MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Candidatus Liberibacter asiaticus str. gxpsy

Total Repeats: 91

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020549	GCTCCT	2	12	1029	1040	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
2	NC_020549	AAAAAG	2	12	23855	23866	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020549	TATTTT	2	12	34491	34502	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020549	CGATAC	2	12	48723	48734	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_020549	ATATTT	2	12	57906	57917	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020549	AAAGAT	2	12	62522	62533	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020549	GGCAAA	2	12	90244	90255	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_020549	GAGAAA	2	12	90473	90484	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020549	TAAAAA	2	12	145897	145908	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020549	AATTTT	2	12	154101	154112	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020549	CTTTAT	3	18	166974	166991	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_020549	GTAGGA	2	12	180767	180778	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020549	CCTTTT	2	12	198840	198851	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_020549	GACAAT	2	12	198854	198865	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_020549	ATTAAT	2	12	204132	204143	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020549	ATCTTT	2	12	246038	246049	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_020549	TCTTTT	2	12	263508	263519	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_020549	ATTAAC	2	12	272660	272671	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_020549	CTATTT	2	12	323767	323778	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_020549	AATAGA	2	12	329979	329990	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020549	ATTTAT	2	12	344132	344143	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020549	TAAAAT	2	12	345476	345487	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020549	TTTAAT	6	36	345597	345632	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020549	TGTACA	2	12	350398	350409	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_020549	TATAAA	2	12	355403	355414	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020549	TGATTT	2	12	408851	408862	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020549	ATAAAT	2	12	423638	423649	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020549	TTTATT	3	18	429568	429585	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020549	TGCCTT	2	12	445273	445284	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_020549	GGTGAC	2	12	445477	445488	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_020549	ATTGTT	2	12	446576	446587	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020549	ATTGTT	2	12	461242	461253	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020549	TCTTTT	2	12	462088	462099	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_020549	TATAAT	2	12	493284	493295	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020549	GGAATC	2	12	493330	493341	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_020549	CTTTTT	2	12	502549	502560	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_020549	GCGGTA	2	12	519318	519329	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_020549	TAATAT	2	12	520043	520054	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020549	ATGTTA	2	12	522169	522180	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020549	ACATGT	2	12	573769	573780	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_020549	ATCAAT	2	12	574453	574464	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_020549	GTTTTT	2	12	587903	587914	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020549	ATTTTT	2	12	595313	595324	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020549	TCAGGT	2	12	636946	636957	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_020549	ATTTTT	2	12	677255	677266	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020549	GCAAGT	2	12	678813	678824	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_020549	TTCAAA	2	12	695431	695442	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_020549	TTTTCA	2	12	695717	695728	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_020549	GGAAAG	2	12	713371	713382	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020549	TATTTG	2	12	713471	713482	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020549	TTTATA	2	12	730575	730586	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020549	TTAAAA	2	12	740455	740466	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020549	TAGGTA	2	12	779427	779438	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020549	TGCACA	2	12	779720	779731	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_020549	AATAAA	2	12	788046	788057	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020549	ACGATT	2	12	788256	788267	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_020549	TTAAAA	2	12	805193	805204	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020549	GGTTAT	2	12	830407	830418	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020549	ATCAAT	2	12	849356	849367	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_020549	TCAATA	2	12	854978	854989	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_020549	ATCTTA	2	12	875619	875630	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_020549	ATTTAT	2	12	885969	885980	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020549	TGCTAT	2	12	895982	895993	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_020549	ATTCCA	2	12	904255	904266	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_020549	TAAATG	2	12	908501	908512	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020549	ATTAAA	2	12	912358	912369	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020549	TGATTT	2	12	931368	931379	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020549	AGAATA	2	12	941968	941979	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020549	AATAAA	2	12	952584	952595	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020549	CGATTG	2	12	956875	956886	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_020549	ATTTTA	2	12	958465	958476	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020549	TCCCCA	2	12	968539	968550	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
73	NC_020549	CTATTT	2	12	972107	972118	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_020549	GTTGAA	2	12	981863	981874	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020549	ATATTT	2	12	1015045	1015056	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020549	GTATAC	2	12	1068281	1068292	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_020549	AAAAAT	2	12	1069934	1069945	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020549	TTATAA	2	12	1072939	1072950	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020549	TAAAAA	2	12	1073027	1073038	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020549	TCCTTT	2	12	1095541	1095552	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_020549	CACATG	2	12	1097943	1097954	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_020549	TAAATA	2	12	1118098	1118109	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020549	AACTGT	2	12	1120858	1120869	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_020549	ATCCTA	2	12	1130394	1130405	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_020549	CTAATA	2	12	1141464	1141475	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_020549	ATTTGT	2	12	1147939	1147950	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020549	ATACAT	2	12	1160211	1160222	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_020549	TCAATA	2	12	1174812	1174823	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_020549	AGTAAA	2	12	1247205	1247216	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020549	TAGCCA	2	12	1265251	1265262	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_020549	AATCAT	2	12	1265272	1265283	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.