MICAS: Microsatellite Analysis Server

All Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis IU888 complete genome

Total Repeats: 2958

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1001	NC_020512	CAA	2	6	368039	368044	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1002	NC_020512	TGA	2	6	368061	368066	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1003	NC_020512	CCA	2	6	368127	368132	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1004	NC_020512	TGA	2	6	368157	368162	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1005	NC_020512	CT	3	6	368184	368189	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1006	NC_020512	CA	3	6	368193	368198	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1007	NC_020512	CAA	2	6	368239	368244	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1008	NC_020512	GTC	3	9	368258	368266	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1009	NC_020512	ATC	3	9	368267	368275	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1010	NC_020512	GCA	2	6	368313	368318	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1011	NC_020512	C	9	9	368362	368370	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
1012	NC_020512	TCT	2	6	368441	368446	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1013	NC_020512	GAA	2	6	368450	368455	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1014	NC_020512	TCG	2	6	368486	368491	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1015	NC_020512	TATG	2	8	368493	368500	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
1016	NC_020512	GT	3	6	368511	368516	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
1017	NC_020512	TAT	2	6	368523	368528	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1018	NC_020512	TCT	2	6	368549	368554	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1019	NC_020512	AAC	2	6	368587	368592	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1020	NC_020512	A	6	6	368637	368642	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1021	NC_020512	A	8	8	368657	368664	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1022	NC_020512	ATC	2	6	368702	368707	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1023	NC_020512	TCTCT	2	10	368724	368733	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
1024	NC_020512	AAT	2	6	368926	368931	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1025	NC_020512	TTC	2	6	368956	368961	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1026	NC_020512	CAA	2	6	369024	369029	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1027	NC_020512	AAG	2	6	369081	369086	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1028	NC_020512	AACAA	2	10	369107	369116	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
1029	NC_020512	GAA	2	6	369117	369122	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1030	NC_020512	GCTT	2	8	369166	369173	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
1031	NC_020512	ACA	2	6	369285	369290	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1032	NC_020512	TGA	2	6	369310	369315	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1033	NC_020512	TCA	2	6	369364	369369	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1034	NC_020512	TAA	2	6	369370	369375	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1035	NC_020512	A	6	6	369378	369383	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1036	NC_020512	AAAAC	2	10	369429	369438	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
1037	NC_020512	TAAA	2	8	369444	369451	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
1038	NC_020512	A	6	6	370306	370311	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1039	NC_020512	AAAT	2	8	370362	370369	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
1040	NC_020512	CCTT	2	8	370384	370391	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1041	NC_020512	ATCT	2	8	370417	370424	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
1042	NC_020512	ACAA	2	8	370426	370433	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
1043	NC_020512	CTT	2	6	375289	375294	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1044	NC_020512	AGA	2	6	375311	375316	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1045	NC_020512	TAAA	2	8	382200	382207	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
1046	NC_020512	A	6	6	382271	382276	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1047	NC_020512	CT	4	8	382281	382288	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1048	NC_020512	TCA	2	6	382374	382379	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1049	NC_020512	T	6	6	384091	384096	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1050	NC_020512	TTC	2	6	386149	386154	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1051	NC_020512	ATG	2	6	386175	386180	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1052	NC_020512	ATA	2	6	386209	386214	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1053	NC_020512	CTT	2	6	386226	386231	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1054	NC_020512	AGA	2	6	386245	386250	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1055	NC_020512	T	8	8	386260	386267	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1056	NC_020512	CAT	2	6	386749	386754	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1057	NC_020512	GA	3	6	386989	386994	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1058	NC_020512	GTT	2	6	387009	387014	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1059	NC_020512	A	9	9	388566	388574	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1060	NC_020512	TTG	2	6	388604	388609	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1061	NC_020512	CTT	2	6	390693	390698	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1062	NC_020512	T	6	6	391901	391906	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1063	NC_020512	TAA	2	6	392114	392119	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1064	NC_020512	CG	3	6	392120	392125	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1065	NC_020512	TTTA	2	8	392168	392175	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
1066	NC_020512	CTT	2	6	392205	392210	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1067	NC_020512	GTT	2	6	392255	392260	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1068	NC_020512	GATT	2	8	392927	392934	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
