MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Cylindrospermum stagnale PCC 7417 plasmid pCYLST.01

Total Repeats: 44

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020050	AGCCGC	2	12	30370	30381	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
2	NC_020050	TAATAC	2	12	32262	32273	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_020050	CAATTA	2	12	72267	72278	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_020050	GAATTA	2	12	72732	72743	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020050	CGTTTT	2	12	101375	101386	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_020050	CAGTGC	2	12	102250	102261	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_020050	ATAAAT	2	12	118161	118172	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020050	ATAAAT	2	12	118223	118234	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020050	ATAAAT	2	12	118285	118296	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020050	GCTCTA	2	12	118594	118605	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_020050	TGCACC	2	12	132228	132239	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
12	NC_020050	TTCAAT	2	12	161639	161650	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_020050	CAATCG	2	12	162017	162028	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_020050	GATAGC	2	12	183094	183105	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_020050	ATAGTT	2	12	184868	184879	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020050	TCGGAT	2	12	196556	196567	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_020050	TTCTTG	2	12	209852	209863	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_020050	AATGCT	2	12	217740	217751	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_020050	ATCAAC	2	12	229807	229818	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_020050	TTTTGG	2	12	231629	231640	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020050	TTGGTT	2	12	234187	234198	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020050	GACATA	2	12	252779	252790	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_020050	TATTGT	2	12	253935	253946	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020050	AAAACA	2	12	274401	274412	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_020050	AGCCGC	2	12	301116	301127	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
26	NC_020050	TAATAC	2	12	303008	303019	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_020050	AATGTA	2	12	307255	307266	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020050	AAAAAG	2	12	307771	307782	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020050	AGCTAC	2	12	308895	308906	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_020050	ATTTTG	2	12	316883	316894	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020050	TTAATC	2	12	335895	335906	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_020050	CTAAAA	2	12	336108	336119	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_020050	GCGATG	2	12	345420	345431	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_020050	AGCAGT	2	12	355293	355304	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_020050	TTCAGA	2	12	368061	368072	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_020050	ACTGGG	2	12	375040	375051	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_020050	CAAAGC	2	12	378591	378602	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_020050	TAAATG	2	12	379342	379353	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020050	TTCAGC	2	12	380038	380049	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_020050	TTGTAA	2	12	392731	392742	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020050	TTATCA	2	12	393485	393496	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_020050	CACTCT	2	12	423438	423449	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
43	NC_020050	TACTTT	3	18	423802	423819	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_020050	GCTCCT	2	12	423831	423842	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.