MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/Canada1 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 345

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020935	AAGG	2	8	1906	1913	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020935	GGAG	2	8	6903	6910	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020935	TATG	2	8	7552	7559	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020935	ATTT	2	8	7693	7700	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020935	TTTG	2	8	7785	7792	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020935	TATT	2	8	9908	9915	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020935	AGAA	2	8	11802	11809	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020935	AAGG	2	8	14038	14045	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020935	CAAA	2	8	16672	16679	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_020935	GCCA	2	8	21620	21627	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
11	NC_020935	CGCT	2	8	21868	21875	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
12	NC_020935	TTAA	2	8	21889	21896	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020935	GTTA	2	8	21926	21933	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020935	GATC	2	8	21981	21988	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_020935	ATTG	2	8	28539	28546	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020935	TGTT	2	8	44346	44353	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020935	AATA	2	8	44584	44591	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020935	AAGT	2	8	48506	48513	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020935	TATT	2	8	52770	52777	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020935	GTTT	2	8	54630	54637	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020935	TGTT	2	8	54638	54645	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020935	TAAT	2	8	54682	54689	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020935	CAGA	2	8	61352	61359	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_020935	ACAA	2	8	67996	68003	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_020935	AAGG	2	8	68094	68101	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020935	GATA	2	8	72563	72570	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020935	TCTA	2	8	77222	77229	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
28	NC_020935	GTTT	2	8	79996	80003	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020935	GGTT	2	8	80351	80358	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020935	GTTT	2	8	88663	88670	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020935	TTTA	2	8	88686	88693	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020935	GTTT	2	8	88698	88705	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020935	GTTT	2	8	88749	88756	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020935	AACA	2	8	88762	88769	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_020935	GAAT	2	8	91016	91023	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020935	AAGT	2	8	91048	91055	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020935	AAAT	2	8	94294	94301	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020935	CATT	2	8	94941	94948	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_020935	TATT	2	8	98320	98327	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020935	GATA	2	8	100209	100216	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020935	AAGA	2	8	107302	107309	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020935	CTGG	2	8	121016	121023	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
43	NC_020935	TTCC	2	8	123213	123220	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
44	NC_020935	AGCT	2	8	129282	129289	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
45	NC_020935	AGAA	2	8	129445	129452	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020935	GTTT	2	8	135591	135598	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020935	ATCT	2	8	152251	152258	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
48	NC_020935	GCTG	2	8	152290	152297	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
49	NC_020935	TGTT	2	8	157865	157872	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020935	AAAG	2	8	158707	158714	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020935	TTTA	2	8	158716	158723	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020935	TAAT	2	8	158833	158840	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020935	TAAT	2	8	159669	159676	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020935	GCTT	2	8	162314	162321	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
55	NC_020935	CTTC	2	8	166385	166392	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
56	NC_020935	TTAG	2	8	170793	170800	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020935	AAAC	2	8	172540	172547	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
58	NC_020935	GTAT	2	8	173722	173729	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020935	GGAA	2	8	178908	178915	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020935	TTGA	2	8	180094	180101	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020935	TTCC	2	8	181741	181748	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
62	NC_020935	TCTA	2	8	181809	181816	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
63	NC_020935	AATT	2	8	181943	181950	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020935	AAGA	2	8	183297	183304	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020935	TCGC	2	8	184159	184166	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
66	NC_020935	AAAC	2	8	188603	188610	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
67	NC_020935	GGAC	2	8	188962	188969	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
68	NC_020935	CTTT	2	8	190174	190181	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
69	NC_020935	ACGA	2	8	199044	199051	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_020935	GAAA	2	8	199330	199337	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020935	TAAA	2	8	200130	200137	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020935	CCTT	2	8	212464	212471	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
73	NC_020935	CTAT	2	8	216191	216198	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
74	NC_020935	GCAA	2	8	216435	216442	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_020935	AATT	2	8	217771	217778	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020935	CTTG	2	8	218120	218127	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
