	2	8	88625	88632	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020940	GTTT	2	8	88637	88644	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020940	GTTT	2	8	88688	88695	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020940	AACA	2	8	88701	88708	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_020940	GAAT	2	8	90955	90962	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020940	AAGT	2	8	90987	90994	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020940	AAAT	2	8	94233	94240	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020940	CATT	2	8	94880	94887	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_020940	TATT	2	8	98263	98270	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020940	AAGA	2	8	107250	107257	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020940	ATTG	2	8	118486	118493	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020940	CTGG	2	8	120949	120956	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
43	NC_020940	GTTT	2	8	135448	135455	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020940	ATCT	2	8	152166	152173	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
45	NC_020940	GCTG	2	8	152205	152212	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
46	NC_020940	TGTT	2	8	157778	157785	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020940	AAAG	2	8	158621	158628	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020940	TTTA	2	8	158630	158637	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020940	TAAT	2	8	158747	158754	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020940	TAAT	2	8	159583	159590	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020940	GCTT	2	8	162219	162226	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
52	NC_020940	CTTC	2	8	166290	166297	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
53	NC_020940	TTAG	2	8	170698	170705	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020940	AAAC	2	8	172445	172452	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_020940	GTAT	2	8	173627	173634	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020940	GGAA	2	8	178815	178822	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020940	TTCC	2	8	181645	181652	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
58	NC_020940	AAAC	2	8	181748	181755	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
59	NC_020940	AAAG	2	8	183023	183030	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020940	AAGA	2	8	183041	183048	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020940	AAAG	2	8	183221	183228	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020940	AAAC	2	8	188421	188428	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
63	NC_020940	GGAC	2	8	188780	188787	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
64	NC_020940	ATGC	2	8	193615	193622	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
65	NC_020940	CTTT	2	8	193756	193763	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_020940	ATTT	2	8	197200	197207	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020940	ACGA	2	8	203318	203325	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_020940	GAAA	2	8	203604	203611	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020940	CCTT	2	8	216738	216745	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_020940	CTAT	2	8	220465	220472	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
71	NC_020940	GCAA	2	8	220709	220716	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
72	NC_020940	AATT	2	8	222044	222051	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020940	CTTG	2	8	222393	222400	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
74	NC_020940	AAAC	2	8	226123	226130	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
75	NC_020940	TCCT	2	8	228748	228755	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
76	NC_020940	AAAT	2	8	244363	244370	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020940	AAGA	2	8	244382	244389	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020940	TTTC	2	8	246983	246990	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
79	NC_020940	TAAA	2	8	247817	247824	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020940	AATA	2	8	251475	251482	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020940	GAAA	2	8	253094	253101	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020940	GCAG	2	8	253143	253150	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
83	NC_020940	CCAA	2	8	255059	255066	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
84	NC_020940	AAAC	2	8	255666	255673	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
85	NC_020940	TAAA	2	8	265074	265081	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020940	CAAA	2	8	268009	268016	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
87	NC_020940	ATTT	2	8	274522	274529	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020940	GTTT	2	8	280364	280371	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020940	AAAG	2	8	280399	280406	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020940	TGCC	2	8	280887	280894	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
91	NC_020940	GGGA	2	8	284735	284742	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020940	TAAA	2	8	285877	285884	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020940	GATA	2	8	287537	287544	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020940	AATC	2	8	292662	292669	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_020940	ACAA	2	8	298429	298436	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
96	NC_020940	GCTT	2	8	299759	299766	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
97	NC_020940	CCCT	2	8	300326	300333	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
98	NC_020940	ACTA	2	8	302575	302582	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
99	NC_020940	TAAA	2	8	302798	302805	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020940	TCCA	2	8	305957	305964	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
101	NC_020940	TCCC	2	8	306159	306166	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
102	NC_020940	ATTG	2	8	307344	307351	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020940	AATA	2	8	318720	318727	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020940	TAAA	2	8	318741	318748	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020940	CAGA	2	8	318749	318756	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
106	NC_020940	AATA	2	8	318816	318823	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020940	CAAT	2	8	328440	328447	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
108	NC_020940	GCTA	2	8	329130	329137	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
109	NC_020940	TTAA	2	8	334473	334480	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020940	CAGT	2	8	334819	334826	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_020940	CAAG	2	8	341005	341012	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
112	NC_020940	TTTA	2	8	364512	364519	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020940	CAAA	2	8	364806	364813	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
114	NC_020940	TAGT	2	8	365116	365123	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020940	GCTT	2	8	369064	369071	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
116	NC_020940	TAAA	2	8	369342	369349	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020940	AAAT	2	8	370261	370268	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020940	CCTT	2	8	370283	370290	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
119	NC_020940	ATCT	2	8	370316	370323	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_020940	TAAA	2	8	382095	382102	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020940	TTTA	2	8	392062	392069	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020940	GATT	2	8	392821	392828	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020940	AATT	2	8	392870	392877	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020940	ATAA	2	8	392930	392937	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020940	TTAT	2	8	396263	396270	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020940	GCAA	2	8	396316	396323	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
127	NC_020940	TCAT	2	8	405610	405617	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_020940	CAAA	2	8	407746	407753	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
129	NC_020940	ATTT	2	8	417165	417172	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020940	AGAA	2	8	417175	417182	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020940	ATTA	2	8	418964	418971	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020940	TTCT	2	8	429022	429029	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
133	NC_020940	AACT	2	8	431254	431261	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
134	NC_020940	CAAA	2	8	431602	431609	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_020940	ACTC	2	8	436293	436300	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
136	NC_020940	AAAC	2	8	441325	441332	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_020940	AAAT	2	8	441467	441474	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_020940	TAAC	2	8	444033	444040	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
139	NC_020940	AATT	2	8	448897	448904	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_020940	AAAC	2	8	448910	448917	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
141	NC_020940	CTTC	2	8	449052	449059	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
142	NC_020940	TCTT	2	8	454717	454724	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_020940	TAAT	2	8	454730	454737	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_020940	GCAA	2	8	458384	458391	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
145	NC_020940	CTTT	2	8	465933	465940	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
146	NC_020940	TTCT	2	8	467374	467381	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
147	NC_020940	CAAA	2	8	467399	467406	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
148	NC_020940	AGAA	2	8	486363	486370	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
149	NC_020940	AACA	2	8	489960	489967	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
150	NC_020940	TAAA	2	8	490023	490030	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_020940	ATTT	2	8	503551	503558	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_020940	TATT	2	8	504467	504474	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.