MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Candidatus Nitrosopumilus koreensis AR1 chromosome

Total Repeats: 275

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018655	TAAAT	2	10	7875	7884	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018655	ACTCA	2	10	20144	20153	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
3	NC_018655	ACTAA	2	10	24615	24624	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_018655	CATTT	2	10	31343	31352	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_018655	TAAAA	2	10	36382	36391	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_018655	GAAAA	2	10	44564	44573	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018655	TCTTT	2	10	64618	64627	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_018655	ATCTC	2	10	64652	64661	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
9	NC_018655	AAATT	2	10	65196	65205	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018655	ATTGT	2	10	78595	78604	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018655	TTTTC	2	10	78833	78842	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_018655	TAAGT	2	10	88108	88117	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_018655	TAATT	2	10	100641	100650	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_018655	ATTTT	2	10	105766	105775	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_018655	CATTA	2	10	106143	106152	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_018655	AATTT	2	10	106284	106293	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_018655	AGTTT	2	10	113313	113322	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_018655	ATCAG	2	10	118427	118436	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_018655	TAAGA	2	10	122404	122413	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018655	TTGCT	2	10	144671	144680	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_018655	GCAAA	2	10	150784	150793	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_018655	AAAGG	2	10	151288	151297	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
23	NC_018655	ATTCT	2	10	153982	153991	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_018655	ATTTT	2	10	174707	174716	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018655	AATTT	2	10	179062	179071	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018655	TGATG	2	10	187323	187332	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018655	CAAAC	2	10	188849	188858	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
28	NC_018655	GCATG	2	10	190571	190580	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
29	NC_018655	AATTC	2	10	192444	192453	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_018655	CAAAT	2	10	209714	209723	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_018655	CGTTA	2	10	227996	228005	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_018655	AAAAC	2	10	234254	234263	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_018655	AAAAT	2	10	249239	249248	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018655	CTTTA	2	10	254935	254944	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_018655	TTAGA	2	10	254979	254988	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018655	ACATT	2	10	297226	297235	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_018655	GTAAA	2	10	297395	297404	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018655	TTAAA	2	10	312415	312424	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018655	AATAC	2	10	313778	313787	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_018655	TATTT	2	10	316638	316647	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_018655	TTTTA	2	10	320881	320890	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_018655	GCAAG	2	10	322046	322055	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
43	NC_018655	TAAAC	2	10	332723	332732	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_018655	ATTCA	2	10	350283	350292	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_018655	TATAT	2	10	356815	356824	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018655	TTTAT	2	10	357165	357174	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_018655	TGGGA	2	10	357233	357242	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
48	NC_018655	CAAAC	2	10	360457	360466	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
49	NC_018655	TGAAA	2	10	374200	374209	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_018655	TAAAA	2	10	381989	381998	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_018655	AAAAT	2	10	386792	386801	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_018655	ATTTT	2	10	397512	397521	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_018655	ACTGG	2	10	403132	403141	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
54	NC_018655	AATGT	2	10	404065	404074	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_018655	TGATT	2	10	406881	406890	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_018655	TTTGC	2	10	410801	410810	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
57	NC_018655	GTTTA	2	10	412763	412772	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_018655	ATTCA	2	10	416186	416195	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_018655	ACATA	2	10	418816	418825	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_018655	TCATC	2	10	421769	421778	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
61	NC_018655	CCATC	2	10	421783	421792	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
62	NC_018655	AAAGG	2	10	423377	423386	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
63	NC_018655	GTTTT	2	10	424634	424643	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_018655	AATCT	2	10	437553	437562	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_018655	TATAA	2	10	444370	444379	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_018655	TAATT	2	10	454035	454044	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_018655	TACTT	2	10	454068	454077	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_018655	GATAA	2	10	460462	460471	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_018655	TTTAC	2	10	460612	460621	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_018655	TGTTT	2	10	463116	463125	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_018655	ACTTT	2	10	464468	464477	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_018655	TTTAA	2	10	470283	470292	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_018655	AGAAC	2	10	483095	483104	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_018655	CAAGA	2	10	497640	497649	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_018655	AATTA	2	10	501999	502008	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_018655	GTTTT	2	10	502147	502156	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_018655	CATTT	2	10	508364	508373	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_018655	TTGGA	2	10	509343	509352	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
