MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Crinalium epipsammum PCC 9333 chromosome

Total Repeats: 315

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019753	AATGAT	2	12	4974	4985	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_019753	AATACT	2	12	11234	11245	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_019753	CTCCCC	2	12	47006	47017	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
4	NC_019753	TGCAGT	2	12	63155	63166	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_019753	GCATCA	2	12	63422	63433	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_019753	ATCTAA	2	12	76841	76852	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_019753	AATTTA	2	12	91753	91764	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_019753	TAAAAA	2	12	137545	137556	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_019753	TTAATT	2	12	152429	152440	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_019753	CAGAGG	2	12	196654	196665	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_019753	AATTAA	2	12	211573	211584	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_019753	AGGAGC	2	12	217505	217516	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_019753	ATTTAC	2	12	236819	236830	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_019753	TATAAT	2	12	256027	256038	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_019753	TTTATA	2	12	299371	299382	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_019753	TGTGCG	2	12	312815	312826	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_019753	AGTTTT	2	12	314405	314416	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_019753	TTATTT	2	12	328144	328155	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_019753	CTCCAT	2	12	331332	331343	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
20	NC_019753	TCATAG	2	12	381068	381079	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_019753	TTGCCA	2	12	381346	381357	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_019753	AGTATA	2	12	383881	383892	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_019753	TAGCGC	2	12	400274	400285	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_019753	TAAATC	2	12	410499	410510	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_019753	ATTAAT	2	12	411513	411524	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_019753	CTCTTC	2	12	436064	436075	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
27	NC_019753	GCGAAA	2	12	449738	449749	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_019753	GCCCTA	2	12	459328	459339	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
29	NC_019753	GAAAAT	2	12	464747	464758	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_019753	GAAAGT	2	12	465584	465595	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_019753	GCAATA	2	12	468883	468894	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_019753	TATTGA	2	12	490444	490455	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_019753	GAACCA	2	12	490604	490615	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_019753	ATGCTG	2	12	490986	490997	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_019753	ACTATC	2	12	491590	491601	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_019753	TGTTCT	2	12	506212	506223	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_019753	TAACCA	2	12	506653	506664	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_019753	ATTAAT	2	12	507397	507408	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_019753	AGAAGC	2	12	513938	513949	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_019753	GATATA	2	12	517863	517874	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_019753	TATACA	2	12	522285	522296	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_019753	CAGTAT	2	12	526043	526054	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_019753	ATCATT	2	12	565113	565124	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_019753	CTCTTC	2	12	592703	592714	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
45	NC_019753	CAACAG	2	12	611840	611851	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_019753	TTTCCT	2	12	630351	630362	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_019753	GAACGA	2	12	641619	641630	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_019753	TCAAAT	2	12	641714	641725	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_019753	GAAAAA	2	12	646394	646405	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_019753	TTTTTG	2	12	651236	651247	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_019753	AAATCT	2	12	651835	651846	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_019753	TTTGAT	2	12	651947	651958	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_019753	CCAGCG	2	12	656158	656169	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
54	NC_019753	AGAAGC	2	12	656342	656353	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_019753	AGATCC	2	12	659290	659301	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_019753	TCCCCA	2	12	700175	700186	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
57	NC_019753	AAGAAA	2	12	716751	716762	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_019753	CGCTAT	2	12	730357	730368	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_019753	AGAAGC	2	12	735884	735895	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_019753	TAACCT	2	12	738237	738248	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_019753	ATTTTT	2	12	748407	748418	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_019753	TAGCGC	2	12	758414	758425	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_019753	AAAACC	2	12	767574	767585	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_019753	ATATCT	2	12	772244	772255	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_019753	AGCCAG	2	12	777137	777148	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_019753	CAATGA	2	12	808265	808276	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_019753	ATTTAG	2	12	808420	808431	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_019753	TACAAA	2	12	809814	809825	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_019753	TTAATT	2	12	868008	868019	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_019753	TCTCCC	2	12	870326	870337	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
