MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chamaesiphon minutus PCC 6605

Total Repeats: 1149

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019697	AAGAG	2	10	2097	2106	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
2	NC_019697	CGGTT	2	10	4223	4232	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_019697	AACCG	2	10	4357	4366	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
4	NC_019697	AAGAC	2	10	31848	31857	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_019697	GTAGC	2	10	35457	35466	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
6	NC_019697	CAACC	2	10	35612	35621	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
7	NC_019697	GTGGG	2	10	35765	35774	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
8	NC_019697	GAGAG	2	10	38873	38882	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
9	NC_019697	CGATC	2	10	42916	42925	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_019697	TGTCT	2	10	57018	57027	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
11	NC_019697	AACAA	2	10	62625	62634	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_019697	ATAGT	2	10	63860	63869	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_019697	GATTG	2	10	63891	63900	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
14	NC_019697	TGAAT	2	10	68638	68647	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_019697	TTATT	2	10	75916	75925	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_019697	TGTCT	2	10	87747	87756	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
17	NC_019697	AATCC	2	10	88290	88299	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
18	NC_019697	TCAAA	2	10	89984	89993	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_019697	AGGGG	2	10	110740	110749	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
20	NC_019697	TGTCT	2	10	116651	116660	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_019697	AACTA	2	10	119250	119259	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_019697	GATCG	2	10	119512	119521	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_019697	ATTTT	2	10	122441	122450	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_019697	TGTCT	2	10	124901	124910	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_019697	GGTTT	2	10	140305	140314	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
26	NC_019697	TATCG	2	10	143940	143949	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_019697	TGTCT	2	10	157632	157641	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_019697	AAGAA	2	10	159853	159862	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_019697	GCATA	2	10	162688	162697	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_019697	GAGAG	2	10	168471	168480	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
31	NC_019697	CAACC	2	10	176724	176733	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
32	NC_019697	ACTGC	2	10	177210	177219	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_019697	TGTCT	2	10	183844	183853	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_019697	TAGCA	2	10	206323	206332	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_019697	ATTGC	2	10	207363	207372	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_019697	ACAAA	2	10	208809	208818	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_019697	GCTAG	2	10	213853	213862	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
38	NC_019697	TCGAT	2	10	221445	221454	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_019697	TTAGT	2	10	222828	222837	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_019697	GGGTG	2	10	240316	240325	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
41	NC_019697	TGTCT	2	10	249666	249675	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_019697	CCATA	2	10	249809	249818	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
43	NC_019697	TCGAT	2	10	259177	259186	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_019697	ACTGG	2	10	260363	260372	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
45	NC_019697	AAACA	2	10	260761	260770	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_019697	AAATT	2	10	260922	260931	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_019697	TTCAG	2	10	264903	264912	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
48	NC_019697	ACCCC	2	10	268909	268918	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
49	NC_019697	CCCTA	2	10	270261	270270	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
50	NC_019697	TTAAT	2	10	276845	276854	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_019697	AGGGT	2	10	283169	283178	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
52	NC_019697	ACAAT	2	10	286323	286332	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_019697	ATGGC	2	10	288578	288587	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
54	NC_019697	TTGTC	5	25	289463	289487	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_019697	GAGAA	2	10	289607	289616	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
56	NC_019697	GAAGA	2	10	292046	292055	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_019697	ACCCC	2	10	292093	292102	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
58	NC_019697	CAAGA	2	10	302917	302926	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_019697	AAAGC	2	10	310925	310934	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_019697	ATTAG	2	10	348444	348453	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_019697	GTAAA	2	10	350232	350241	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_019697	CCAAT	2	10	357586	357595	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
63	NC_019697	CGATA	2	10	357599	357608	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_019697	ATTTT	2	10	364431	364440	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_019697	CTTTG	2	10	367727	367736	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_019697	GCTGG	2	10	367765	367774	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
67	NC_019697	GATCG	2	10	383376	383385	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
68	NC_019697	ATTTA	2	10	383611	383620	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_019697	TGCGA	2	10	386200	386209	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
