MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Clostridium stercorarium subsp. stercorarium DSM 8532

Total Repeats: 141

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020134	TGATAT	2	12	6289	6300	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020134	ACCATA	2	12	6726	6737	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_020134	TCAAAA	2	12	30868	30879	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_020134	AATATA	2	12	31780	31791	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020134	TTACAT	2	12	31800	31811	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_020134	GTGAAA	2	12	88001	88012	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020134	GTTAAA	2	12	94973	94984	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020134	AAAGAC	2	12	106718	106729	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_020134	AAATTA	2	12	119360	119371	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020134	AGTGAG	2	12	119732	119743	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020134	TAAAAA	2	12	141523	141534	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020134	ATGGAA	2	12	191167	191178	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020134	ATTTTT	2	12	204907	204918	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020134	GTTTGA	2	12	206070	206081	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020134	AAATTT	2	12	217267	217278	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020134	AAAATG	2	12	248004	248015	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020134	AATAAA	2	12	249993	250004	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020134	TAAAAA	2	12	266060	266071	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020134	TTTGCG	2	12	298358	298369	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_020134	TTTGGA	2	12	343111	343122	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020134	TATTCA	2	12	420331	420342	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_020134	GAAAGA	2	12	420662	420673	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020134	CCTTAA	2	12	422516	422527	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_020134	TTTTAC	2	12	470790	470801	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_020134	CAGTAA	2	12	490542	490553	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_020134	TTAATT	2	12	495820	495831	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020134	TATTAA	2	12	495907	495918	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020134	ATTCTT	2	12	501697	501708	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_020134	AAACGA	2	12	509606	509617	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_020134	ATCCGT	2	12	547862	547873	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_020134	AATGCC	2	12	689474	689485	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_020134	ATCAAT	2	12	696653	696664	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_020134	ATAACC	2	12	712363	712374	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_020134	GAAAAA	2	12	740110	740121	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020134	TCATAT	2	12	753881	753892	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_020134	AGGCTA	2	12	794969	794980	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_020134	AATCGG	2	12	820046	820057	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_020134	TATAAT	2	12	829327	829338	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020134	AAAAAT	2	12	838726	838737	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020134	GAAAGA	2	12	959980	959991	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020134	ACTTTT	2	12	992491	992502	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_020134	TAAATT	2	12	1016321	1016332	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020134	TAAAAT	2	12	1029878	1029889	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020134	ATTTAA	2	12	1033282	1033293	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020134	AAACTG	2	12	1039868	1039879	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_020134	TAAATT	2	12	1063147	1063158	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020134	TTTCTG	2	12	1140005	1140016	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_020134	ATAAAA	2	12	1221975	1221986	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020134	AAATAA	2	12	1234913	1234924	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020134	CCGGTT	2	12	1264748	1264759	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_020134	AAAAGA	2	12	1296207	1296218	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020134	GAAAGA	2	12	1317062	1317073	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020134	ATAAAC	2	12	1325683	1325694	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_020134	AGCCAG	3	18	1350921	1350938	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_020134	TAAATA	2	12	1352299	1352310	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020134	TATATT	2	12	1356992	1357003	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020134	TTTGTT	2	12	1363122	1363133	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020134	CGGGAA	2	12	1384751	1384762	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_020134	AGGGAA	2	12	1394744	1394755	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020134	TTTTCA	2	12	1398631	1398642	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_020134	TTTATA	2	12	1407621	1407632	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020134	TTAATA	2	12	1445915	1445926	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020134	GAAAAA	2	12	1479154	1479165	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020134	CCCTCA	2	12	1483719	1483730	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
65	NC_020134	ATTAAA	2	12	1488909	1488920	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020134	CCTTTC	2	12	1497222	1497233	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
