MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Cylindrospermum stagnale PCC 7417 plasmid pCYLST.01

Total Repeats: 71

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020050	AATTA	2	10	3553	3562	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020050	GAGTG	2	10	5071	5080	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020050	TGATT	2	10	6180	6189	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020050	ATTTC	2	10	6636	6645	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_020050	GGGGA	2	10	10532	10541	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020050	GGGGT	2	10	10545	10554	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020050	ATGAT	2	10	17269	17278	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020050	ACAAA	2	10	17299	17308	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_020050	TTTGT	2	10	32405	32414	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020050	AGATG	2	10	47561	47570	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020050	TTGTC	2	10	49804	49813	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
12	NC_020050	AGATT	2	10	51055	51064	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020050	TCACA	2	10	51649	51658	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
14	NC_020050	AAGTC	2	10	54430	54439	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_020050	GTCTC	2	10	71605	71614	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
16	NC_020050	GGAAC	2	10	71650	71659	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
17	NC_020050	AGAGC	2	10	71780	71789	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
18	NC_020050	CAGGG	2	10	99103	99112	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
19	NC_020050	ATTTA	2	10	99150	99159	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020050	GCTCT	2	10	102181	102190	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
21	NC_020050	AATAA	2	10	105868	105877	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020050	ACATA	2	10	113140	113149	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_020050	TTCAG	2	10	117350	117359	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_020050	TTTAA	2	10	121237	121246	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020050	TACTC	2	10	122660	122669	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
26	NC_020050	TCAAT	2	10	123771	123780	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_020050	TCCCC	2	10	125293	125302	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
28	NC_020050	GGAGG	2	10	129521	129530	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020050	AAGCA	2	10	132307	132316	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_020050	AAACC	2	10	149557	149566	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
31	NC_020050	CCAAG	2	10	150471	150480	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
32	NC_020050	GCACT	2	10	172735	172744	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_020050	CAATC	2	10	173758	173767	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
34	NC_020050	GTAAA	2	10	179759	179768	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020050	TTGAG	2	10	182988	182997	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020050	AAATT	2	10	189038	189047	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020050	TAATT	2	10	196489	196498	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020050	TTGAA	2	10	203560	203569	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020050	TGTTT	2	10	210058	210067	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020050	ACAGT	2	10	213541	213550	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_020050	CTTCT	2	10	215042	215051	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
42	NC_020050	TTTGA	2	10	217868	217877	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020050	TTTAG	2	10	252943	252952	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020050	ATTTT	2	10	254085	254094	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020050	GGTTC	2	10	271110	271119	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
46	NC_020050	CTTCT	2	10	279366	279375	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
47	NC_020050	GCCAA	2	10	294254	294263	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
48	NC_020050	TTCCA	2	10	300435	300444	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
49	NC_020050	TTTGT	2	10	303151	303160	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020050	TCCTG	2	10	311415	311424	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
51	NC_020050	TTTCT	2	10	316774	316783	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_020050	TGTGA	2	10	321116	321125	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020050	TTGTT	2	10	326896	326905	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020050	CCTAC	2	10	337939	337948	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
55	NC_020050	TTTAC	2	10	338527	338536	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_020050	TTCAG	2	10	344590	344599	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
57	NC_020050	AAGTT	2	10	345372	345381	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020050	CCAAG	2	10	355586	355595	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
59	NC_020050	GCAGA	2	10	365062	365071	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
60	NC_020050	CCTAC	2	10	368853	368862	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
61	NC_020050	ATGGG	2	10	374968	374977	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020050	CCCAA	2	10	378269	378278	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
63	NC_020050	ACCCG	2	10	380951	380960	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
64	NC_020050	CATTG	2	10	386508	386517	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_020050	ATAAA	2	10	391045	391054	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020050	AGGAG	2	10	392938	392947	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020050	AGATT	2	10	412865	412874	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020050	TTTCC	2	10	415848	415857	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
69	NC_020050	TAGCG	2	10	417174	417183	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
70	NC_020050	GGCTT	2	10	420616	420625	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
71	NC_020050	GCATA	2	10	420699	420708	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.