MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia psittaci NJ1 chromosome

Total Repeats: 44

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018626	ATTTAA	2	12	33596	33607	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018626	TTTTAA	2	12	42719	42730	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018626	ATTATA	2	12	77726	77737	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018626	TTTCTT	2	12	123003	123014	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_018626	TTCCGT	2	12	147991	148002	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_018626	AGAAAA	2	12	163026	163037	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018626	TTTTTA	2	12	210451	210462	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018626	TAAAGA	2	12	226794	226805	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018626	ATTATA	2	12	239662	239673	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018626	TTGAAT	2	12	243977	243988	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018626	ATATAA	2	12	261729	261740	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018626	GGGAAA	2	12	267685	267696	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
13	NC_018626	TAAGAA	2	12	277604	277615	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_018626	GCAATC	2	12	312468	312479	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_018626	ATTTTT	2	12	363207	363218	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_018626	AAAATC	2	12	388215	388226	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_018626	AAAAAT	2	12	462479	462490	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_018626	TATAAT	2	12	481863	481874	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_018626	TTAATT	2	12	499558	499569	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018626	AGAAAA	2	12	577310	577321	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018626	AAATAA	2	12	579385	579396	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_018626	AAATAC	2	12	653947	653958	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_018626	CAATCT	2	12	654533	654544	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_018626	AAGGGA	2	12	695578	695589	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018626	ATTAAT	2	12	698269	698280	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018626	TAAAAG	2	12	729137	729148	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018626	ATTTTA	2	12	741827	741838	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018626	TAACCT	2	12	783208	783219	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_018626	CTATGT	2	12	803493	803504	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_018626	TTGATT	2	12	810170	810181	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018626	ATTTTA	2	12	940547	940558	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018626	ATCTAT	2	12	955837	955848	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_018626	ATAAAA	2	12	972285	972296	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018626	TTTTCT	2	12	1003241	1003252	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_018626	AAATAA	2	12	1008461	1008472	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018626	TCGCTT	2	12	1011320	1011331	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_018626	TTATCC	2	12	1012224	1012235	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_018626	AAATTT	2	12	1014376	1014387	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018626	CTTTGT	2	12	1025818	1025829	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_018626	TAATTT	2	12	1092721	1092732	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_018626	AAAATA	2	12	1131226	1131237	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_018626	TACAGA	2	12	1143904	1143915	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_018626	GTTAAA	2	12	1156831	1156842	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_018626	CCTTCG	2	12	1159620	1159631	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.