1069	NC_020512	AATT	2	8	392976	392983	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1070	NC_020512	A	6	6	393014	393019	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1071	NC_020512	TGC	2	6	393068	393073	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1072	NC_020512	TTG	2	6	393119	393124	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1073	NC_020512	GTA	2	6	393132	393137	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1074	NC_020512	AAG	3	9	393145	393153	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1075	NC_020512	CA	3	6	393170	393175	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1076	NC_020512	TC	3	6	395717	395722	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1077	NC_020512	CAA	2	6	395730	395735	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1078	NC_020512	AGG	2	6	395772	395777	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1079	NC_020512	CTT	2	6	396185	396190	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1080	NC_020512	CTT	2	6	396198	396203	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1081	NC_020512	CT	3	6	396207	396212	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1082	NC_020512	CGA	2	6	396256	396261	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1083	NC_020512	CTT	2	6	396263	396268	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1084	NC_020512	TTC	2	6	396319	396324	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1085	NC_020512	GA	3	6	396337	396342	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1086	NC_020512	ATT	2	6	396351	396356	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1087	NC_020512	TTAT	2	8	396369	396376	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
1088	NC_020512	CAA	2	6	396384	396389	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1089	NC_020512	GCAA	2	8	396422	396429	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
1090	NC_020512	GA	3	6	396468	396473	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1091	NC_020512	AAC	2	6	397429	397434	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1092	NC_020512	CTT	2	6	397442	397447	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1093	NC_020512	CAG	2	6	397460	397465	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1094	NC_020512	CTT	2	6	398435	398440	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1095	NC_020512	AAG	2	6	398448	398453	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1096	NC_020512	AAT	2	6	400082	400087	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1097	NC_020512	A	8	8	404480	404487	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1098	NC_020512	T	8	8	404515	404522	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1099	NC_020512	CTA	2	6	404540	404545	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1100	NC_020512	TCC	2	6	404865	404870	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1101	NC_020512	A	6	6	404872	404877	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1102	NC_020512	A	7	7	404895	404901	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1103	NC_020512	AAGCG	2	10	404951	404960	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
1104	NC_020512	A	6	6	405624	405629	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1105	NC_020512	TCT	2	6	405640	405645	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1106	NC_020512	TTC	2	6	405664	405669	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1107	NC_020512	GAA	2	6	405704	405709	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1108	NC_020512	TCAT	2	8	405716	405723	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
1109	NC_020512	AGA	2	6	405785	405790	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1110	NC_020512	CTC	2	6	407798	407803	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1111	NC_020512	CAAA	2	8	407852	407859	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
1112	NC_020512	A	6	6	407874	407879	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1113	NC_020512	GAG	2	6	407914	407919	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1114	NC_020512	A	6	6	407947	407952	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1115	NC_020512	T	7	7	407989	407995	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1116	NC_020512	T	6	6	408000	408005	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1117	NC_020512	A	6	6	410169	410174	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1118	NC_020512	A	8	8	410176	410183	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1119	NC_020512	TTTTAA	2	12	410196	410207	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1120	NC_020512	TAA	2	6	410251	410256	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1121	NC_020512	A	6	6	410255	410260	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1122	NC_020512	AAC	2	6	410269	410274	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1123	NC_020512	TAA	2	6	410301	410306	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1124	NC_020512	TAA	2	6	410336	410341	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1125	NC_020512	TATCT	2	10	410479	410488	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
1126	NC_020512	TTA	2	6	410503	410508	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1127	NC_020512	T	6	6	410525	410530	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1128	NC_020512	GGA	2	6	410549	410554	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1129	NC_020512	CTT	2	6	410560	410565	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1130	NC_020512	CT	3	6	410573	410578	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1131	NC_020512	T	6	6	410597	410602	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1132	NC_020512	TAG	2	6	410610	410615	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1133	NC_020512	CT	3	6	411560	411565	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1134	NC_020512	A	6	6	412278	412283	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1135	NC_020512	CAC	2	6	412291	412296	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1136	NC_020512	CT	3	6	412357	412362	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1137	NC_020512	T	6	6	412381	412386	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1138	NC_020512	ATGC	2	8	412388	412395	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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1411	NC_020512	ATTC	2	8	517452	517459	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