71	NC_019753	ATTTTT	2	12	892355	892366	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_019753	TATTTA	2	12	921235	921246	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_019753	TTAATT	2	12	948483	948494	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_019753	GTTGGG	2	12	992386	992397	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_019753	GACTGG	2	12	1049417	1049428	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_019753	CTTCTA	2	12	1066797	1066808	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_019753	ACAAAC	2	12	1074841	1074852	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_019753	TAAATA	2	12	1091421	1091432	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_019753	TATAAA	2	12	1095781	1095792	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_019753	AAAAGG	2	12	1103244	1103255	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_019753	TAGGAA	2	12	1104228	1104239	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_019753	TTAGCA	2	12	1115729	1115740	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_019753	TGCTAA	2	12	1117395	1117406	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_019753	GATAAA	2	12	1121095	1121106	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_019753	TAATAC	2	12	1133367	1133378	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_019753	TTATAC	2	12	1182536	1182547	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_019753	TACTAT	2	12	1226329	1226340	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_019753	ATGTTG	2	12	1229059	1229070	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_019753	TCTTCC	2	12	1272888	1272899	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
90	NC_019753	AAATCA	2	12	1276053	1276064	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_019753	ATTTTA	2	12	1287715	1287726	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_019753	AACGAT	2	12	1307217	1307228	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_019753	TTGGCA	2	12	1346216	1346227	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_019753	AAATAT	2	12	1350357	1350368	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_019753	AAAACC	2	12	1350673	1350684	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_019753	TTTTCA	2	12	1350771	1350782	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_019753	TAAGAA	2	12	1363652	1363663	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_019753	TTAATC	2	12	1402066	1402077	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_019753	ATCTCC	2	12	1434034	1434045	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
100	NC_019753	TTTCCC	2	12	1457580	1457591	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
101	NC_019753	TTGTTA	2	12	1467735	1467746	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_019753	CTTTAG	2	12	1472879	1472890	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_019753	CTAAAG	2	12	1472901	1472912	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_019753	TTAATT	2	12	1475375	1475386	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_019753	GTTTTA	2	12	1475993	1476004	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_019753	CAGTAT	2	12	1486380	1486391	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_019753	CATCTC	2	12	1496201	1496212	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
108	NC_019753	AGCCTT	2	12	1533867	1533878	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_019753	TACAGA	2	12	1536917	1536928	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_019753	TTTTAA	2	12	1542483	1542494	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_019753	GCGGTT	2	12	1584225	1584236	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_019753	CTTAAT	2	12	1597174	1597185	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_019753	ATTTCA	2	12	1608579	1608590	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_019753	CTACGC	2	12	1630987	1630998	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
115	NC_019753	TAGAAT	2	12	1656360	1656371	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_019753	ATGGCA	2	12	1670075	1670086	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_019753	CATCAA	2	12	1700817	1700828	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_019753	CGCCAA	2	12	1744229	1744240	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
119	NC_019753	GCATCG	2	12	1745793	1745804	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_019753	TATAAT	2	12	1769636	1769647	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_019753	TTGCAC	2	12	1863457	1863468	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_019753	ATCTGC	2	12	1873524	1873535	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_019753	ATTACC	2	12	1901889	1901900	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_019753	AGCTTT	2	12	1907247	1907258	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_019753	ATCTGG	2	12	1937676	1937687	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_019753	ATAAAT	2	12	1943420	1943431	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_019753	TTTATA	2	12	1950757	1950768	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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250	NC_019753	TATCAA	2	12	3862602	3862613	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
251	NC_019753	CTCATA	2	12	3966779	3966790	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
252	NC_019753	GAAAAG	2	12	3973039	3973050	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
253	NC_019753	CTATAT	2	12	4020663	4020674	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
254	NC_019753	AGGAAG	2	12	4022444	4022455	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
255	NC_019753	TAAATT	2	12	4046991	4047002	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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258	NC_019753	ATATTA	2	12	4150723	4150734	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
259	NC_019753	AGCCAT	2	12	4150755	4150766	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.