MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Caldisphaera lagunensis DSM 15908 chromosome

Total Repeats: 360

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019791	TAAAA	2	10	3072	3081	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_019791	AACAA	2	10	17502	17511	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_019791	TATTT	2	10	20168	20177	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_019791	ATTTT	2	10	21391	21400	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_019791	TTCCT	2	10	21598	21607	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
6	NC_019791	ATTGG	2	10	21923	21932	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_019791	TAAAT	2	10	22700	22709	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_019791	TTAAT	2	10	22754	22763	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_019791	TTTTA	2	10	23178	23187	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_019791	TACTT	2	10	30126	30135	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_019791	ATTTT	2	10	30138	30147	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_019791	CATGA	2	10	33211	33220	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_019791	TTTTA	2	10	45989	45998	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_019791	TAAAT	2	10	51249	51258	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_019791	TTTAT	2	10	51458	51467	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_019791	AAGAA	2	10	57595	57604	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_019791	TTAAT	2	10	57704	57713	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_019791	ATTAT	2	10	57953	57962	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_019791	TTATT	2	10	60106	60115	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_019791	TTAAT	2	10	66333	66342	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_019791	ATTAC	2	10	68258	68267	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_019791	GAATT	2	10	70638	70647	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_019791	TATAA	2	10	71967	71976	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_019791	ATTTT	2	10	78513	78522	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_019791	AATTT	2	10	78698	78707	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_019791	TTAAT	2	10	79425	79434	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_019791	ATTGA	2	10	80552	80561	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_019791	TATTT	2	10	81361	81370	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_019791	GTATT	2	10	87021	87030	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_019791	AGATG	2	10	87204	87213	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
31	NC_019791	TTTTA	2	10	94848	94857	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_019791	ATTTT	2	10	94926	94935	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_019791	TTAAT	2	10	111495	111504	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_019791	ATTAA	2	10	116120	116129	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_019791	TAAAA	2	10	116288	116297	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_019791	AAGTT	2	10	138363	138372	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_019791	ATTAA	2	10	138425	138434	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_019791	AAAGT	2	10	138577	138586	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_019791	CCCAC	2	10	142206	142215	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
40	NC_019791	AGAAA	2	10	145627	145636	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_019791	TTTAT	2	10	147788	147797	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_019791	TTTTA	2	10	149368	149377	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_019791	TGAAA	2	10	149405	149414	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_019791	ACTAT	2	10	149475	149484	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_019791	AAGAT	2	10	150668	150677	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_019791	ATTAA	2	10	150694	150703	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_019791	AACAA	2	10	150903	150912	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_019791	CTTAA	2	10	156334	156343	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_019791	ATATT	2	10	160322	160331	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_019791	TAATA	2	10	160567	160576	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_019791	TAAAA	2	10	163566	163575	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_019791	TTATT	2	10	163599	163608	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_019791	CTTTT	2	10	171045	171054	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_019791	TATTT	2	10	174019	174028	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_019791	AACGG	2	10	174335	174344	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
56	NC_019791	AATTA	2	10	179296	179305	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_019791	ATTAA	2	10	179319	179328	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_019791	TAATA	2	10	179347	179356	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_019791	TTACT	2	10	185062	185071	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_019791	ATTAT	2	10	187967	187976	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_019791	AAATT	2	10	192040	192049	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_019791	AAATC	2	10	193009	193018	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_019791	TTTAA	2	10	193104	193113	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_019791	TCTCA	2	10	202060	202069	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
65	NC_019791	ATAAA	2	10	209307	209316	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_019791	AAAAC	2	10	209326	209335	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_019791	TAATA	2	10	231001	231010	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_019791	CTTAA	2	10	234874	234883	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_019791	CTTAA	2	10	259700	259709	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_019791	TTAAT	2	10	263998	264007	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_019791	AAATT	2	10	264030	264039	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_019791	TAATT	2	10	271967	271976	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_019791	TAAAT	2	10	272257	272266	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_019791	AATTA	2	10	274300	274309	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_019791	ATTTT	2	10	284225	284234	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_019791	TATGA	2	10	286139	286148	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_019791	AAATT	2	10	297657	297666	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_019791	TAAAA	2	10	299930	299939	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_019791	TTAAA	2	10	306348	306357	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_019791	TAATA	2	10	306358	306367	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_019791	TAAAA	2	10	311478	311487	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_019791	GAAAG	2	10	318221	318230	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
