MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 plasmid pCHRO.01

Total Repeats: 272

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019699	ATCT	2	8	131	138	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_019699	TCAA	2	8	188	195	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_019699	TTTG	2	8	3305	3312	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_019699	CTAA	2	8	6154	6161	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
5	NC_019699	ATCG	2	8	7513	7520	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
6	NC_019699	ACTT	2	8	7606	7613	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
7	NC_019699	ATCT	2	8	7669	7676	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
8	NC_019699	CGAT	2	8	9072	9079	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
9	NC_019699	GCTT	2	8	9840	9847	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
10	NC_019699	AAAT	2	8	9884	9891	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_019699	GTAG	2	8	16691	16698	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NC_019699	AATT	2	8	18364	18371	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_019699	TATT	2	8	18373	18380	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_019699	AGTG	2	8	18624	18631	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
15	NC_019699	CCAA	2	8	19179	19186	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
16	NC_019699	GAAA	2	8	19220	19227	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_019699	TGTT	2	8	19263	19270	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_019699	CAAG	2	8	20197	20204	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
19	NC_019699	GTCT	2	8	20490	20497	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
20	NC_019699	TAGG	2	8	20944	20951	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
21	NC_019699	TCGA	2	8	23151	23158	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
22	NC_019699	ATAC	2	8	23449	23456	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
23	NC_019699	AATG	2	8	26889	26896	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_019699	CATC	2	8	27538	27545	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
25	NC_019699	TGCT	2	8	28256	28263	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
26	NC_019699	TGTT	2	8	28653	28660	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_019699	GGCG	2	8	29197	29204	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
28	NC_019699	CCAA	2	8	29222	29229	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
29	NC_019699	AGGT	2	8	29704	29711	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_019699	TCAA	2	8	34171	34178	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
31	NC_019699	ACTG	2	8	40328	40335	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
32	NC_019699	TTAC	2	8	40932	40939	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
33	NC_019699	GCAA	2	8	41682	41689	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
34	NC_019699	GATG	2	8	41735	41742	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_019699	TAGA	2	8	44233	44240	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_019699	AAAT	2	8	44247	44254	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_019699	GCAA	2	8	44559	44566	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
38	NC_019699	GATA	2	8	45606	45613	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_019699	CGAT	2	8	45616	45623	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
40	NC_019699	TATC	2	8	48813	48820	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
41	NC_019699	TATT	2	8	52955	52962	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_019699	TCAA	2	8	61180	61187	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
43	NC_019699	TGCC	2	8	61460	61467	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
44	NC_019699	AATC	2	8	61743	61750	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
45	NC_019699	TGTT	2	8	64855	64862	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
46	NC_019699	TTAC	2	8	65459	65466	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
47	NC_019699	CGAT	2	8	66106	66113	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
48	NC_019699	TTTC	2	8	75295	75302	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
49	NC_019699	CATA	2	8	75573	75580	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
50	NC_019699	TTTA	2	8	76923	76930	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_019699	CTTG	2	8	78410	78417	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
52	NC_019699	CAGC	2	8	79287	79294	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
53	NC_019699	CCAG	2	8	82898	82905	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
54	NC_019699	AGCA	3	12	84490	84501	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
55	NC_019699	CTTG	2	8	88758	88765	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
56	NC_019699	CAAT	2	8	89567	89574	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
57	NC_019699	TGAT	2	8	89739	89746	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_019699	ATTG	2	8	90447	90454	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_019699	TTGT	2	8	90545	90552	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_019699	AGTT	2	8	91234	91241	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_019699	CTTT	2	8	93103	93110	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
62	NC_019699	GCGA	2	8	95222	95229	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
63	NC_019699	ACCA	2	8	95431	95438	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
64	NC_019699	ATGT	2	8	97113	97120	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_019699	CTTT	2	8	97264	97271	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_019699	TTCA	2	8	99558	99565	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
67	NC_019699	GTTG	2	8	99611	99618	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
68	NC_019699	TCAA	2	8	99632	99639	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
69	NC_019699	GTGA	2	8	99650	99657	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
70	NC_019699	ACAT	2	8	104206	104213	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
71	NC_019699	AAAT	2	8	104376	104383	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_019699	AAAG	2	8	104391	104398	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NC_019699	TAAA	2	8	104938	104945	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_019699	CAAA	2	8	105092	105099	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
75	NC_019699	CATT	2	8	105797	105804	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
76	NC_019699	GTTA	2	8	105957	105964	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
