MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L1/440/LN complete genome

Total Repeats: 111

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020937	TATTT	2	10	7631	7640	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020937	GGTGT	2	10	13906	13915	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020937	AAAGA	2	10	33691	33700	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020937	TGCAA	2	10	42924	42933	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_020937	GAAGA	2	10	48537	48546	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020937	CTATT	2	10	50119	50128	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_020937	AATTT	2	10	54644	54653	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020937	AAAAG	2	10	69589	69598	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020937	CTTGC	2	10	72532	72541	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_020937	AAAAG	2	10	77282	77291	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020937	ATCAA	2	10	78980	78989	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_020937	TTTGT	2	10	85719	85728	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020937	AATAA	2	10	88718	88727	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020937	CTTTT	2	10	94790	94799	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_020937	ACAAA	2	10	98335	98344	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_020937	GCTCT	2	10	114615	114624	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_020937	TTGCA	2	10	137667	137676	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_020937	AAGAG	2	10	138919	138928	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020937	AAAAG	2	10	142140	142149	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020937	TTCTA	2	10	157928	157937	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_020937	CAAAA	2	10	162395	162404	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_020937	TGAGT	2	10	182961	182970	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020937	AGAAA	2	10	183325	183334	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020937	CGATA	2	10	188569	188578	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_020937	CTAAG	2	10	199234	199243	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_020937	ATTTC	2	10	217762	217771	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_020937	CAATA	2	10	220885	220894	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_020937	TACAA	2	10	244596	244605	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_020937	TTTCA	2	10	260725	260734	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_020937	AAAGC	2	10	295551	295560	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_020937	TGTTT	2	10	298430	298439	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020937	GCAAC	2	10	330456	330465	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_020937	CTTGT	2	10	330516	330525	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_020937	CCTTT	2	10	330975	330984	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
35	NC_020937	AAGGC	2	10	358729	358738	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_020937	GCTTC	2	10	360839	360848	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
37	NC_020937	AGTAG	2	10	360916	360925	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020937	TCTCT	2	10	364487	364496	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
39	NC_020937	AACAA	2	10	364870	364879	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_020937	AAAAC	2	10	365194	365203	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_020937	AAGCG	2	10	400709	400718	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_020937	TATCT	2	10	406237	406246	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_020937	GTATA	2	10	412956	412965	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020937	AGCAA	2	10	412992	413001	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_020937	AAAAT	2	10	414841	414850	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020937	CTCTT	2	10	424910	424919	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
47	NC_020937	TAAAA	2	10	427452	427461	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020937	AGAAA	2	10	433126	433135	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020937	CTCTT	2	10	433165	433174	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
50	NC_020937	GAAGA	2	10	433175	433184	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020937	AAATT	2	10	433454	433463	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020937	AATTT	2	10	433475	433484	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020937	TAAAA	2	10	461687	461696	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020937	CAAAA	2	10	482094	482103	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_020937	AATCT	2	10	499436	499445	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_020937	CTTCT	2	10	499649	499658	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
57	NC_020937	TTTCT	2	10	505036	505045	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_020937	CCTTT	2	10	506045	506054	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
59	NC_020937	TAAAA	2	10	511060	511069	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020937	AGGAA	2	10	513044	513053	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020937	ATGAA	2	10	513067	513076	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020937	TCCTC	2	10	514166	514175	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
63	NC_020937	TTGGA	2	10	520507	520516	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020937	CAAAA	2	10	521273	521282	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_020937	TTTTC	2	10	533737	533746	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_020937	AAAAG	2	10	555004	555013	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020937	GAAAA	2	10	562186	562195	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020937	ATTTT	2	10	563623	563632	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020937	ATACT	2	10	569696	569705	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_020937	TCCCC	2	10	572489	572498	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
71	NC_020937	AAAGG	2	10	578652	578661	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020937	TTTCC	2	10	626269	626278	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
73	NC_020937	TTATT	2	10	645998	646007	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020937	TCGTC	2	10	647101	647110	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
75	NC_020937	AGAAA	2	10	679667	679676	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020937	TTTAT	2	10	694664	694673	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020937	TCATG	2	10	694859	694868	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_020937	AAAAC	2	10	698971	698980	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_020937	GAAAA	2	10	704321	704330	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020937	TTATT	2	10	711383	711392	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020937	GAAGA	2	10	734284	734293	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020937	TTTCT	2	10	743797	743806	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_020937	AGAAT	2	10	757095	757104	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020937	AGGGG	2	10	757326	757335	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020937	AAAAG	2	10	777906	777915	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020937	AGGTA	2	10	781305	781314	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020937	TCCTT	2	10	782488	782497	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
88	NC_020937	CTCCA	2	10	782642	782651	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
89	NC_020937	TTTCT	2	10	801913	801922	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_020937	AGAAA	2	10	810445	810454	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020937	AAGAG	2	10	822285	822294	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020937	CTTTT	2	10	856609	856618	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_020937	AGAAA	2	10	860960	860969	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020937	CTTTT	2	10	878653	878662	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_020937	TAGAA	2	10	887122	887131	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020937	CTTTT	2	10	903156	903165	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_020937	TTTTA	2	10	903901	903910	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020937	AGAGC	2	10	906189	906198	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
99	NC_020937	AAGAG	2	10	925859	925868	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020937	GCTAG	2	10	925885	925894	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
101	NC_020937	TCGTT	2	10	934271	934280	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
102	NC_020937	TTCTT	2	10	937228	937237	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_020937	GCCTG	2	10	953587	953596	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
104	NC_020937	CTTCA	2	10	959068	959077	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
105	NC_020937	CTAGT	2	10	965926	965935	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_020937	TAAAA	2	10	981921	981930	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020937	ATAAA	2	10	981952	981961	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020937	TATTT	2	10	1005520	1005529	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020937	TAGAA	2	10	1016944	1016953	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020937	TTTTC	2	10	1035253	1035262	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_020937	TTTTA	2	10	1039234	1039243	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.