MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Cycloclasticus sp. P1 chromosome

Total Repeats: 183

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018697	AAATT	2	10	6186	6195	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018697	TTTTA	2	10	6577	6586	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018697	TAATG	2	10	27355	27364	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018697	TAAAA	2	10	27983	27992	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_018697	GCTGT	2	10	53654	53663	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
6	NC_018697	AGCAA	2	10	56738	56747	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
7	NC_018697	GATAT	2	10	78043	78052	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018697	AGCAG	2	10	78679	78688	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
9	NC_018697	CATAA	2	10	98591	98600	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_018697	AAATT	2	10	109947	109956	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018697	GTTAA	2	10	129461	129470	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018697	CATGT	2	10	132697	132706	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_018697	GAACA	2	10	138918	138927	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
14	NC_018697	TCCCC	2	10	200522	200531	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
15	NC_018697	CAAGC	2	10	201222	201231	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
16	NC_018697	AATCA	2	10	206835	206844	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_018697	AATTA	2	10	233702	233711	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_018697	GCTTG	2	10	242570	242579	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
19	NC_018697	TCGTG	2	10	260873	260882	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
20	NC_018697	GATGT	2	10	263283	263292	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018697	TTTTG	2	10	265164	265173	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_018697	TTAAA	2	10	276245	276254	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_018697	TAGAG	2	10	279183	279192	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
24	NC_018697	ATATT	2	10	288011	288020	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018697	AAATT	2	10	314853	314862	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018697	GATTA	2	10	336033	336042	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018697	CAGCT	2	10	336320	336329	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
28	NC_018697	TCAAT	2	10	337261	337270	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_018697	CATTT	2	10	337305	337314	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_018697	CAATT	2	10	338291	338300	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_018697	GTTAA	2	10	345448	345457	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018697	AAACG	2	10	350660	350669	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_018697	GGGAA	2	10	399326	399335	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018697	AGGGT	2	10	412740	412749	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
35	NC_018697	CTTAG	2	10	424632	424641	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_018697	GAGAA	2	10	438824	438833	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018697	ATTGT	2	10	440732	440741	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018697	TTGGG	2	10	467205	467214	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018697	TTAAC	2	10	470871	470880	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_018697	GATCA	2	10	487624	487633	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_018697	TAAAA	2	10	489979	489988	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_018697	AAATG	2	10	509008	509017	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_018697	TAATT	2	10	510216	510225	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_018697	TATAA	2	10	513694	513703	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_018697	AGATT	2	10	513707	513716	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018697	GAAAC	2	10	515988	515997	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
47	NC_018697	GATAG	2	10	534473	534482	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
48	NC_018697	AAGTG	2	10	546203	546212	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_018697	AGTTA	2	10	546227	546236	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_018697	TAAAA	2	10	562554	562563	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_018697	TTATT	2	10	565297	565306	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_018697	TAAGG	2	10	570752	570761	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
53	NC_018697	TGGCT	2	10	602642	602651	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
54	NC_018697	TTTGT	2	10	637585	637594	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_018697	CATGG	2	10	638821	638830	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
56	NC_018697	GGTGC	2	10	657694	657703	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
57	NC_018697	GAAGC	2	10	669224	669233	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
58	NC_018697	AAAGT	2	10	700050	700059	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_018697	AAGGG	2	10	700126	700135	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
60	NC_018697	AGAAA	2	10	763204	763213	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_018697	ATGAG	2	10	793276	793285	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
62	NC_018697	TGTGT	2	10	812258	812267	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
63	NC_018697	TGTCT	2	10	814732	814741	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_018697	TTTAA	2	10	830098	830107	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_018697	GTTTT	2	10	837833	837842	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_018697	AAACA	2	10	878064	878073	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_018697	AATTA	2	10	883688	883697	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_018697	TGATA	2	10	891993	892002	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_018697	GTTAG	2	10	905324	905333	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
70	NC_018697	GAGCT	2	10	906853	906862	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
71	NC_018697	TCCTT	2	10	932287	932296	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
72	NC_018697	GAGGG	2	10	935594	935603	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
73	NC_018697	TGGTT	2	10	936075	936084	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
