MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Candidatus Nitrososphaera gargensis Ga9.2 chromosome

Total Repeats: 469

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018719	GTGAT	2	10	86	95	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018719	AGAAT	2	10	12808	12817	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018719	ACAGA	2	10	13144	13153	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_018719	TCAAT	2	10	13293	13302	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_018719	GCCGC	2	10	19635	19644	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
6	NC_018719	GCTCT	2	10	25822	25831	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
7	NC_018719	ACGCG	2	10	26356	26365	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
8	NC_018719	TGTAT	2	10	33473	33482	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018719	ATTAT	2	10	37252	37261	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018719	ACAAA	2	10	37383	37392	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_018719	CACTG	2	10	39597	39606	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
12	NC_018719	GTGTC	2	10	46472	46481	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_018719	TGAGC	2	10	47400	47409	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
14	NC_018719	TTAGG	2	10	48054	48063	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
15	NC_018719	TTCAC	2	10	49482	49491	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
16	NC_018719	TAACA	2	10	50762	50771	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_018719	TTTTG	2	10	55850	55859	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_018719	ACATA	2	10	72452	72461	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_018719	ATTTA	2	10	80518	80527	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018719	ACTCT	2	10	80548	80557	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
21	NC_018719	TTTGT	2	10	82278	82287	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_018719	AAAAG	2	10	84568	84577	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_018719	TCTAA	2	10	91764	91773	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_018719	AAAGA	2	10	96820	96829	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018719	AATAC	2	10	104803	104812	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_018719	CCGGC	2	10	105706	105715	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
27	NC_018719	AATAT	2	10	117657	117666	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018719	TGCAC	2	10	126604	126613	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
29	NC_018719	CATCT	2	10	133410	133419	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
30	NC_018719	ATTTT	2	10	135645	135654	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018719	ATTTA	2	10	137774	137783	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018719	AAGCC	2	10	169072	169081	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_018719	GCCAA	2	10	169224	169233	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
34	NC_018719	GATTA	2	10	172099	172108	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_018719	AAGTT	2	10	183656	183665	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018719	TATAA	2	10	183849	183858	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018719	AGATG	2	10	186183	186192	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018719	CAACA	2	10	197168	197177	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
39	NC_018719	AGCAT	2	10	200291	200300	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_018719	GGGAC	2	10	203287	203296	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
41	NC_018719	GTCTT	2	10	215699	215708	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_018719	GGAAG	2	10	221651	221660	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
43	NC_018719	AGTCC	2	10	225676	225685	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
44	NC_018719	ATTAT	2	10	232567	232576	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_018719	AATAT	2	10	237005	237014	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018719	TACAT	2	10	237514	237523	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_018719	TACAT	2	10	256577	256586	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_018719	TTCTT	2	10	294353	294362	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_018719	CGTAC	2	10	295718	295727	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
50	NC_018719	GACAT	2	10	301957	301966	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_018719	ATACA	2	10	305427	305436	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_018719	AAAAT	2	10	316278	316287	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_018719	GCGCG	2	10	336686	336695	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
54	NC_018719	AGGAT	2	10	341857	341866	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
55	NC_018719	CAGTG	2	10	347807	347816	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
56	NC_018719	AACCC	2	10	353160	353169	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
57	NC_018719	AGGTA	2	10	365772	365781	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_018719	ATTAT	2	10	374215	374224	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_018719	CGTAG	2	10	379028	379037	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
60	NC_018719	AGGAT	2	10	387123	387132	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_018719	TAAAA	2	10	391713	391722	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_018719	ATTTT	2	10	391954	391963	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_018719	GGAAT	2	10	392428	392437	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
64	NC_018719	AGAGG	2	10	410206	410215	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
65	NC_018719	ATTTT	2	10	424954	424963	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_018719	GGGGT	3	15	425024	425038	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
67	NC_018719	AATTC	2	10	428206	428215	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_018719	GTACG	2	10	432157	432166	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
69	NC_018719	TCCCA	2	10	434060	434069	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
