MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Candidatus Nitrosopumilus koreensis AR1 chromosome

Total Repeats: 89

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018655	ACTATA	2	12	39486	39497	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_018655	TTCCAA	2	12	78915	78926	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_018655	GATTTT	2	12	86471	86482	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018655	ATTTTT	2	12	178402	178413	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_018655	AAAATC	2	12	180216	180227	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_018655	ATTTTA	2	12	183302	183313	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018655	TGAACC	2	12	184188	184199	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_018655	CTCATG	2	12	187380	187391	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_018655	CAAATT	2	12	221569	221580	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_018655	TTAAAT	2	12	255008	255019	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018655	ATGGGT	2	12	318971	318982	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018655	CTGTAT	2	12	322450	322461	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_018655	TGATGC	2	12	344713	344724	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_018655	ACTTTA	2	12	350256	350267	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_018655	CTAATT	2	12	356261	356272	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_018655	CCTGCA	2	12	356557	356568	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
17	NC_018655	TTAAAA	2	12	361528	361539	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_018655	CTTTTT	2	12	363285	363296	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_018655	TTGTAT	2	12	386679	386690	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018655	TAATTC	2	12	386697	386708	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_018655	ATGGTT	2	12	397204	397215	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
22	NC_018655	TGAAAT	2	12	430251	430262	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_018655	AAAGAA	2	12	444246	444257	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_018655	TTTCAT	2	12	459950	459961	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_018655	TAATTT	2	12	478478	478489	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018655	TTTCCA	2	12	508304	508315	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_018655	GATTTA	2	12	519748	519759	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018655	TGTCTT	2	12	566809	566820	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_018655	TTGAAT	2	12	571496	571507	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018655	GTTTTT	2	12	574384	574395	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018655	TTTTGT	2	12	603353	603364	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018655	GTTTTT	2	12	648969	648980	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018655	TTCTTT	2	12	651080	651091	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_018655	TCAAAA	2	12	674610	674621	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_018655	TAATGT	2	12	685920	685931	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018655	GAACTA	2	12	686078	686089	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_018655	TGGGGA	2	12	694231	694242	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018655	CTTTTG	2	12	699868	699879	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_018655	AGTTAC	2	12	739238	739249	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_018655	AATTTT	2	12	766843	766854	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_018655	GATCAA	2	12	792720	792731	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_018655	ATTCTA	2	12	822165	822176	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_018655	TCATTC	2	12	824548	824559	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_018655	TCCAAA	2	12	837042	837053	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_018655	ACAATT	2	12	840472	840483	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_018655	AATTTC	2	12	873185	873196	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_018655	AAACAG	2	12	873301	873312	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_018655	CTATTT	2	12	874060	874071	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_018655	TATAGA	2	12	885526	885537	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_018655	GTTATC	2	12	927579	927590	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_018655	ATTAGA	2	12	938488	938499	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_018655	GCCGGT	2	12	949515	949526	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_018655	GCTTGT	2	12	949749	949760	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_018655	TTATTT	2	12	962227	962238	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_018655	TAGAAT	2	12	973344	973355	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_018655	AGGTTC	2	12	1019792	1019803	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_018655	CCTTTA	2	12	1055494	1055505	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_018655	CCATCA	2	12	1093196	1093207	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
59	NC_018655	ATATCA	2	12	1095358	1095369	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_018655	GTATTT	2	12	1156794	1156805	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_018655	AGATAT	2	12	1158743	1158754	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_018655	GCTACA	2	12	1178499	1178510	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_018655	AAAATT	2	12	1186392	1186403	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_018655	TCAAAA	2	12	1186994	1187005	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_018655	GCTTTG	2	12	1187346	1187357	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_018655	AAAAGA	2	12	1193603	1193614	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_018655	AAAGAA	2	12	1217403	1217414	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_018655	TGAAGA	2	12	1235691	1235702	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_018655	ATAAAA	2	12	1249085	1249096	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_018655	CATGTT	2	12	1253210	1253221	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_018655	TTGTTA	2	12	1261581	1261592	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_018655	AACTTG	2	12	1303161	1303172	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_018655	CCTTTT	2	12	1360202	1360213	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_018655	AGTAAA	2	12	1379253	1379264	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_018655	AGTAAA	2	12	1381503	1381514	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_018655	ACAATT	2	12	1439385	1439396	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_018655	TTACAG	2	12	1445919	1445930	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_018655	TTTTGT	2	12	1446102	1446113	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_018655	TCTAAA	2	12	1447040	1447051	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_018655	CGAAGT	2	12	1466122	1466133	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_018655	TAGAAA	2	12	1517677	1517688	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_018655	TAAAAA	2	12	1534534	1534545	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_018655	AGAGAT	2	12	1535353	1535364	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_018655	TTTCTT	2	12	1560734	1560745	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_018655	GATATG	2	12	1596495	1596506	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_018655	CAATTT	2	12	1604815	1604826	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_018655	TCATAT	2	12	1608710	1608721	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_018655	GAATTG	2	12	1614442	1614453	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_018655	AAATTA	2	12	1638677	1638688	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.