MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis IU888 complete genome

Total Repeats: 379

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020512	AAGG	2	8	1909	1916	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020512	GGAG	2	8	6904	6911	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020512	TATG	2	8	7553	7560	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020512	ATTT	2	8	7694	7701	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020512	ATTT	2	8	7785	7792	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020512	TATT	2	8	9909	9916	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020512	AGAA	2	8	11803	11810	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020512	AAGG	2	8	14039	14046	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020512	CAAA	2	8	16673	16680	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_020512	TGCG	2	8	19127	19134	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
11	NC_020512	GCCA	2	8	21621	21628	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
12	NC_020512	CGCT	2	8	21869	21876	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
13	NC_020512	TTAA	2	8	21890	21897	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020512	GTTA	2	8	21927	21934	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020512	GATC	2	8	21982	21989	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
16	NC_020512	ATTG	2	8	28539	28546	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020512	TGTT	2	8	44417	44424	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020512	AATA	2	8	44656	44663	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020512	AAGT	2	8	48579	48586	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020512	TATT	2	8	52894	52901	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020512	GTTT	2	8	54754	54761	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020512	TGTT	2	8	54762	54769	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020512	TAAT	2	8	54806	54813	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020512	CAGA	2	8	61418	61425	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
25	NC_020512	ACAA	2	8	68062	68069	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
26	NC_020512	AAGG	2	8	68160	68167	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020512	GATA	2	8	72641	72648	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020512	TCTA	2	8	77300	77307	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_020512	GTTT	2	8	80074	80081	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020512	ATTC	2	8	80277	80284	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
31	NC_020512	GGTT	2	8	80427	80434	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020512	GTTT	2	8	88734	88741	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020512	TTTA	2	8	88757	88764	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020512	GTTT	2	8	88769	88776	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020512	GTTT	2	8	88820	88827	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020512	AAAT	2	8	94364	94371	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020512	TATT	2	8	98389	98396	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020512	AAGA	2	8	107376	107383	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020512	CTGG	2	8	121089	121096	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
40	NC_020512	CTTC	2	8	121588	121595	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
41	NC_020512	TTTC	2	8	122396	122403	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
42	NC_020512	AAAG	2	8	123132	123139	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020512	TCTA	2	8	123201	123208	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
44	NC_020512	GTTT	2	8	135596	135603	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020512	TACA	2	8	145052	145059	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
46	NC_020512	ATCT	2	8	152317	152324	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
47	NC_020512	GCTG	2	8	152356	152363	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
48	NC_020512	TGTT	2	8	157932	157939	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020512	AAAG	2	8	158775	158782	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020512	TTTA	2	8	158784	158791	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020512	TAAT	2	8	158901	158908	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020512	TAAT	2	8	159737	159744	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020512	GCTT	2	8	162373	162380	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
54	NC_020512	CTTC	2	8	166444	166451	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
55	NC_020512	TTAG	2	8	170853	170860	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020512	AAAC	2	8	172600	172607	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
57	NC_020512	GTAT	2	8	173782	173789	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020512	GGAA	2	8	178970	178977	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020512	TTCC	2	8	181381	181388	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_020512	AAAC	2	8	181484	181491	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_020512	AAAG	2	8	182759	182766	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020512	AAGA	2	8	182777	182784	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020512	AAAG	2	8	182957	182964	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020512	GATG	2	8	182989	182996	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020512	CCAG	2	8	183387	183394	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
66	NC_020512	TCGC	2	8	183649	183656	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
67	NC_020512	GTTG	2	8	184254	184261	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020512	GGAC	2	8	188533	188540	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
69	NC_020512	CGTA	2	8	189302	189309	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_020512	TAAA	2	8	189532	189539	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020512	ATGC	2	8	193349	193356	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
72	NC_020512	CTTT	2	8	193490	193497	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_020512	ACGA	2	8	203363	203370	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
74	NC_020512	GAAA	2	8	203648	203655	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020512	TAAA	2	8	204449	204456	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020512	CCTT	2	8	216785	216792	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_020512	CTAT	2	8	220475	220482	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
78	NC_020512	GCAA	2	8	220719	220726	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
