MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Calothrix sp. PCC 6303 chromosome

Total Repeats: 469

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019751	CTAACT	2	12	4005	4016	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_019751	CTAAAT	2	12	11675	11686	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_019751	ATTATC	2	12	24432	24443	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_019751	ATATAG	2	12	42455	42466	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_019751	TTTGAT	2	12	45711	45722	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_019751	AATTTA	2	12	46746	46757	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_019751	CAAAAG	2	12	49313	49324	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_019751	AATCTT	2	12	58661	58672	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_019751	ATTAAG	2	12	61137	61148	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_019751	AAATCT	2	12	62471	62482	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_019751	AATAGA	2	12	62899	62910	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_019751	TTTTAT	2	12	100344	100355	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_019751	GTAGGC	2	12	117187	117198	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_019751	TTTTAT	2	12	118145	118156	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_019751	ATTAAT	2	12	131114	131125	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_019751	CCAAAA	2	12	133846	133857	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_019751	ACAAAA	2	12	139249	139260	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_019751	CCTCAA	2	12	149826	149837	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
19	NC_019751	GTAAAA	2	12	150210	150221	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_019751	ATTAAG	2	12	170367	170378	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_019751	TAAAAT	2	12	176467	176478	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_019751	GCATAA	2	12	192832	192843	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_019751	ATCTTT	2	12	196324	196335	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_019751	TTAGTG	2	12	196511	196522	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_019751	TTTTGA	2	12	206603	206614	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_019751	AATAGA	2	12	211256	211267	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_019751	ATAGTT	2	12	221500	221511	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_019751	AGAAAA	2	12	221699	221710	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_019751	GTTGGC	2	12	258695	258706	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_019751	TCCTTT	3	18	259023	259040	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_019751	CCATGT	2	12	260845	260856	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_019751	TGCGCT	2	12	264041	264052	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_019751	CCCAAA	2	12	271618	271629	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
34	NC_019751	GTAAAA	2	12	276576	276587	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_019751	CTTTTC	2	12	276602	276613	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_019751	CCTCAA	2	12	279922	279933	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
37	NC_019751	CCAAAA	2	12	281188	281199	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_019751	CTGAGA	2	12	288119	288130	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_019751	GTTTAG	2	12	288420	288431	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_019751	AAAATA	2	12	298277	298288	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_019751	TGTCAA	2	12	320049	320060	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_019751	GTCTCG	4	24	324726	324749	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_019751	AATACA	2	12	341005	341016	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_019751	GAAGAG	2	12	350909	350920	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NC_019751	ACGTGG	2	12	351471	351482	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_019751	TAAAAA	2	12	351498	351509	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_019751	ACTTGC	2	12	356767	356778	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_019751	TTAGAT	2	12	357206	357217	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_019751	TGAGGA	2	12	357446	357457	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
50	NC_019751	GAATTG	2	12	360426	360437	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_019751	AGCCGC	2	12	400966	400977	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
52	NC_019751	ATAAAG	2	12	403707	403718	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_019751	TTTTTA	2	12	420735	420746	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_019751	AAATAT	2	12	425757	425768	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_019751	ATTAAT	2	12	436548	436559	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_019751	ATCCTC	2	12	447270	447281	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
57	NC_019751	AATCTA	2	12	447507	447518	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_019751	TGCAAG	2	12	447946	447957	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_019751	TCATAA	2	12	464288	464299	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_019751	CCTCTT	2	12	473631	473642	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
61	NC_019751	AATATT	2	12	478025	478036	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_019751	TTTCCC	2	12	502648	502659	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