67	NC_020134	TTTTAA	2	12	1520419	1520430	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020134	ACCTGT	2	12	1535291	1535302	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_020134	GAAAGA	2	12	1575558	1575569	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020134	TATTTT	2	12	1631289	1631300	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020134	ATACTT	2	12	1673476	1673487	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_020134	GATTCT	2	12	1683637	1683648	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_020134	ATGTAA	2	12	1694989	1695000	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020134	TGTATA	2	12	1747821	1747832	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020134	TATTTT	2	12	1763618	1763629	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020134	TATAAA	2	12	1763834	1763845	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020134	TACATT	2	12	1785875	1785886	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_020134	CATAAT	2	12	1786713	1786724	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_020134	TACATT	2	12	1787982	1787993	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_020134	ACATTT	2	12	1788768	1788779	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_020134	TTTGAA	2	12	1845363	1845374	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020134	GTCCTT	2	12	1845923	1845934	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_020134	GTACAG	2	12	1847782	1847793	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_020134	TCCAAT	2	12	1851190	1851201	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_020134	TGGAAA	2	12	1852217	1852228	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020134	TTTTTA	2	12	1891149	1891160	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020134	AAAAAC	2	12	1891390	1891401	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_020134	TTGGTG	2	12	1919190	1919201	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020134	TTTCAA	2	12	1925351	1925362	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_020134	TTTTCA	2	12	1940388	1940399	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_020134	GTTATC	2	12	1964138	1964149	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_020134	TAACTA	2	12	1965572	1965583	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_020134	TCTTTT	2	12	1970276	1970287	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_020134	AATATA	2	12	1998081	1998092	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020134	TTGTTT	2	12	1998362	1998373	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020134	ATTTTA	2	12	2009508	2009519	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020134	GTCTGT	2	12	2020940	2020951	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_020134	TAAAAA	2	12	2040762	2040773	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020134	TTTCTG	2	12	2042857	2042868	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_020134	ATTACA	2	12	2083398	2083409	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_020134	AAATTA	2	12	2123314	2123325	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020134	ACATTT	2	12	2134033	2134044	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_020134	GATTTG	2	12	2135120	2135131	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020134	GGATCG	2	12	2167533	2167544	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_020134	AGCCTC	2	12	2183374	2183385	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
106	NC_020134	CATAAT	2	12	2205623	2205634	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_020134	TACAAG	2	12	2217829	2217840	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_020134	GACTTT	2	12	2227317	2227328	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_020134	TTTATA	2	12	2273260	2273271	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020134	GAATAC	2	12	2275619	2275630	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_020134	GTTTTT	2	12	2313086	2313097	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_020134	AGCAAT	2	12	2319181	2319192	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_020134	AATTAT	2	12	2323803	2323814	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020134	TAATTG	2	12	2331503	2331514	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020134	TAAAAA	2	12	2336234	2336245	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020134	TGTTAC	2	12	2343897	2343908	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_020134	ATTTTT	2	12	2360233	2360244	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020134	ACAAAC	2	12	2381944	2381955	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_020134	CCGAAA	2	12	2382881	2382892	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_020134	CCGGAA	2	12	2400271	2400282	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_020134	CCCTTG	2	12	2401180	2401191	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
122	NC_020134	TATATC	2	12	2401868	2401879	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_020134	ATTTTA	2	12	2421261	2421272	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020134	TTTCCG	2	12	2490343	2490354	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_020134	TTAAAA	2	12	2534722	2534733	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020134	CGGGCT	2	12	2552625	2552636	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_020134	ACCGCG	2	12	2590304	2590315	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
128	NC_020134	ACATGC	2	12	2595806	2595817	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_020134	TTTCGT	2	12	2661990	2662001	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_020134	TAAAAA	2	12	2669780	2669791	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020134	GATTTT	2	12	2670186	2670197	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020134	AACAAA	2	12	2679166	2679177	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_020134	TCAGAA	2	12	2685661	2685672	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_020134	TAATCA	2	12	2764991	2765002	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
135	NC_020134	TTATCC	2	12	2765254	2765265	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_020134	ATAAAT	2	12	2765447	2765458	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_020134	AAATGC	2	12	2800379	2800390	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
138	NC_020134	TTTGCA	2	12	2800391	2800402	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
139	NC_020134	ATTTTC	2	12	2855372	2855383	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
140	NC_020134	TTTTTC	2	12	2902438	2902449	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
141	NC_020134	TTCTGT	2	12	2915607	2915618	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.