MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia psittaci NJ1 chromosome

Total Repeats: 121

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018626	ATAAA	2	10	34285	34294	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018626	TTTTG	2	10	52487	52496	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018626	TTAAT	2	10	57967	57976	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018626	TCTTT	2	10	59381	59390	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_018626	CACTT	2	10	71100	71109	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
6	NC_018626	AATTT	2	10	77712	77721	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018626	AGGAA	2	10	84725	84734	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018626	AGAAA	2	10	87322	87331	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018626	AATTA	2	10	93931	93940	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018626	ATTTG	2	10	98928	98937	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018626	AAAAT	2	10	99649	99658	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018626	CTTTT	2	10	108331	108340	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_018626	AGCTT	2	10	108442	108451	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
14	NC_018626	CTTTT	2	10	122845	122854	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_018626	TTCTT	2	10	131327	131336	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_018626	TTTTA	2	10	148155	148164	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_018626	TAAAT	2	10	164474	164483	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_018626	TTTTC	2	10	169225	169234	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_018626	CGCAT	2	10	173916	173925	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_018626	TTTTA	2	10	193890	193899	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018626	CCCTA	2	10	195253	195262	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
22	NC_018626	GTTTT	2	10	198605	198614	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_018626	ATTAA	2	10	201030	201039	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_018626	ATAAA	2	10	225850	225859	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018626	ATTTT	2	10	226709	226718	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018626	TTTAA	2	10	255843	255852	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018626	AAGAT	2	10	255917	255926	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018626	GAAGA	2	10	267599	267608	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018626	TAAAA	2	10	274615	274624	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018626	ATTTT	2	10	289684	289693	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018626	CATAG	2	10	310322	310331	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_018626	TGAAA	2	10	324563	324572	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018626	ATTAT	2	10	334037	334046	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018626	CTTTT	2	10	334919	334928	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_018626	TTCTT	2	10	339375	339384	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_018626	AATAA	2	10	342707	342716	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018626	TGAAA	2	10	343938	343947	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018626	GTATT	2	10	355069	355078	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018626	GAATA	2	10	363147	363156	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018626	CACTA	2	10	381794	381803	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
41	NC_018626	GTTTC	2	10	382896	382905	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_018626	TTTAA	2	10	389044	389053	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_018626	AAGAG	2	10	419496	419505	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
44	NC_018626	ATTTT	2	10	438605	438614	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_018626	GCTTC	2	10	447520	447529	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
46	NC_018626	ATGTA	2	10	462418	462427	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_018626	TAAAT	2	10	469063	469072	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_018626	AACTT	2	10	469076	469085	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_018626	AAATA	2	10	475667	475676	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_018626	TTAAA	2	10	476828	476837	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_018626	TTTAC	2	10	485652	485661	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_018626	AAAAT	2	10	485709	485718	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_018626	TAGGG	2	10	496627	496636	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
54	NC_018626	TAAAA	2	10	541001	541010	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_018626	TTTCT	2	10	551589	551598	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_018626	AAATA	3	15	551602	551616	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_018626	TTATT	2	10	562894	562903	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_018626	CTTTT	2	10	565633	565642	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_018626	TTTCC	2	10	566440	566449	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
60	NC_018626	ACAAA	2	10	578618	578627	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_018626	CAATA	2	10	584218	584227	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_018626	CTTAT	2	10	584263	584272	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_018626	ATTAA	2	10	585089	585098	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_018626	ATTTA	2	10	589344	589353	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_018626	ATTTT	2	10	593214	593223	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_018626	TATCC	2	10	614713	614722	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
67	NC_018626	AATCA	2	10	639164	639173	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_018626	ATCAA	2	10	646212	646221	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_018626	TTTTA	2	10	649204	649213	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_018626	ATTCT	2	10	653090	653099	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_018626	AAGAG	2	10	655481	655490	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
72	NC_018626	TCTTA	2	10	656629	656638	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_018626	AAATA	2	10	656660	656669	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_018626	CTAAG	2	10	659635	659644	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_018626	AAAAT	2	10	661450	661459	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_018626	TTAAT	2	10	661467	661476	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_018626	CACAA	2	10	666011	666020	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
78	NC_018626	TAAAA	2	10	667861	667870	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_018626	TAAAA	2	10	684174	684183	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_018626	CAGAG	2	10	715769	715778	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
81	NC_018626	CACAC	2	10	719429	719438	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
82	NC_018626	GGCCT	2	10	747691	747700	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
83	NC_018626	AATCA	2	10	749673	749682	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_018626	GAAAA	2	10	791315	791324	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_018626	AGCTA	2	10	794456	794465	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
86	NC_018626	TTTAC	2	10	796379	796388	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_018626	AAGAA	2	10	799074	799083	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_018626	GTTTT	2	10	808326	808335	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_018626	TCTTT	2	10	824102	824111	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_018626	ATTTT	2	10	834063	834072	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_018626	AGAAC	2	10	844554	844563	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
92	NC_018626	TAAAA	2	10	853988	853997	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_018626	AAAAG	2	10	855702	855711	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_018626	TCAAA	2	10	857268	857277	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_018626	TAAAA	2	10	862704	862713	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_018626	AAAAG	2	10	870656	870665	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_018626	TTTTC	2	10	873793	873802	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_018626	AAGTT	2	10	883549	883558	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_018626	TCTAT	2	10	909909	909918	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_018626	AAAAG	2	10	909989	909998	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_018626	TTAAA	2	10	922934	922943	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_018626	ACTAG	2	10	943746	943755	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_018626	AATTA	2	10	948442	948451	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_018626	TTTTG	2	10	950122	950131	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_018626	CCCTT	2	10	961512	961521	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
106	NC_018626	AATTT	2	10	973520	973529	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_018626	TATTG	2	10	985183	985192	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_018626	TAAAT	2	10	1002541	1002550	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_018626	GTAAC	2	10	1008962	1008971	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
110	NC_018626	AACCT	2	10	1010440	1010449	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
111	NC_018626	TAACT	2	10	1011367	1011376	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_018626	ACATA	2	10	1012106	1012115	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_018626	CTTTC	2	10	1013186	1013195	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
114	NC_018626	CTTCT	2	10	1014304	1014313	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
115	NC_018626	TTAAA	2	10	1021257	1021266	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_018626	AACAA	2	10	1021470	1021479	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_018626	TAAAA	2	10	1046070	1046079	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_018626	AGCCC	2	10	1059695	1059704	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
119	NC_018626	TTAAT	2	10	1062633	1062642	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_018626	CAAAG	2	10	1089521	1089530	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
121	NC_018626	AAAAG	2	10	1143982	1143991	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.