63	NC_019751	AAAATA	2	12	534986	534997	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_019751	CGGTTC	2	12	564991	565002	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_019751	CAATAT	2	12	565236	565247	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_019751	TGTATA	2	12	571605	571616	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_019751	TAGAGT	2	12	572385	572396	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_019751	TATTAG	2	12	580485	580496	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_019751	ATAAAA	2	12	600126	600137	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_019751	TTATAA	2	12	614043	614054	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_019751	TATATT	2	12	674315	674326	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_019751	TATCGA	2	12	785567	785578	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_019751	GATTGT	2	12	785957	785968	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_019751	ACTCTG	2	12	807310	807321	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_019751	CCCTGC	2	12	818848	818859	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
76	NC_019751	AGGGCT	2	12	824090	824101	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_019751	TATACA	2	12	851283	851294	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_019751	TACTAA	2	12	882473	882484	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_019751	AGCCAC	2	12	888475	888486	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
80	NC_019751	GATTTT	2	12	895991	896002	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_019751	ATAAAA	2	12	906463	906474	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_019751	TATGTA	2	12	922710	922721	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_019751	TACTAA	2	12	930219	930230	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_019751	CTTCTG	2	12	950429	950440	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_019751	TTACTT	2	12	950523	950534	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_019751	AATTTT	2	12	963713	963724	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_019751	TTTTAT	2	12	1010751	1010762	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_019751	CCTCTT	2	12	1026995	1027006	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
89	NC_019751	TAAATA	2	12	1035174	1035185	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_019751	GAGGAA	2	12	1036144	1036155	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
91	NC_019751	AAACCC	2	12	1036688	1036699	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
92	NC_019751	TAAGGA	2	12	1061479	1061490	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_019751	ATAAGT	2	12	1065122	1065133	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_019751	GTAGGG	2	12	1068434	1068445	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_019751	TAGGAT	2	12	1073180	1073191	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_019751	CTTTAA	2	12	1087908	1087919	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_019751	GATTTT	2	12	1097880	1097891	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_019751	ATATAG	2	12	1101208	1101219	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_019751	TTTTAA	2	12	1112094	1112105	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_019751	TGTTCT	2	12	1166664	1166675	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_019751	TGATAT	2	12	1172739	1172750	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_019751	GTGATC	2	12	1176362	1176373	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_019751	TAAATA	2	12	1201093	1201104	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_019751	AAATCA	2	12	1245725	1245736	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_019751	ACATTT	2	12	1248609	1248620	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_019751	AATACA	2	12	1255414	1255425	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_019751	ACTTTT	2	12	1282710	1282721	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_019751	GTTTAA	2	12	1284178	1284189	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_019751	ATAAAT	2	12	1318632	1318643	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_019751	CATATA	2	12	1331641	1331652	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_019751	CATATA	2	12	1346378	1346389	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_019751	AAAGTT	2	12	1358923	1358934	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_019751	TTAATT	2	12	1363796	1363807	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_019751	ACTCAT	2	12	1389702	1389713	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_019751	TAAGTA	2	12	1389731	1389742	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_019751	TTGTCA	2	12	1391655	1391666	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_019751	CCTTCC	2	12	1462445	1462456	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
118	NC_019751	ACAGCT	2	12	1467972	1467983	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_019751	CAAAAG	2	12	1473997	1474008	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_019751	AAAATA	2	12	1475111	1475122	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_019751	GAACTA	2	12	1491550	1491561	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_019751	AAAATA	2	12	1508297	1508308	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_019751	GCTTTA	2	12	1535801	1535812	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_019751	TGTGGC	2	12	1571260	1571271	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_019751	AGAAGC	2	12	1598964	1598975	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_019751	CAAAGC	2	12	1599780	1599791	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_019751	AGAAGG	2	12	1600670	1600681	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
128	NC_019751	AGGAAT	2	12	1661811	1661822	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_019751	GAAAGG	2	12	1668942	1668953	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
130	NC_019751	GGAATA	2	12	1670450	1670461	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_019751	AAAATA	2	12	1685357	1685368	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_019751	ATATTG	2	12	1686806	1686817	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
133	NC_019751	TTCATT	2	12	1690891	1690902	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_019751	TGTAAC	2	12	1700874	1700885	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
135	NC_019751	AAAGTA	2	12	1715272	1715283	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
