MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Non-Coding Repeats of Cylindrospermum stagnale PCC 7417 plasmid pCYLST.02

Total Repeats: 422

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019744	TAA	2	6	25	30	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_019744	TCC	2	6	146	151	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3	NC_019744	CTT	2	6	223	228	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_019744	CTT	2	6	488	493	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_019744	ACT	2	6	1982	1987	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_019744	TTG	2	6	2003	2008	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_019744	ATT	2	6	3462	3467	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_019744	ATT	2	6	3628	3633	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_019744	ATT	2	6	3698	3703	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_019744	ATG	2	6	5649	5654	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_019744	AGA	2	6	5720	5725	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_019744	TAA	2	6	8385	8390	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_019744	TTG	2	6	8405	8410	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_019744	TAC	2	6	8529	8534	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_019744	CTT	2	6	9508	9513	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_019744	GTT	2	6	9558	9563	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_019744	CAA	2	6	9596	9601	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_019744	GCA	2	6	12345	12350	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_019744	GCT	2	6	12895	12900	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_019744	AGA	2	6	13014	13019	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_019744	ACC	2	6	13062	13067	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
22	NC_019744	TTG	2	6	14968	14973	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_019744	CTC	3	9	15018	15026	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
24	NC_019744	AAG	2	6	15058	15063	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_019744	TTG	2	6	15081	15086	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_019744	GTT	2	6	15101	15106	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_019744	AAC	3	9	15144	15152	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_019744	TGT	2	6	15181	15186	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_019744	ACC	2	6	15237	15242	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
30	NC_019744	ACC	2	6	15303	15308	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
31	NC_019744	ACA	2	6	15381	15386	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_019744	TCA	2	6	15394	15399	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_019744	CGT	2	6	15469	15474	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_019744	TGT	2	6	15612	15617	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_019744	CCT	2	6	15666	15671	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
36	NC_019744	TCC	2	6	15712	15717	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
37	NC_019744	TGT	2	6	15880	15885	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_019744	TCT	2	6	15954	15959	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_019744	ACC	2	6	16002	16007	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
40	NC_019744	CTT	2	6	16119	16124	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_019744	AGC	2	6	16303	16308	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_019744	GGA	2	6	16317	16322	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_019744	AAC	2	6	16502	16507	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_019744	ATA	2	6	16646	16651	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_019744	CAA	2	6	16661	16666	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_019744	ATC	2	6	17770	17775	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_019744	TCC	2	6	18622	18627	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
48	NC_019744	CTC	2	6	18630	18635	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
49	NC_019744	TCA	2	6	18667	18672	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_019744	TAA	2	6	20369	20374	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_019744	AAC	2	6	20449	20454	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_019744	GTA	2	6	20551	20556	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_019744	TTC	2	6	20737	20742	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_019744	AAG	2	6	20789	20794	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_019744	ATT	2	6	21638	21643	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_019744	AAG	2	6	26812	26817	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_019744	CCA	2	6	26973	26978	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
58	NC_019744	ATG	2	6	27079	27084	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_019744	AAC	2	6	27150	27155	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_019744	TGC	2	6	27174	27179	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_019744	ATG	2	6	29520	29525	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_019744	CTG	2	6	29538	29543	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_019744	TCG	2	6	29551	29556	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_019744	CCT	2	6	29597	29602	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
65	NC_019744	TCA	2	6	29618	29623	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_019744	GTT	2	6	29626	29631	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_019744	TGT	2	6	29660	29665	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_019744	CGA	2	6	29674	29679	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_019744	CCG	2	6	30500	30505	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
70	NC_019744	TCG	2	6	30532	30537	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_019744	CCT	2	6	30671	30676	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