83	NC_019791	CATCT	2	10	318492	318501	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
84	NC_019791	ATTTA	2	10	329216	329225	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_019791	AAATG	2	10	330385	330394	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_019791	TATAG	2	10	332353	332362	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_019791	ATTAG	2	10	335161	335170	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_019791	TTAAC	2	10	335472	335481	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_019791	TATAA	2	10	349694	349703	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_019791	GTATA	2	10	352916	352925	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_019791	TGATT	2	10	353060	353069	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_019791	ATAAA	2	10	370660	370669	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_019791	TTTTA	2	10	370692	370701	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_019791	TATCT	2	10	371956	371965	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_019791	TAATT	2	10	372196	372205	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_019791	AAACA	2	10	374567	374576	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_019791	TAAAA	2	10	374756	374765	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_019791	ATTAA	2	10	377830	377839	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_019791	GGCTA	2	10	384241	384250	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
100	NC_019791	AAACA	2	10	386668	386677	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_019791	AATAA	2	10	386818	386827	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_019791	ATATA	2	10	386981	386990	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_019791	TTAAT	2	10	391150	391159	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_019791	TTTCT	2	10	401820	401829	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_019791	TTAAA	2	10	402327	402336	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_019791	TTTAA	2	10	403426	403435	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_019791	ATTTA	2	10	408340	408349	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_019791	AAATT	2	10	411497	411506	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_019791	TAAAA	2	10	412059	412068	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_019791	ATAAA	2	10	412704	412713	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_019791	AATTA	2	10	418571	418580	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_019791	AATAA	2	10	422673	422682	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_019791	ATTAA	2	10	427570	427579	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_019791	TTAAT	2	10	429398	429407	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_019791	AACTT	2	10	433131	433140	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
116	NC_019791	ATTAC	2	10	439500	439509	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_019791	ATTTA	2	10	442470	442479	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_019791	AATTA	2	10	443425	443434	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_019791	TTTTA	2	10	444111	444120	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_019791	TAAAA	2	10	444210	444219	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_019791	TAAAA	2	10	445406	445415	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_019791	TTAAA	2	10	445432	445441	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_019791	TCTTT	2	10	448146	448155	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_019791	CTATT	2	10	448446	448455	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_019791	TATGA	2	10	448487	448496	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_019791	TAAAA	2	10	448815	448824	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_019791	TTTTA	2	10	448838	448847	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_019791	ATTAA	2	10	448883	448892	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_019791	GAAAG	2	10	462755	462764	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
130	NC_019791	AATTT	2	10	477252	477261	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_019791	ATTTT	2	10	490163	490172	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_019791	TCTAA	2	10	495304	495313	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_019791	TAGCC	2	10	495497	495506	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
134	NC_019791	TTTTA	2	10	502704	502713	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_019791	CTACT	2	10	504334	504343	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
136	NC_019791	ATTAA	2	10	506238	506247	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_019791	TGTAG	2	10	513602	513611	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
138	NC_019791	ATTAT	2	10	517524	517533	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_019791	TAAAT	2	10	517919	517928	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_019791	TGGCG	2	10	519245	519254	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
141	NC_019791	TTAAA	2	10	519321	519330	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_019791	TAACT	2	10	519387	519396	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_019791	GTATC	2	10	521993	522002	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
144	NC_019791	TAAAT	2	10	527226	527235	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_019791	AAAAT	2	10	527285	527294	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_019791	CTTAT	2	10	535155	535164	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
147	NC_019791	ATGAA	2	10	541380	541389	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
148	NC_019791	TAATA	2	10	541510	541519	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_019791	CATAT	2	10	541538	541547	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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360	NC_019791	TATAA	2	10	1500493	1500502	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.