77	NC_020935	AAAC	2	8	221850	221857	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
78	NC_020935	TCCT	2	8	224474	224481	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
79	NC_020935	AAAT	2	8	240089	240096	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020935	AAGA	2	8	240108	240115	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020935	TTTC	2	8	242709	242716	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
82	NC_020935	TAAA	2	8	243543	243550	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020935	AATA	2	8	247202	247209	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020935	GCAG	2	8	248864	248871	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
85	NC_020935	CCAA	2	8	250795	250802	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_020935	AAAC	2	8	251403	251410	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
87	NC_020935	TAAA	2	8	260811	260818	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020935	CAAA	2	8	263746	263753	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
89	NC_020935	ATTT	2	8	270257	270264	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020935	GTTT	2	8	276099	276106	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020935	AAAG	2	8	276134	276141	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020935	TGCC	2	8	276622	276629	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
93	NC_020935	GGGA	2	8	280470	280477	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020935	TAAA	2	8	281612	281619	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020935	GATA	2	8	283273	283280	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020935	AATC	2	8	288398	288405	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
97	NC_020935	ACAA	2	8	294165	294172	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_020935	GCTT	2	8	295495	295502	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
99	NC_020935	CCCT	2	8	296062	296069	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
100	NC_020935	ACTA	2	8	298311	298318	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
101	NC_020935	TAAA	2	8	298534	298541	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020935	TCCA	2	8	301693	301700	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
103	NC_020935	TCCC	2	8	301895	301902	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
104	NC_020935	ATTG	2	8	303079	303086	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020935	AATA	2	8	314470	314477	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020935	TAAA	2	8	314491	314498	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020935	CAGA	2	8	314499	314506	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_020935	AATA	2	8	314566	314573	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020935	AATT	2	8	318482	318489	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020935	GCTA	2	8	324868	324875	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_020935	TTAA	2	8	330211	330218	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_020935	CAGT	2	8	330556	330563	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_020935	TTGT	2	8	330697	330704	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020935	CAAG	2	8	336740	336747	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
115	NC_020935	CGAT	2	8	344899	344906	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
116	NC_020935	TTTA	2	8	360196	360203	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020935	CAAA	2	8	360490	360497	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
118	NC_020935	TAGT	2	8	360799	360806	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020935	GCTT	2	8	364852	364859	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
120	NC_020935	TAAA	2	8	365132	365139	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020935	AAAT	2	8	366051	366058	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020935	ATCT	2	8	366106	366113	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
123	NC_020935	TAAA	2	8	377885	377892	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020935	TTTA	2	8	387853	387860	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020935	GATT	2	8	388612	388619	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020935	AATT	2	8	388661	388668	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020935	ATAA	2	8	388721	388728	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_020935	TTAT	2	8	392054	392061	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_020935	GCAA	2	8	392100	392107	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
130	NC_020935	TCAT	2	8	401397	401404	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
131	NC_020935	CAAA	2	8	403533	403540	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
132	NC_020935	ATTT	2	8	412950	412957	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020935	AGAA	2	8	412960	412967	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020935	ATTA	2	8	414749	414756	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_020935	GTAA	2	8	423144	423151	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
136	NC_020935	GAAA	2	8	423193	423200	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
137	NC_020935	TTCT	2	8	424812	424819	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_020935	AACT	2	8	427044	427051	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
139	NC_020935	CAAA	2	8	427391	427398	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
140	NC_020935	ACTC	2	8	432082	432089	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
141	NC_020935	AAAC	2	8	437114	437121	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
142	NC_020935	AAAT	2	8	437256	437263	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_020935	TAAC	2	8	439822	439829	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
144	NC_020935	AATT	2	8	444686	444693	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_020935	AAAC	2	8	444699	444706	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
146	NC_020935	CTTC	2	8	444841	444848	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
147	NC_020935	TCTT	2	8	450506	450513	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
148	NC_020935	TAAT	2	8	450519	450526	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_020935	GCAA	2	8	454173	454180	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
150	NC_020935	CTTT	2	8	461722	461729	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
151	NC_020935	TTCT	2	8	463163	463170	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
152	NC_020935	CAAA	2	8	463188	463195	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.