MICAS: Microsatellite Analysis Server

All Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis Ia/SotonIa3 complete genome

Total Repeats: 2621

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_020940	CTT	2	6	188753	188758	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
502	NC_020940	GGAC	2	8	188780	188787	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
503	NC_020940	AAG	2	6	188890	188895	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
504	NC_020940	TTG	2	6	188912	188917	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
505	NC_020940	CAT	2	6	188922	188927	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
506	NC_020940	AT	3	6	193241	193246	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
507	NC_020940	TGT	2	6	193255	193260	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
508	NC_020940	ATGC	2	8	193615	193622	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
509	NC_020940	GTT	2	6	193623	193628	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
510	NC_020940	GCA	2	6	193676	193681	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
511	NC_020940	CTTT	2	8	193756	193763	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
512	NC_020940	AAG	2	6	193803	193808	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
513	NC_020940	T	6	6	193853	193858	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
514	NC_020940	ATT	2	6	193866	193871	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
515	NC_020940	T	6	6	193882	193887	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
516	NC_020940	TATGAA	2	12	195858	195869	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
517	NC_020940	AGA	2	6	195914	195919	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
518	NC_020940	AAC	2	6	195921	195926	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
519	NC_020940	ATA	2	6	195941	195946	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
520	NC_020940	T	6	6	195961	195966	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
521	NC_020940	TGA	2	6	196070	196075	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
522	NC_020940	CTC	2	6	196845	196850	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
523	NC_020940	CTA	2	6	197167	197172	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
524	NC_020940	ATTT	2	8	197200	197207	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
525	NC_020940	A	7	7	197686	197692	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
526	NC_020940	AG	3	6	197708	197713	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
527	NC_020940	AAT	2	6	197718	197723	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
528	NC_020940	T	8	8	197738	197745	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
529	NC_020940	T	6	6	197784	197789	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
530	NC_020940	TAC	2	6	197828	197833	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
531	NC_020940	ATT	2	6	197837	197842	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
532	NC_020940	A	8	8	200632	200639	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
533	NC_020940	CTT	2	6	200671	200676	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
534	NC_020940	A	8	8	200681	200688	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
535	NC_020940	TC	3	6	200699	200704	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
536	NC_020940	CTT	2	6	200708	200713	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
537	NC_020940	ACGA	2	8	203318	203325	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
538	NC_020940	CTAAG	2	10	203484	203493	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
539	NC_020940	T	6	6	203592	203597	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
540	NC_020940	GAAA	2	8	203604	203611	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
541	NC_020940	A	7	7	203609	203615	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
542	NC_020940	T	6	6	204382	204387	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
543	NC_020940	CAT	2	6	204411	204416	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
544	NC_020940	CT	3	6	204457	204462	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
545	NC_020940	AAT	2	6	204504	204509	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
546	NC_020940	TAG	2	6	204540	204545	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
547	NC_020940	AAT	2	6	204553	204558	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
548	NC_020940	AAG	2	6	204651	204656	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
549	NC_020940	CTT	2	6	204662	204667	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
550	NC_020940	GA	4	8	207516	207523	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
551	NC_020940	T	7	7	207546	207552	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
552	NC_020940	CT	4	8	207564	207571	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
553	NC_020940	A	6	6	207573	207578	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
554	NC_020940	CCTT	2	8	216738	216745	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
555	NC_020940	GAA	2	6	216760	216765	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
556	NC_020940	TTG	2	6	216777	216782	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
557	NC_020940	A	6	6	216789	216794	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
558	NC_020940	CTC	2	6	217556	217561	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
559	NC_020940	A	7	7	218805	218811	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
560	NC_020940	TAA	2	6	218812	218817	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
561	NC_020940	AG	4	8	218837	218844	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
562	NC_020940	A	6	6	218862	218867	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
563	NC_020940	GAA	2	6	218872	218877	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
564	NC_020940	TA	3	6	220391	220396	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
565	NC_020940	GTC	2	6	220410	220415	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
566	NC_020940	CTAT	2	8	220465	220472	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
567	NC_020940	T	6	6	220481	220486	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
568	NC_020940	ATT	2	6	220583	220588	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
569	NC_020940	TCT	2	6	220609	220614	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