70	NC_019697	TACAA	2	10	388546	388555	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_019697	GGAAG	2	10	392412	392421	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
72	NC_019697	TAAAT	2	10	398126	398135	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_019697	AACCC	2	10	400982	400991	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
74	NC_019697	CTGGA	2	10	403411	403420	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
75	NC_019697	TAGTT	2	10	417418	417427	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_019697	TGTCT	2	10	417432	417441	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_019697	AAAAT	2	10	423605	423614	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_019697	TAAAT	2	10	428606	428615	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_019697	CGATC	2	10	428747	428756	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
80	NC_019697	AGATA	2	10	428888	428897	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_019697	TGTGG	2	10	435092	435101	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
82	NC_019697	CCGCT	2	10	441439	441448	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
83	NC_019697	ATCCC	2	10	464272	464281	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
84	NC_019697	TTAAA	2	10	464371	464380	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_019697	ATGCT	2	10	476006	476015	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
86	NC_019697	AATTA	2	10	483380	483389	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_019697	GTTAA	2	10	483618	483627	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_019697	TCGAT	2	10	485314	485323	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_019697	TGTCT	3	15	486275	486289	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_019697	CCCAC	2	10	495905	495914	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
91	NC_019697	ATGGC	2	10	504141	504150	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
92	NC_019697	TCCTC	2	10	507358	507367	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
93	NC_019697	ATTTT	2	10	509353	509362	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_019697	ATGTC	2	10	511227	511236	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
95	NC_019697	GAAAA	2	10	511399	511408	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_019697	TTAAT	2	10	517131	517140	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_019697	TAAAA	2	10	517232	517241	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_019697	CCCGA	2	10	519279	519288	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
99	NC_019697	AGAGA	2	10	522426	522435	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
100	NC_019697	GGTTG	2	10	525888	525897	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
101	NC_019697	CGATC	2	10	545042	545051	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
102	NC_019697	ACTAT	2	10	552271	552280	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_019697	CTAAA	2	10	558816	558825	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_019697	TTCAA	2	10	560291	560300	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_019697	TCGAA	2	10	568419	568428	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_019697	TTAGC	2	10	569273	569282	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_019697	CGGTT	2	10	578094	578103	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
108	NC_019697	AACCG	2	10	578401	578410	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
109	NC_019697	TACTT	2	10	582545	582554	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_019697	TCATG	2	10	586280	586289	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
111	NC_019697	AGGTG	2	10	588606	588615	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
112	NC_019697	CCGTT	2	10	588944	588953	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
113	NC_019697	AGTTA	2	10	590238	590247	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_019697	TGTCT	2	10	602279	602288	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
115	NC_019697	AATTG	2	10	604263	604272	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_019697	TTTTA	2	10	609666	609675	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_019697	ATTAG	2	10	624735	624744	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_019697	GCACC	2	10	630261	630270	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
119	NC_019697	GCCGA	2	10	631566	631575	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
120	NC_019697	GTAAG	2	10	633142	633151	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
121	NC_019697	ACTAG	2	10	635548	635557	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
122	NC_019697	CCCTT	2	10	635753	635762	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
123	NC_019697	CTCTT	2	10	637350	637359	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
124	NC_019697	CCCTA	2	10	641835	641844	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
125	NC_019697	AGTTA	2	10	651392	651401	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_019697	TTGAT	2	10	652564	652573	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_019697	AAATC	2	10	653881	653890	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
128	NC_019697	ATTAT	2	10	670663	670672	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_019697	AAATG	2	10	685065	685074	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_019697	CGGTT	2	10	685357	685366	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
131	NC_019697	TGAGA	2	10	694180	694189	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
132	NC_019697	GAAGA	2	10	703099	703108	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
133	NC_019697	GACAA	2	10	706517	706526	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
134	NC_019697	CCAAC	2	10	708383	708392	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
135	NC_019697	AATAA	2	10	711391	711400	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_019697	TTAAT	2	10	714005	714014	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_019697	TATTT	2	10	721520	721529	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_019697	TGGGG	2	10	726037	726046	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