1412	NC_020512	CAA	2	6	517509	517514	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1413	NC_020512	A	12	12	517513	517524	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1414	NC_020512	CTG	2	6	517565	517570	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1415	NC_020512	TCC	2	6	518160	518165	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1416	NC_020512	AAT	2	6	518211	518216	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1417	NC_020512	AGCG	2	8	518319	518326	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
1418	NC_020512	CAA	2	6	518375	518380	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1419	NC_020512	A	6	6	518379	518384	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1420	NC_020512	TTA	2	6	518386	518391	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1421	NC_020512	AAAT	2	8	518409	518416	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
1422	NC_020512	T	6	6	518445	518450	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1423	NC_020512	GA	3	6	518458	518463	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1424	NC_020512	AG	3	6	518494	518499	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1425	NC_020512	ATA	2	6	518501	518506	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1426	NC_020512	TACC	2	8	520315	520322	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
1427	NC_020512	GGA	2	6	520323	520328	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1428	NC_020512	A	8	8	520340	520347	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1429	NC_020512	CTCC	2	8	520349	520356	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
1430	NC_020512	AGG	2	6	520363	520368	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1431	NC_020512	ATC	2	6	520383	520388	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1432	NC_020512	TCA	2	6	520424	520429	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1433	NC_020512	AGC	2	6	524692	524697	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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1435	NC_020512	AT	3	6	524726	524731	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1436	NC_020512	AAAG	2	8	524739	524746	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
1437	NC_020512	T	6	6	524787	524792	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1438	NC_020512	TTGGA	2	10	524810	524819	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
1439	NC_020512	T	6	6	524833	524838	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1440	NC_020512	ACA	2	6	524841	524846	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1441	NC_020512	A	7	7	524944	524950	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1442	NC_020512	T	6	6	524966	524971	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1443	NC_020512	A	7	7	525017	525023	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1444	NC_020512	TCA	2	6	525400	525405	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1445	NC_020512	A	7	7	525410	525416	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1446	NC_020512	CTAA	2	8	525431	525438	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
1447	NC_020512	AAT	2	6	525455	525460	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1448	NC_020512	ACTT	2	8	525465	525472	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
1449	NC_020512	GCT	2	6	525566	525571	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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1451	NC_020512	AGA	2	6	525643	525648	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1452	NC_020512	ATA	2	6	525677	525682	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1453	NC_020512	CTA	2	6	525751	525756	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1454	NC_020512	TTC	2	6	531933	531938	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1455	NC_020512	A	10	10	531989	531998	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1456	NC_020512	TTA	2	6	532003	532008	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1457	NC_020512	TTTG	2	8	532020	532027	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
1458	NC_020512	A	6	6	532033	532038	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1459	NC_020512	CAAA	2	8	532039	532046	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
1460	NC_020512	A	6	6	532062	532067	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1461	NC_020512	TGT	2	6	532102	532107	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1462	NC_020512	TTTA	2	8	532109	532116	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
1463	NC_020512	CTA	2	6	535787	535792	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1464	NC_020512	ATT	2	6	535811	535816	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1465	NC_020512	AC	3	6	535835	535840	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1466	NC_020512	A	6	6	535864	535869	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1467	NC_020512	T	6	6	535878	535883	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1468	NC_020512	CTT	2	6	537597	537602	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1469	NC_020512	TCT	2	6	537684	537689	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1470	NC_020512	CT	3	6	537752	537757	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1471	NC_020512	T	6	6	537780	537785	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1472	NC_020512	GAAG	2	8	537825	537832	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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1475	NC_020512	AT	3	6	541329	541334	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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1479	NC_020512	TCT	3	9	542104	542112	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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1481	NC_020512	TCCT	2	8	544921	544928	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1482	NC_020512	GGT	2	6	544974	544979	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1483	NC_020512	CTT	2	6	545018	545023	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1484	NC_020512	T	7	7	545029	545035	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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1489	NC_020512	TAC	2	6	547187	547192	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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1491	NC_020512	CTAT	2	8	547222	547229	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
1492	NC_020512	A	6	6	547237	547242	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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1500	NC_020512	A	8	8	549444	549451	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding

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