570	NC_020940	GTC	2	6	220637	220642	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
571	NC_020940	TCC	2	6	220661	220666	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
572	NC_020940	ATG	2	6	220684	220689	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
573	NC_020940	GCAA	2	8	220709	220716	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
574	NC_020940	TTTTAC	2	12	221868	221879	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
575	NC_020940	A	7	7	221930	221936	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
576	NC_020940	TAA	2	6	221984	221989	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
577	NC_020940	ATTTC	2	10	222011	222020	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
578	NC_020940	CT	3	6	222032	222037	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
579	NC_020940	AATT	2	8	222044	222051	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
580	NC_020940	CTTG	2	8	222393	222400	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
581	NC_020940	T	6	6	222448	222453	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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584	NC_020940	CAATA	2	10	225134	225143	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
585	NC_020940	TAA	2	6	226107	226112	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
586	NC_020940	AAAC	2	8	226123	226130	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
587	NC_020940	T	8	8	228598	228605	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
588	NC_020940	TCCT	2	8	228748	228755	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
589	NC_020940	AGA	2	6	228800	228805	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
590	NC_020940	ATT	2	6	228837	228842	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
591	NC_020940	AAC	2	6	235239	235244	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
592	NC_020940	AGA	2	6	235266	235271	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
593	NC_020940	GAG	2	6	235283	235288	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
594	NC_020940	GCT	2	6	235335	235340	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
595	NC_020940	ACC	2	6	235344	235349	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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597	NC_020940	ACT	2	6	235439	235444	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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599	NC_020940	TC	3	6	239264	239269	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
600	NC_020940	AG	3	6	239290	239295	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
601	NC_020940	CAT	2	6	239359	239364	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
602	NC_020940	T	8	8	239366	239373	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
603	NC_020940	CA	3	6	244214	244219	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
604	NC_020940	AAAT	2	8	244363	244370	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
605	NC_020940	AAGA	2	8	244382	244389	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
606	NC_020940	GT	3	6	244431	244436	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
607	NC_020940	T	6	6	244442	244447	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
608	NC_020940	AAG	2	6	246973	246978	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
609	NC_020940	TTTC	2	8	246983	246990	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
610	NC_020940	TAAA	2	8	247817	247824	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
611	NC_020940	ATA	2	6	247839	247844	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
612	NC_020940	TTA	2	6	247860	247865	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
613	NC_020940	T	6	6	248816	248821	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
614	NC_020940	TACAA	2	10	248845	248854	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
615	NC_020940	ATA	2	6	248877	248882	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
616	NC_020940	GA	3	6	251298	251303	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
617	NC_020940	ACT	2	6	251358	251363	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
618	NC_020940	TG	3	6	251408	251413	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
619	NC_020940	AATA	2	8	251475	251482	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
620	NC_020940	T	6	6	251497	251502	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
621	NC_020940	T	7	7	251516	251522	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
622	NC_020940	A	6	6	251524	251529	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
623	NC_020940	ACA	2	6	251624	251629	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
624	NC_020940	CTT	2	6	251631	251636	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
625	NC_020940	AAG	2	6	251662	251667	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
626	NC_020940	GCA	2	6	251681	251686	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
627	NC_020940	TTG	2	6	251701	251706	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
628	NC_020940	CTC	2	6	252121	252126	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
629	NC_020940	CAA	2	6	252165	252170	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
630	NC_020940	AG	3	6	252210	252215	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
631	NC_020940	A	7	7	252216	252222	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
632	NC_020940	AAG	2	6	252233	252238	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
633	NC_020940	TCC	2	6	253073	253078	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
634	NC_020940	GAAA	2	8	253094	253101	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
635	NC_020940	T	7	7	253115	253121	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
636	NC_020940	GCAG	2	8	253143	253150	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
637	NC_020940	AG	3	6	253218	253223	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
638	NC_020940	TAT	2	6	253241	253246	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
639	NC_020940	ACA	2	6	253282	253287	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
640	NC_020940	A	6	6	253331	253336	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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642	NC_020940	A	6	6	254404	254409	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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