79	NC_020512	AATT	2	8	222053	222060	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020512	CTTG	2	8	222402	222409	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
81	NC_020512	AAAC	2	8	226132	226139	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
82	NC_020512	TCCT	2	8	228757	228764	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
83	NC_020512	AAAT	2	8	244372	244379	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020512	AAGA	2	8	244391	244398	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020512	TTTC	2	8	246992	246999	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
86	NC_020512	TAAA	2	8	247826	247833	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020512	AATA	2	8	251485	251492	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020512	GAAA	2	8	253105	253112	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020512	GCAG	2	8	253154	253161	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
90	NC_020512	AGAA	2	8	253187	253194	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020512	CCAA	2	8	255070	255077	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
92	NC_020512	AAAC	2	8	255668	255675	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
93	NC_020512	TAAA	2	8	265073	265080	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020512	CAAA	2	8	268008	268015	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_020512	TCTA	2	8	274375	274382	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
96	NC_020512	ATTT	2	8	274521	274528	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020512	GTTT	2	8	280363	280370	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020512	AAAG	2	8	280398	280405	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020512	TGCC	2	8	280886	280893	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
100	NC_020512	GGGA	2	8	284734	284741	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
101	NC_020512	CAAA	2	8	284779	284786	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
102	NC_020512	TAAA	2	8	285876	285883	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020512	GATA	2	8	287537	287544	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020512	AATC	2	8	292662	292669	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
105	NC_020512	ACAA	2	8	298429	298436	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_020512	GCTT	2	8	299759	299766	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
107	NC_020512	CCCT	2	8	300326	300333	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
108	NC_020512	TAAA	2	8	302798	302805	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020512	TCCA	2	8	305957	305964	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
110	NC_020512	TCCC	2	8	306159	306166	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
111	NC_020512	ATTG	2	8	307344	307351	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_020512	AATA	2	8	318733	318740	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020512	TAAA	2	8	318754	318761	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020512	CAGA	2	8	318762	318769	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
115	NC_020512	AATA	2	8	318829	318836	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020512	CAAT	2	8	328458	328465	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
117	NC_020512	GCTA	2	8	329148	329155	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
118	NC_020512	TTAA	2	8	334491	334498	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020512	CAGT	2	8	334837	334844	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
120	NC_020512	CAAG	2	8	341017	341024	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
121	NC_020512	GCAA	2	8	359824	359831	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
122	NC_020512	TTTA	2	8	364525	364532	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020512	CAAA	2	8	364819	364826	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
124	NC_020512	TAGT	2	8	365132	365139	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020512	AGGC	2	8	367121	367128	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
126	NC_020512	TCCA	2	8	367177	367184	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
127	NC_020512	ACCA	2	8	367254	367261	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
128	NC_020512	GCAT	2	8	367718	367725	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
129	NC_020512	TGAG	2	8	367751	367758	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020512	TATG	2	8	368493	368500	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020512	GCTT	2	8	369166	369173	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
132	NC_020512	TAAA	2	8	369444	369451	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020512	AAAT	2	8	370362	370369	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020512	CCTT	2	8	370384	370391	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
135	NC_020512	ATCT	2	8	370417	370424	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_020512	ACAA	2	8	370426	370433	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_020512	TAAA	2	8	382200	382207	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_020512	TTTA	2	8	392168	392175	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_020512	GATT	2	8	392927	392934	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
140	NC_020512	AATT	2	8	392976	392983	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_020512	TTAT	2	8	396369	396376	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_020512	GCAA	2	8	396422	396429	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
143	NC_020512	TCAT	2	8	405716	405723	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
144	NC_020512	CAAA	2	8	407852	407859	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_020512	ATGC	2	8	412388	412395	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
146	NC_020512	ATTT	2	8	417269	417276	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_020512	AGAA	2	8	417279	417286	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
148	NC_020512	ATTA	2	8	419068	419075	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_020512	ACTG	2	8	425562	425569	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
150	NC_020512	CTTT	2	8	425581	425588	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
151	NC_020512	TTCT	2	8	429126	429133	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
152	NC_020512	AACT	2	8	431358	431365	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
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158	NC_020512	AATT	2	8	449006	449013	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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193	NC_020512	TTTA	2	8	532109	532116	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.