136	NC_019751	ATTCAA	2	12	1716695	1716706	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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138	NC_019751	CCCATA	2	12	1724649	1724660	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
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152	NC_019751	TCAGAG	2	12	1960076	1960087	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
153	NC_019751	CAAAAT	2	12	1962154	1962165	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
154	NC_019751	ATTTTA	2	12	1964872	1964883	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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156	NC_019751	AATCTA	2	12	1975021	1975032	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
157	NC_019751	TGCAAG	2	12	1975460	1975471	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
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249	NC_019751	AGATTT	2	12	3318427	3318438	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
250	NC_019751	TCGATA	2	12	3328754	3328765	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
251	NC_019751	TAAATA	2	12	3330787	3330798	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
252	NC_019751	TCGATA	2	12	3387446	3387457	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
253	NC_019751	TTCACG	2	12	3393054	3393065	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
254	NC_019751	TAACCA	2	12	3426717	3426728	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
255	NC_019751	ATTAAT	2	12	3489155	3489166	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
256	NC_019751	TTTAAT	2	12	3635397	3635408	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
257	NC_019751	TAAATA	2	12	3645018	3645029	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
258	NC_019751	CGGAGC	2	12	3647742	3647753	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
259	NC_019751	AAAGAT	2	12	3650822	3650833	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
260	NC_019751	TGAAGC	2	12	3672668	3672679	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
261	NC_019751	ATGTTG	2	12	3698517	3698528	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
262	NC_019751	AAAAAT	2	12	3732551	3732562	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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264	NC_019751	AAAACT	2	12	3768945	3768956	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
265	NC_019751	CTTGGA	2	12	3794435	3794446	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
266	NC_019751	ATATTT	2	12	3812136	3812147	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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270	NC_019751	AAACTA	2	12	3879810	3879821	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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274	NC_019751	TTTAAA	2	12	3911541	3911552	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
275	NC_019751	TTTACT	2	12	3913180	3913191	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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281	NC_019751	AGGCGT	2	12	3982893	3982904	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
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283	NC_019751	CTCTTC	2	12	3984095	3984106	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
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285	NC_019751	TATGAC	2	12	3985086	3985097	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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288	NC_019751	TTTTAT	2	12	4041139	4041150	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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290	NC_019751	GAAGAG	2	12	4050962	4050973	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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363	NC_019751	AGAGAT	2	12	5141406	5141417	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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374	NC_019751	GCCTAT	2	12	5259975	5259986	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
375	NC_019751	AAATCA	2	12	5269412	5269423	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
376	NC_019751	ACTGTA	2	12	5299944	5299955	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
377	NC_019751	CTTCCC	2	12	5301237	5301248	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
378	NC_019751	TGAAGT	2	12	5310817	5310828	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
379	NC_019751	ATTGAA	2	12	5314557	5314568	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
380	NC_019751	TTAGCC	2	12	5325434	5325445	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
381	NC_019751	GAAGAG	2	12	5337833	5337844	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
382	NC_019751	TTGGTT	2	12	5384001	5384012	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
383	NC_019751	TCTCAA	2	12	5454750	5454761	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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387	NC_019751	AGGGCT	2	12	5549799	5549810	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
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389	NC_019751	TTTCTA	2	12	5552932	5552943	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
390	NC_019751	TAGTTC	2	12	5553349	5553360	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
391	NC_019751	TACTGA	2	12	5595188	5595199	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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398	NC_019751	TCAATG	2	12	5655713	5655724	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
399	NC_019751	AAGCGC	2	12	5670365	5670376	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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401	NC_019751	CCTCTT	2	12	5720225	5720236	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
402	NC_019751	ATTTTG	2	12	5732416	5732427	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
403	NC_019751	GAATTT	2	12	5732473	5732484	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
404	NC_019751	GCTAAA	2	12	5736710	5736721	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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411	NC_019751	TATATT	2	12	5831721	5831732	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.