70	NC_018719	ATGCT	2	10	439264	439273	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_018719	AAAGG	2	10	439608	439617	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
72	NC_018719	TGGGT	2	10	443305	443314	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
73	NC_018719	TTGGA	2	10	447260	447269	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
74	NC_018719	ACTGA	2	10	448577	448586	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_018719	TCATA	2	10	455556	455565	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_018719	ATGCT	2	10	460918	460927	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_018719	TGCTC	2	10	462468	462477	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
78	NC_018719	AAAAC	2	10	464957	464966	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_018719	TGTTA	2	10	464976	464985	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_018719	AACAC	2	10	467577	467586	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
81	NC_018719	AAATA	2	10	472786	472795	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_018719	TTATT	2	10	472898	472907	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_018719	CTTTT	2	10	480713	480722	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_018719	GAATA	2	10	488838	488847	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_018719	TCTCT	2	10	497616	497625	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
86	NC_018719	CAGTG	2	10	500016	500025	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
87	NC_018719	CTGAT	2	10	507295	507304	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
88	NC_018719	CTGAT	2	10	517029	517038	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_018719	CACTG	2	10	520607	520616	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
90	NC_018719	CAATA	2	10	520651	520660	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_018719	AAGGA	2	10	525291	525300	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
92	NC_018719	GATTT	2	10	528431	528440	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_018719	CTTTT	2	10	537199	537208	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_018719	GACAG	2	10	543349	543358	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
95	NC_018719	CATAT	2	10	544955	544964	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_018719	AATCA	2	10	545176	545185	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_018719	CAAAT	2	10	547012	547021	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_018719	ATTTG	2	10	547219	547228	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_018719	CCTCT	2	10	549412	549421	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
100	NC_018719	GGGTA	2	10	565125	565134	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
101	NC_018719	AAGCA	2	10	581888	581897	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
102	NC_018719	ATTTT	2	10	590154	590163	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_018719	TTTCT	2	10	592505	592514	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_018719	AATAT	2	10	593620	593629	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_018719	ATGAG	2	10	594567	594576	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
106	NC_018719	GAATA	2	10	598057	598066	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_018719	TATAA	2	10	602078	602087	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_018719	CTTGC	2	10	629103	629112	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
109	NC_018719	TGAAA	2	10	629113	629122	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_018719	TATGT	2	10	633449	633458	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_018719	GATTT	2	10	633883	633892	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_018719	ATTAA	2	10	635454	635463	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_018719	ACAAT	2	10	652760	652769	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_018719	CATCG	2	10	659269	659278	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
115	NC_018719	CATCA	2	10	659323	659332	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
116	NC_018719	ACATA	2	10	685931	685940	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_018719	AAAGA	2	10	685954	685963	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_018719	TCTCC	2	10	686281	686290	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
119	NC_018719	GTGTG	2	10	687298	687307	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
120	NC_018719	TAGCT	2	10	689491	689500	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
121	NC_018719	ACGTG	2	10	689810	689819	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
122	NC_018719	ATGCT	2	10	690638	690647	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_018719	GAAGG	2	10	691158	691167	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
124	NC_018719	GGCCA	2	10	691307	691316	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
125	NC_018719	AATAT	2	10	713400	713409	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_018719	AGGGG	2	10	713943	713952	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
127	NC_018719	GTCTT	2	10	715335	715344	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
128	NC_018719	ATAGC	2	10	716107	716116	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
129	NC_018719	ACACC	2	10	716715	716724	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
130	NC_018719	AAAAG	2	10	716784	716793	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_018719	GTGTC	2	10	723315	723324	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
132	NC_018719	TGAGC	2	10	724243	724252	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
133	NC_018719	TTAGG	2	10	724901	724910	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
134	NC_018719	AATAT	2	10	738374	738383	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_018719	TTGGA	2	10	738648	738657	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
136	NC_018719	GGAAG	2	10	742641	742650	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
137	NC_018719	TTTAC	2	10	749555	749564	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_018719	TGGCG	2	10	749725	749734	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