74	NC_018697	ACATT	2	10	937178	937187	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_018697	TCGCT	2	10	941866	941875	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
76	NC_018697	GCGCC	2	10	944229	944238	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
77	NC_018697	TTGAA	2	10	949051	949060	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_018697	TGAAA	2	10	961545	961554	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_018697	TGGAC	2	10	991113	991122	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
80	NC_018697	AAAGA	2	10	991207	991216	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_018697	TTAAA	2	10	1003790	1003799	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_018697	TTTTA	2	10	1010422	1010431	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_018697	AATGT	2	10	1019472	1019481	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_018697	ATTTA	2	10	1019866	1019875	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_018697	TTAAA	2	10	1037094	1037103	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_018697	ATAAA	2	10	1042810	1042819	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_018697	TGTAA	2	10	1052862	1052871	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_018697	TATAT	2	10	1052872	1052881	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_018697	AAGGC	2	10	1052922	1052931	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
90	NC_018697	AATTA	2	10	1053009	1053018	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_018697	TTTTA	2	10	1054472	1054481	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_018697	ACGTT	2	10	1054705	1054714	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
93	NC_018697	GAATT	2	10	1058121	1058130	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_018697	AACAT	2	10	1081782	1081791	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_018697	TGATA	2	10	1166759	1166768	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_018697	TATCT	2	10	1171265	1171274	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_018697	AAACA	2	10	1171330	1171339	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_018697	ATTAA	2	10	1173427	1173436	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_018697	TTAAA	2	10	1185459	1185468	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_018697	AGACT	2	10	1226987	1226996	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_018697	ATTAA	2	10	1231727	1231736	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_018697	GTTTA	2	10	1234317	1234326	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_018697	AATAA	2	10	1266388	1266397	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_018697	TTTTA	2	10	1272128	1272137	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_018697	TTTTC	2	10	1288102	1288111	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_018697	AACTT	2	10	1290365	1290374	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_018697	AGATT	2	10	1308418	1308427	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_018697	ATTAA	2	10	1349169	1349178	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_018697	GGAAA	2	10	1372916	1372925	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
110	NC_018697	ACCCA	2	10	1377546	1377555	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
111	NC_018697	CCAAC	2	10	1377725	1377734	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
112	NC_018697	CAACG	2	10	1377824	1377833	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
113	NC_018697	GACTG	2	10	1380513	1380522	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
114	NC_018697	TTTGG	2	10	1391456	1391465	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
115	NC_018697	AATAG	2	10	1403215	1403224	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_018697	GTTTT	2	10	1406247	1406256	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_018697	TTTGC	2	10	1412494	1412503	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_018697	TAATT	2	10	1429084	1429093	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_018697	ACCCT	2	10	1429962	1429971	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
120	NC_018697	TTAAC	2	10	1439409	1439418	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_018697	AACTC	2	10	1457271	1457280	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
122	NC_018697	TAATA	2	10	1495917	1495926	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_018697	CAAAA	2	10	1499469	1499478	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_018697	ATTTA	2	10	1518475	1518484	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_018697	ATTTA	2	10	1548451	1548460	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_018697	AATTT	2	10	1548494	1548503	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_018697	TAAAA	2	10	1555918	1555927	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_018697	AAATA	2	10	1587721	1587730	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_018697	ATTGC	2	10	1592882	1592891	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
130	NC_018697	GGCTT	2	10	1602473	1602482	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
131	NC_018697	GTCTC	2	10	1634814	1634823	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
132	NC_018697	GAACT	2	10	1635392	1635401	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
133	NC_018697	GTAAA	2	10	1635723	1635732	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_018697	AACTT	2	10	1658050	1658059	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_018697	CAACT	2	10	1682049	1682058	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
136	NC_018697	TGCTT	2	10	1682605	1682614	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
137	NC_018697	TAAAA	2	10	1684112	1684121	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_018697	TGCAA	2	10	1684129	1684138	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
139	NC_018697	AATGG	2	10	1686619	1686628	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
140	NC_018697	ATTTT	2	10	1726015	1726024	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_018697	ATAAA	2	10	1732865	1732874	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_018697	TTAAC	2	10	1733004	1733013	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_018697	CCTTA	2	10	1733021	1733030	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
144	NC_018697	TTTGT	2	10	1753607	1753616	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_018697	ATTTT	2	10	1771785	1771794	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.