72	NC_019744	AAG	2	6	30803	30808	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_019744	TTG	2	6	30883	30888	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_019744	ACA	2	6	31934	31939	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_019744	CAA	2	6	31956	31961	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_019744	AAG	2	6	32518	32523	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_019744	AAT	2	6	32535	32540	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_019744	TCA	2	6	32899	32904	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_019744	AAT	2	6	32930	32935	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_019744	TTA	2	6	33167	33172	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_019744	TCA	2	6	33234	33239	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_019744	AAG	2	6	33748	33753	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_019744	TTA	2	6	34981	34986	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_019744	GTA	2	6	35109	35114	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_019744	AGA	2	6	35146	35151	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_019744	AAT	2	6	35152	35157	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_019744	ATA	2	6	35710	35715	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_019744	AAT	2	6	35766	35771	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_019744	TCA	2	6	35806	35811	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_019744	CAA	2	6	35825	35830	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_019744	TTG	2	6	35862	35867	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_019744	TGT	2	6	35886	35891	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_019744	AAT	2	6	35995	36000	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_019744	TAC	2	6	36047	36052	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_019744	TCA	2	6	36078	36083	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_019744	TAC	2	6	36095	36100	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_019744	AGT	2	6	36104	36109	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_019744	ATG	2	6	36112	36117	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_019744	ACA	2	6	36194	36199	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_019744	AAT	2	6	36419	36424	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_019744	TAA	2	6	38934	38939	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_019744	TAG	2	6	39335	39340	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_019744	TTA	2	6	46824	46829	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_019744	AAT	2	6	48059	48064	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_019744	ATT	2	6	48079	48084	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_019744	TAA	2	6	48148	48153	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_019744	ACT	2	6	49122	49127	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_019744	ATT	2	6	49271	49276	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_019744	AAC	2	6	49321	49326	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_019744	TGG	2	6	49482	49487	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_019744	ACA	2	6	49955	49960	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_019744	ATG	2	6	49961	49966	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_019744	ACT	2	6	50035	50040	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_019744	ATG	2	6	50233	50238	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_019744	TAC	2	6	53349	53354	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_019744	AAT	2	6	53363	53368	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_019744	AGG	2	6	53514	53519	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_019744	AGG	2	6	53521	53526	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_019744	AGG	2	6	53528	53533	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_019744	GAA	2	6	53764	53769	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_019744	TCT	2	6	53797	53802	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_019744	TCA	2	6	53993	53998	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_019744	CTG	2	6	54076	54081	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_019744	ATG	2	6	54098	54103	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
125	NC_019744	ATA	2	6	54125	54130	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_019744	ATT	2	6	54197	54202	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_019744	AAT	2	6	54204	54209	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_019744	AGA	2	6	54214	54219	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_019744	ATC	2	6	54389	54394	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_019744	TAA	2	6	54397	54402	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_019744	AGG	2	6	54433	54438	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
132	NC_019744	TTC	2	6	57482	57487	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_019744	TTC	2	6	57524	57529	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_019744	AAT	2	6	57584	57589	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_019744	CAT	2	6	57677	57682	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_019744	TAG	2	6	57694	57699	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
137	NC_019744	ATT	2	6	57725	57730	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_019744	AGT	2	6	57753	57758	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
139	NC_019744	GCA	2	6	57772	57777	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_019744	ACT	2	6	57851	57856	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_019744	GCT	2	6	57857	57862	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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412	NC_019744	AAT	2	6	148846	148851	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
413	NC_019744	TAT	2	6	149023	149028	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
414	NC_019744	GTT	2	6	152995	153000	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
415	NC_019744	CTA	2	6	153028	153033	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
416	NC_019744	TAA	2	6	153139	153144	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
417	NC_019744	GCA	2	6	153198	153203	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
418	NC_019744	CAT	2	6	153278	153283	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
419	NC_019744	AGC	2	6	153355	153360	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
420	NC_019744	TAA	2	6	153775	153780	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
421	NC_019744	ATT	2	6	153808	153813	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
422	NC_019744	TGA	2	6	153859	153864	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.