139	NC_018719	ATAAG	2	10	752332	752341	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_018719	TGCTT	2	10	753450	753459	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
141	NC_018719	TAACA	2	10	753499	753508	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_018719	AGACG	2	10	756635	756644	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
143	NC_018719	CAAAA	2	10	757429	757438	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
144	NC_018719	TATCT	2	10	765790	765799	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_018719	ATTGC	2	10	766124	766133	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
146	NC_018719	ACTAT	2	10	770925	770934	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
147	NC_018719	TACAA	2	10	771030	771039	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
148	NC_018719	ATCTG	2	10	773639	773648	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
149	NC_018719	TATAA	2	10	773660	773669	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_018719	ATAAG	2	10	781616	781625	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
151	NC_018719	GCAGG	2	10	799265	799274	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
152	NC_018719	TTGAT	2	10	803283	803292	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
153	NC_018719	ACTAT	2	10	803320	803329	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
154	NC_018719	GAAGA	2	10	806412	806421	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
155	NC_018719	TTGTT	2	10	812207	812216	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
156	NC_018719	AGCAT	2	10	812516	812525	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
157	NC_018719	CCCCT	2	10	841295	841304	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
158	NC_018719	ATAGA	2	10	870291	870300	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
159	NC_018719	TAATG	2	10	886160	886169	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
160	NC_018719	CTGGA	2	10	891837	891846	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
161	NC_018719	TAAAC	2	10	891847	891856	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
162	NC_018719	CGATG	2	10	909262	909271	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
163	NC_018719	ATAAA	2	10	919853	919862	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_018719	TAAAC	2	10	928348	928357	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
165	NC_018719	ATACA	2	10	931474	931483	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
166	NC_018719	CTGGC	2	10	933398	933407	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
167	NC_018719	AGCCG	2	10	933437	933446	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
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169	NC_018719	CAGGT	2	10	935754	935763	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
170	NC_018719	GGGTT	2	10	938461	938470	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
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172	NC_018719	TCTTT	2	10	944678	944687	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
173	NC_018719	AAGGA	2	10	946432	946441	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
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176	NC_018719	TCTGA	2	10	950869	950878	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
177	NC_018719	TCTAT	2	10	965031	965040	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
178	NC_018719	AGAAA	2	10	965128	965137	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
179	NC_018719	TACTT	2	10	977690	977699	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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181	NC_018719	AAATG	2	10	1007259	1007268	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
182	NC_018719	CCATC	2	10	1007478	1007487	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
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184	NC_018719	TACAA	2	10	1009432	1009441	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
185	NC_018719	TCGCC	2	10	1009660	1009669	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
186	NC_018719	CTTCT	2	10	1012469	1012478	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
187	NC_018719	AGCGG	2	10	1022919	1022928	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
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191	NC_018719	CATAG	2	10	1061246	1061255	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
192	NC_018719	TGGTC	2	10	1065692	1065701	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
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194	NC_018719	TAAAC	2	10	1073182	1073191	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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252	NC_018719	TTCCA	2	10	1421426	1421435	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
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266	NC_018719	CATCT	2	10	1509784	1509793	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
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285	NC_018719	TGGTT	2	10	1615748	1615757	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
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422	NC_018719	GCCTT	2	10	2484129	2484138	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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428	NC_018719	CGGCA	2	10	2516716	2516725	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
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461	NC_018719	GCAAA	2	10	2741291	2741300	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
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464	NC_018719	TGTTT	2	10	2781710	2781719	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
465	NC_018719	AATAA	2	10	2783741	2783750	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
466	NC_018719	TTTAG	2	10	2786125	2786134	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
467	NC_018719	AGCCT	2	10	2791241	2791250	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
468	NC_018719	GACAT	2	10	2806562	2806571	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
469	NC_018719	ATGTA	2	10	2814963	2814972	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.