MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia psittaci MN chromosome

Total Repeats: 132

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018627	ATAAA	2	10	34280	34289	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018627	TCTAG	2	10	37999	38008	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_018627	TTTTG	2	10	52482	52491	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018627	TTAAT	2	10	57962	57971	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_018627	TCTTT	2	10	59406	59415	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_018627	CACTT	2	10	71126	71135	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
7	NC_018627	AATTT	2	10	77739	77748	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018627	AGGAA	2	10	84754	84763	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018627	AGAAA	2	10	87351	87360	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018627	AATTA	2	10	93960	93969	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018627	ATTTG	2	10	98957	98966	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018627	AAAAT	2	10	99678	99687	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_018627	CTTTT	2	10	108359	108368	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_018627	AGCTT	2	10	108470	108479	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_018627	CTTTT	2	10	122873	122882	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_018627	TTCTT	2	10	131356	131365	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_018627	TTTTA	2	10	148184	148193	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_018627	TTTTC	2	10	169254	169263	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_018627	CAAAA	2	10	173573	173582	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_018627	CGCAT	2	10	173943	173952	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
21	NC_018627	AATGT	2	10	187381	187390	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_018627	TTTTA	2	10	193922	193931	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_018627	TTTAT	2	10	193989	193998	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_018627	CCCTA	2	10	195285	195294	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
25	NC_018627	GTTTT	2	10	198636	198645	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018627	ATTAA	2	10	201060	201069	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018627	ATAAA	2	10	225895	225904	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018627	ATTTT	2	10	226752	226761	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018627	TTTAA	2	10	255885	255894	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018627	AAGAT	2	10	255959	255968	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018627	GAAGA	2	10	267652	267661	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018627	TAAAA	2	10	274667	274676	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018627	ATTTT	2	10	289714	289723	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018627	AAAGG	2	10	301434	301443	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
35	NC_018627	ATAGG	2	10	307637	307646	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018627	CCTAC	2	10	321844	321853	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
37	NC_018627	TGAAA	2	10	330004	330013	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018627	ATTAT	2	10	339517	339526	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018627	CTTTT	2	10	340399	340408	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_018627	TCTTG	2	10	346320	346329	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_018627	AATAA	2	10	348213	348222	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_018627	TGAAA	2	10	349442	349451	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_018627	GTATT	2	10	360573	360582	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_018627	GAATA	2	10	368651	368660	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_018627	CACTA	2	10	387300	387309	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
46	NC_018627	GTTTC	2	10	388399	388408	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
47	NC_018627	TTTAA	2	10	394545	394554	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_018627	GTTTT	2	10	419857	419866	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_018627	TTACT	2	10	419876	419885	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_018627	AAGAG	2	10	424993	425002	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
51	NC_018627	ATTTT	2	10	443822	443831	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_018627	GCTTC	2	10	452721	452730	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
53	NC_018627	ATAGA	2	10	460717	460726	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_018627	ATGTA	2	10	467605	467614	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_018627	TAAAT	2	10	474246	474255	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_018627	AACTT	2	10	474259	474268	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_018627	TAAAT	2	10	475532	475541	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_018627	GCAAA	2	10	478408	478417	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_018627	AAATA	2	10	480816	480825	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_018627	TTTAC	2	10	490808	490817	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_018627	AAAAT	2	10	490865	490874	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_018627	AATCT	2	10	501655	501664	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_018627	TAGGG	2	10	501780	501789	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
64	NC_018627	TAAAA	2	10	546152	546161	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_018627	TTTCT	2	10	556742	556751	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_018627	AAATA	3	15	556755	556769	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_018627	TTATT	2	10	568047	568056	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_018627	ATTAA	2	10	568085	568094	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_018627	ATATA	2	10	582509	582518	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_018627	ACAAA	2	10	583767	583776	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_018627	CAATA	2	10	589371	589380	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_018627	AATTA	2	10	590242	590251	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_018627	ATTTT	2	10	594179	594188	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_018627	ATTTA	2	10	594492	594501	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_018627	ATTTT	2	10	598361	598370	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_018627	TATCC	2	10	619815	619824	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
77	NC_018627	CATTA	2	10	627143	627152	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_018627	AGGGG	2	10	627642	627651	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
79	NC_018627	TGTAT	2	10	642161	642170	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_018627	ATCAA	2	10	651332	651341	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_018627	TTTTA	2	10	654321	654330	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_018627	GTATT	2	10	655070	655079	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_018627	ATTCT	2	10	658149	658158	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_018627	TTCCG	2	10	659715	659724	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
85	NC_018627	AAGAG	2	10	660538	660547	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
86	NC_018627	TCTTA	2	10	661686	661695	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_018627	AAATA	2	10	661717	661726	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_018627	CTAAG	2	10	664692	664701	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_018627	AAAAT	2	10	666561	666570	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_018627	TTAAT	2	10	666578	666587	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_018627	TAAAA	2	10	672970	672979	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_018627	TAAAA	2	10	689282	689291	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_018627	AAGCA	2	10	702226	702235	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
94	NC_018627	CAGAG	2	10	723575	723584	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
95	NC_018627	GGCCT	2	10	755499	755508	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
96	NC_018627	AATCA	2	10	757481	757490	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_018627	GAAAA	2	10	799126	799135	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_018627	AGCTA	2	10	802267	802276	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
99	NC_018627	TTTAC	2	10	804190	804199	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_018627	AAGAA	2	10	806884	806893	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_018627	TCTTT	2	10	831910	831919	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_018627	ATTTT	2	10	841870	841879	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_018627	AGAAC	2	10	852342	852351	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_018627	TAAAA	2	10	861777	861786	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_018627	AAAAG	2	10	863491	863500	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_018627	TCAAA	2	10	865057	865066	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_018627	TTTCA	2	10	867638	867647	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_018627	TAAAA	2	10	870497	870506	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_018627	AAAAG	2	10	878447	878456	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_018627	TTTTC	2	10	881584	881593	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_018627	AAGTT	2	10	891343	891352	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_018627	TCTAT	2	10	917013	917022	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_018627	TTAAA	2	10	930038	930047	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_018627	CTAAT	2	10	950790	950799	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_018627	ACTAG	2	10	950849	950858	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
116	NC_018627	AATTA	2	10	955545	955554	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_018627	TTTTG	2	10	957225	957234	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_018627	CCCTT	2	10	968616	968625	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
119	NC_018627	AATTT	2	10	980624	980633	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_018627	TATTG	2	10	992286	992295	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_018627	TAAAT	2	10	1009645	1009654	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_018627	AACCT	2	10	1017528	1017537	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
123	NC_018627	TAACT	2	10	1018455	1018464	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_018627	ACATA	2	10	1019194	1019203	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_018627	CTTTC	2	10	1020273	1020282	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
126	NC_018627	CTTCT	2	10	1021372	1021381	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
127	NC_018627	TTAAA	2	10	1028326	1028335	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_018627	AACAA	2	10	1028539	1028548	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_018627	TAAAA	2	10	1053138	1053147	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_018627	AGCCC	2	10	1066760	1066769	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
131	NC_018627	TTAAT	2	10	1069698	1069707	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_018627	AAAAG	2	10	1151040	1151049	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.