139	NC_019697	CATCG	2	10	728163	728172	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
140	NC_019697	TCTAT	2	10	734063	734072	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_019697	ATATA	2	10	741338	741347	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_019697	ACCAT	2	10	743068	743077	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
143	NC_019697	TTAAT	2	10	746638	746647	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_019697	TTAAT	2	10	763513	763522	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_019697	GTTAA	2	10	769816	769825	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_019697	TCAAT	2	10	781188	781197	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
147	NC_019697	AAGCG	2	10	783652	783661	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
148	NC_019697	CTCTA	2	10	786228	786237	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
149	NC_019697	TTATC	2	10	786270	786279	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
150	NC_019697	TGTCT	4	20	787751	787770	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
151	NC_019697	TTCAT	2	10	796128	796137	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
152	NC_019697	CGTCA	2	10	800473	800482	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
153	NC_019697	TAGGG	2	10	803782	803791	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
154	NC_019697	CCCTA	2	10	803808	803817	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
155	NC_019697	TGTCT	2	10	806806	806815	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
156	NC_019697	TGTCT	2	10	808461	808470	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
157	NC_019697	CAAGA	2	10	810271	810280	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
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160	NC_019697	AAATT	2	10	816448	816457	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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162	NC_019697	ATCTC	2	10	828878	828887	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
163	NC_019697	GTGGG	2	10	839138	839147	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
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165	NC_019697	CGATC	2	10	847064	847073	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
166	NC_019697	GCATT	2	10	847096	847105	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
167	NC_019697	GGGGA	2	10	855484	855493	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
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173	NC_019697	TGTCT	2	10	860152	860161	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
174	NC_019697	CTCTC	2	10	867878	867887	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
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176	NC_019697	CGGTT	2	10	885359	885368	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
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179	NC_019697	TGAGT	2	10	891225	891234	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
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182	NC_019697	ATGGG	2	10	897947	897956	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
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185	NC_019697	GGATG	2	10	902401	902410	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
186	NC_019697	AGATG	2	10	908923	908932	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
187	NC_019697	AAGCG	2	10	909487	909496	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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194	NC_019697	CAAGA	2	10	946141	946150	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
195	NC_019697	TGTCT	2	10	955778	955787	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
196	NC_019697	GTGGG	2	10	967532	967541	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
197	NC_019697	TGTCT	2	10	969516	969525	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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222	NC_019697	TGTCT	4	20	1123705	1123724	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
223	NC_019697	GTGTT	2	10	1126707	1126716	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
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271	NC_019697	TACCG	2	10	1381033	1381042	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
272	NC_019697	ACTCA	2	10	1382700	1382709	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
273	NC_019697	ATCCA	2	10	1385236	1385245	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
274	NC_019697	TAATT	2	10	1408318	1408327	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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283	NC_019697	GATTG	2	10	1505555	1505564	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
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466	NC_019697	TCGAT	2	10	2523057	2523066	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
467	NC_019697	CTTGT	2	10	2523299	2523308	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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485	NC_019697	CTATT	2	10	2605377	2605386	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
486	NC_019697	AGAAC	2	10	2620985	2620994	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
487	NC_019697	CAAAT	2	10	2653106	2653115	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
488	NC_019697	AAAGC	2	10	2667296	2667305	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
489	NC_019697	TCGAT	2	10	2671172	2671181	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
490	NC_019697	ATTGA	2	10	2679907	2679916	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
491	NC_019697	ATCGA	2	10	2684422	2684431	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
492	NC_019697	GATTT	2	10	2689382	2689391	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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498	NC_019697	TCGGA	2	10	2734920	2734929	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
499	NC_019697	CAGAC	2	10	2748722	2748731	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
500	NC_019697	TCGAT	2	10	2756002	2756011	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding

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