79	NC_018655	TTGTA	2	10	532861	532870	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_018655	GTTTT	2	10	536111	536120	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_018655	TTAAT	2	10	542774	542783	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_018655	ATTTT	2	10	552213	552222	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_018655	CAAAT	2	10	552469	552478	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_018655	ACTAA	2	10	564135	564144	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_018655	TCTAT	2	10	564201	564210	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_018655	GTTTT	2	10	564781	564790	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_018655	TGTTT	2	10	564813	564822	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_018655	TCTAT	2	10	564887	564896	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_018655	AATAA	2	10	566901	566910	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_018655	ATTTT	2	10	568373	568382	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_018655	ATACA	2	10	568541	568550	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_018655	TCTTA	2	10	607519	607528	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_018655	TGATT	2	10	607550	607559	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_018655	CAAAA	2	10	618439	618448	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_018655	ATCAT	2	10	624836	624845	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_018655	TATAG	2	10	631305	631314	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_018655	TTTAA	2	10	640433	640442	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_018655	CCATC	2	10	643926	643935	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
99	NC_018655	TCTAA	2	10	649517	649526	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_018655	TCTTT	2	10	665016	665025	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_018655	TACTA	2	10	665610	665619	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_018655	TAAAA	2	10	669051	669060	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_018655	CAAAA	2	10	672237	672246	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_018655	GAATT	2	10	674951	674960	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_018655	AAAAT	2	10	675279	675288	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_018655	GTTCA	2	10	679641	679650	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_018655	AAGAA	2	10	683013	683022	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_018655	GGCAA	2	10	683135	683144	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
109	NC_018655	GAATC	2	10	685542	685551	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
110	NC_018655	TTTTC	2	10	685553	685562	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_018655	TTGCA	2	10	690640	690649	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
112	NC_018655	AAAGT	2	10	690706	690715	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_018655	ACTAG	2	10	694139	694148	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
114	NC_018655	CAAGT	2	10	697513	697522	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
115	NC_018655	GGAGT	2	10	701842	701851	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
116	NC_018655	TAAAT	2	10	707698	707707	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_018655	GTATA	2	10	708212	708221	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_018655	AGTTC	2	10	709190	709199	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
119	NC_018655	CTGGG	2	10	714787	714796	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
120	NC_018655	CAATA	2	10	721722	721731	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_018655	GTATT	2	10	724407	724416	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_018655	AATGA	2	10	725817	725826	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_018655	CAAAA	2	10	726080	726089	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_018655	AAAAT	2	10	727451	727460	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_018655	TTTAA	2	10	737498	737507	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_018655	CCATA	2	10	743470	743479	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
127	NC_018655	TTAAA	2	10	748183	748192	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_018655	CAAAA	2	10	764291	764300	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_018655	GTAAT	2	10	774877	774886	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_018655	CTGAT	2	10	791726	791735	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
131	NC_018655	GGATT	2	10	792284	792293	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
132	NC_018655	TCAAA	2	10	793464	793473	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_018655	TTTAC	2	10	816182	816191	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_018655	ACTAA	2	10	816228	816237	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_018655	ATATT	2	10	825659	825668	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_018655	TTTTA	2	10	836918	836927	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_018655	TGTGA	2	10	842137	842146	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
138	NC_018655	AAATG	2	10	843640	843649	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_018655	TACTT	2	10	846694	846703	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_018655	GTACC	2	10	846808	846817	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
141	NC_018655	AAAGA	2	10	853151	853160	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_018655	AATCC	2	10	853169	853178	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
143	NC_018655	GATTA	2	10	866425	866434	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_018655	ATCCA	2	10	873290	873299	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
145	NC_018655	CATTT	2	10	873995	874004	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
146	NC_018655	AAGAT	2	10	874040	874049	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
147	NC_018655	AGATG	2	10	874317	874326	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.