MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/Canada2 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 2623

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
2501	NC_020932	CTT	2	6	986726	986731	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2502	NC_020932	T	6	6	986733	986738	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2503	NC_020932	ATA	2	6	986768	986773	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2504	NC_020932	AT	3	6	986784	986789	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2505	NC_020932	AAT	2	6	986792	986797	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2506	NC_020932	GA	3	6	989595	989600	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2507	NC_020932	TTA	2	6	989607	989612	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2508	NC_020932	CT	3	6	989616	989621	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2509	NC_020932	T	8	8	989621	989628	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2510	NC_020932	GT	3	6	989629	989634	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
2511	NC_020932	CTAA	2	8	989650	989657	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
2512	NC_020932	TAAG	2	8	989665	989672	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
2513	NC_020932	A	6	6	989730	989735	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2514	NC_020932	AGA	2	6	989783	989788	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2515	NC_020932	A	6	6	992194	992199	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2516	NC_020932	AAG	2	6	992257	992262	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2517	NC_020932	T	8	8	992263	992270	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2518	NC_020932	GTA	2	6	992310	992315	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2519	NC_020932	A	6	6	992340	992345	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2520	NC_020932	TGA	2	6	993845	993850	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2521	NC_020932	TAT	2	6	993858	993863	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2522	NC_020932	CCTT	2	8	993888	993895	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2523	NC_020932	A	6	6	995527	995532	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2524	NC_020932	T	7	7	995533	995539	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2525	NC_020932	T	6	6	995548	995553	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2526	NC_020932	TC	3	6	995569	995574	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2527	NC_020932	TAA	2	6	995577	995582	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2528	NC_020932	ATA	2	6	995585	995590	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2529	NC_020932	CTTT	2	8	995625	995632	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
2530	NC_020932	GA	3	6	995650	995655	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2531	NC_020932	TCT	2	6	995670	995675	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2532	NC_020932	TTC	2	6	995706	995711	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2533	NC_020932	GGAA	2	8	995727	995734	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2534	NC_020932	GGA	2	6	995740	995745	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2535	NC_020932	ATT	2	6	995755	995760	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2536	NC_020932	A	6	6	996029	996034	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2537	NC_020932	TAA	2	6	999508	999513	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2538	NC_020932	TTG	2	6	999536	999541	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2539	NC_020932	A	6	6	1001357	1001362	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2540	NC_020932	GAAG	2	8	1001372	1001379	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2541	NC_020932	AG	3	6	1001392	1001397	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2542	NC_020932	CGCC	2	8	1002812	1002819	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
2543	NC_020932	CTG	2	6	1004584	1004589	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2544	NC_020932	AG	3	6	1004643	1004648	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2545	NC_020932	CT	3	6	1004657	1004662	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2546	NC_020932	GTG	2	6	1004724	1004729	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2547	NC_020932	TCA	2	6	1004740	1004745	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2548	NC_020932	AGG	3	9	1004814	1004822	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2549	NC_020932	CAA	2	6	1004857	1004862	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2550	NC_020932	AG	3	6	1004944	1004949	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2551	NC_020932	T	6	6	1004970	1004975	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2552	NC_020932	AAG	2	6	1004976	1004981	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2553	NC_020932	TATTT	2	10	1004993	1005002	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2554	NC_020932	GTG	2	6	1005020	1005025	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2555	NC_020932	T	6	6	1005038	1005043	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2556	NC_020932	GAT	2	6	1005095	1005100	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2557	NC_020932	CTT	2	6	1005135	1005140	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2558	NC_020932	CTGT	2	8	1005208	1005215	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
2559	NC_020932	TA	3	6	1005225	1005230	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2560	NC_020932	ATT	2	6	1005255	1005260	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2561	NC_020932	TAA	2	6	1006636	1006641	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2562	NC_020932	TTG	2	6	1008570	1008575	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2563	NC_020932	TAA	2	6	1008587	1008592	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2564	NC_020932	AGG	2	6	1014626	1014631	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2565	NC_020932	GCA	2	6	1014680	1014685	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2566	NC_020932	AT	3	6	1014706	1014711	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2567	NC_020932	AGG	2	6	1014716	1014721	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2568	NC_020932	CAT	2	6	1014732	1014737	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2569	NC_020932	GTA	2	6	1014758	1014763	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2570	NC_020932	GAA	2	6	1014771	1014776	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2571	NC_020932	T	8	8	1014816	1014823	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2572	NC_020932	AGA	2	6	1014875	1014880	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2573	NC_020932	AGA	2	6	1014890	1014895	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2574	NC_020932	GGT	2	6	1014964	1014969	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2575	NC_020932	TCT	2	6	1015059	1015064	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2576	NC_020932	GT	3	6	1015079	1015084	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
2577	NC_020932	T	6	6	1015110	1015115	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2578	NC_020932	TAGAA	2	10	1016417	1016426	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
2579	NC_020932	TCC	2	6	1016438	1016443	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2580	NC_020932	AGG	2	6	1016477	1016482	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2581	NC_020932	ATA	2	6	1016494	1016499	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2582	NC_020932	GAAA	2	8	1016541	1016548	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
2583	NC_020932	GAT	2	6	1016549	1016554	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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2593	NC_020932	ATT	2	6	1028574	1028579	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2594	NC_020932	T	6	6	1028582	1028587	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2595	NC_020932	TAAT	2	8	1028599	1028606	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2596	NC_020932	TC	3	6	1028611	1028616	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2597	NC_020932	TG	3	6	1028623	1028628	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
2598	NC_020932	TTTTC	2	10	1034738	1034747	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
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2600	NC_020932	GAT	2	6	1034814	1034819	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2601	NC_020932	A	6	6	1034841	1034846	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2602	NC_020932	CT	3	6	1034854	1034859	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2603	NC_020932	AG	3	6	1034868	1034873	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2604	NC_020932	CAAA	2	8	1034893	1034900	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
2605	NC_020932	T	8	8	1034910	1034917	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2606	NC_020932	A	6	6	1034921	1034926	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2607	NC_020932	AAG	2	6	1035005	1035010	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2608	NC_020932	TGT	2	6	1035014	1035019	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2609	NC_020932	TAA	3	9	1035058	1035066	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2610	NC_020932	A	6	6	1035065	1035070	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2611	NC_020932	TTA	2	6	1035103	1035108	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2612	NC_020932	A	7	7	1035761	1035767	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2613	NC_020932	AGA	2	6	1038496	1038501	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2614	NC_020932	A	8	8	1038511	1038518	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2615	NC_020932	TAA	2	6	1038520	1038525	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2616	NC_020932	A	6	6	1038640	1038645	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2617	NC_020932	AAT	2	6	1038649	1038654	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2618	NC_020932	TATT	2	8	1038671	1038678	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
2619	NC_020932	T	7	7	1038684	1038690	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2620	NC_020932	AATTTT	2	12	1038691	1038702	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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2622	NC_020932	TTTTA	2	10	1038719	1038728	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2623	NC_020932	GGTT	2	8	1038735	1038742	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding

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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.