77	NC_019699	AGTT	2	8	106104	106111	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_019699	TTTA	2	8	106240	106247	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_019699	TGAT	2	8	106947	106954	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
80	NC_019699	TTTC	2	8	115967	115974	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_019699	TCGT	2	8	116000	116007	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
82	NC_019699	TGAA	2	8	117477	117484	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
83	NC_019699	ATCA	2	8	117488	117495	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
84	NC_019699	TAAA	2	8	118607	118614	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_019699	GCTC	2	8	119373	119380	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
86	NC_019699	TGAC	2	8	119539	119546	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
87	NC_019699	GTTA	2	8	119702	119709	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_019699	GTTT	2	8	123088	123095	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_019699	TAGA	2	8	123597	123604	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_019699	TTTA	2	8	123631	123638	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_019699	CGTT	2	8	125790	125797	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
92	NC_019699	TTTA	2	8	125806	125813	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_019699	AGCT	2	8	128882	128889	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
94	NC_019699	AATA	2	8	130928	130935	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_019699	CTGG	2	8	131277	131284	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
96	NC_019699	AGTC	2	8	131576	131583	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
97	NC_019699	GATC	2	8	132177	132184	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
98	NC_019699	CCAA	2	8	132187	132194	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
99	NC_019699	GGAT	2	8	132264	132271	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
100	NC_019699	TACT	2	8	133626	133633	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
101	NC_019699	GTTA	2	8	133668	133675	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
102	NC_019699	GTTC	2	8	134263	134270	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
103	NC_019699	ATCG	2	8	134281	134288	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
104	NC_019699	CCTG	2	8	135611	135618	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
105	NC_019699	TGCT	2	8	136654	136661	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
106	NC_019699	ACGA	2	8	136800	136807	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
107	NC_019699	GATC	2	8	139857	139864	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_019699	AGTC	2	8	139920	139927	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
109	NC_019699	GGTT	2	8	140381	140388	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
110	NC_019699	GTTC	2	8	140683	140690	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_019699	ACTG	2	8	140720	140727	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
112	NC_019699	CGAG	2	8	140974	140981	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
113	NC_019699	GCAA	2	8	143726	143733	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
114	NC_019699	GTCC	2	8	143760	143767	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
115	NC_019699	GACG	2	8	143788	143795	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
116	NC_019699	AAGC	2	8	143824	143831	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_019699	AGTA	2	8	143945	143952	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
118	NC_019699	GATT	2	8	147716	147723	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
119	NC_019699	GCCT	2	8	148875	148882	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
120	NC_019699	CAGG	2	8	148981	148988	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
121	NC_019699	TGCC	2	8	151779	151786	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
122	NC_019699	TTGT	2	8	152087	152094	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_019699	ATTG	2	8	154867	154874	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
124	NC_019699	GTCA	2	8	155042	155049	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
125	NC_019699	ACAT	2	8	155203	155210	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
126	NC_019699	GAAT	2	8	155672	155679	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
127	NC_019699	AAAG	2	8	156416	156423	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
128	NC_019699	AGCA	2	8	156515	156522	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
129	NC_019699	GATA	2	8	156774	156781	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
130	NC_019699	CCAA	2	8	157414	157421	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
131	NC_019699	GGCA	2	8	157700	157707	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
132	NC_019699	CAAC	2	8	157950	157957	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
133	NC_019699	CTTT	2	8	159109	159116	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
134	NC_019699	TTAA	2	8	159135	159142	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_019699	ACTT	2	8	160756	160763	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_019699	TTGT	2	8	160794	160801	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
137	NC_019699	ATCA	2	8	161081	161088	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_019699	GTAG	2	8	162335	162342	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
139	NC_019699	GATC	2	8	164535	164542	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
140	NC_019699	GCAA	2	8	165975	165982	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
141	NC_019699	CTCG	3	12	168473	168484	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
142	NC_019699	GTCG	2	8	168818	168825	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
143	NC_019699	CCTT	2	8	169064	169071	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
144	NC_019699	GCCT	2	8	169120	169127	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
145	NC_019699	ATGG	2	8	169182	169189	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
146	NC_019699	CAGC	2	8	169248	169255	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
147	NC_019699	CATC	2	8	169494	169501	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
148	NC_019699	TACC	2	8	171129	171136	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
149	NC_019699	AAAT	2	8	171153	171160	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_019699	AACT	2	8	172172	172179	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
151	NC_019699	GTTA	2	8	173532	173539	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
152	NC_019699	GGAG	2	8	173884	173891	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.