MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia psittaci NJ1 chromosome

Total Repeats: 383

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018626	AATC	2	8	5414	5421	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_018626	GAAT	2	8	6852	6859	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018626	TAAA	2	8	17025	17032	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018626	TTTC	2	8	17682	17689	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
5	NC_018626	TTTC	2	8	31651	31658	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
6	NC_018626	TCTA	2	8	32054	32061	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
7	NC_018626	AATT	2	8	32378	32385	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018626	TTAA	2	8	32418	32425	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018626	TTAA	2	8	33514	33521	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018626	AGAT	2	8	33557	33564	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018626	TCAA	2	8	37779	37786	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
12	NC_018626	AAGA	2	8	48053	48060	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_018626	AAAG	2	8	52611	52618	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_018626	TTTA	2	8	52621	52628	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_018626	GTTT	2	8	59864	59871	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_018626	CTTT	2	8	64538	64545	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
17	NC_018626	TAAT	2	8	77630	77637	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_018626	TATT	2	8	77647	77654	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_018626	TTAA	2	8	77656	77663	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018626	TAAA	2	8	77687	77694	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018626	ATTA	2	8	77704	77711	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_018626	TAAA	2	8	80468	80475	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_018626	AAAG	2	8	83449	83456	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_018626	CAAG	2	8	84806	84813	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
25	NC_018626	TTTA	2	8	87362	87369	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018626	ATAA	2	8	87417	87424	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018626	ATGT	2	8	93599	93606	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018626	ATAC	2	8	99157	99164	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_018626	AACA	2	8	99328	99335	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
30	NC_018626	TGAT	2	8	99596	99603	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018626	TTAA	2	8	107077	107084	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018626	CCGC	2	8	111320	111327	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
33	NC_018626	ATTT	2	8	122723	122730	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018626	AAAG	2	8	122898	122905	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_018626	TAAT	2	8	123067	123074	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018626	TTAA	2	8	128481	128488	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018626	CTGG	2	8	128632	128639	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
38	NC_018626	TTTA	2	8	128658	128665	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018626	TAGT	2	8	140217	140224	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018626	TTAT	2	8	146058	146065	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_018626	ATTT	3	12	147501	147512	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_018626	TAAG	2	8	148568	148575	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_018626	AAAG	2	8	148598	148605	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_018626	GATG	2	8	159342	159349	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NC_018626	GTAG	2	8	159368	159375	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018626	AAAT	2	8	164536	164543	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_018626	ACTT	2	8	164589	164596	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
48	NC_018626	TAGT	2	8	170048	170055	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
49	NC_018626	TTCC	2	8	170360	170367	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
50	NC_018626	TAAA	2	8	179323	179330	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_018626	TTTA	2	8	179383	179390	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_018626	AACT	2	8	179399	179406	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
53	NC_018626	AACA	2	8	185941	185948	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
54	NC_018626	GATT	2	8	187268	187275	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_018626	AGAT	2	8	191755	191762	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_018626	GTTT	2	8	193688	193695	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_018626	TATT	2	8	195414	195421	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_018626	TAAA	3	12	195445	195456	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_018626	GTTT	2	8	196495	196502	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_018626	CACT	2	8	198143	198150	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
61	NC_018626	CTTT	2	8	198397	198404	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
62	NC_018626	ATTA	2	8	198414	198421	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_018626	CTTT	2	8	198541	198548	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
64	NC_018626	CTTT	2	8	198572	198579	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_018626	AATC	2	8	198580	198587	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_018626	ATTA	2	8	198718	198725	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_018626	TAAT	2	8	201046	201053	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_018626	TAAA	2	8	204059	204066	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_018626	TTTA	2	8	205628	205635	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_018626	GTTT	2	8	211840	211847	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
71	NC_018626	AAAG	2	8	213235	213242	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
72	NC_018626	CATA	2	8	213512	213519	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_018626	ATGT	2	8	213628	213635	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
74	NC_018626	AAGA	2	8	222881	222888	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
75	NC_018626	AACA	2	8	226701	226708	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
76	NC_018626	ATTA	2	8	232205	232212	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_018626	CTTG	2	8	238130	238137	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
78	NC_018626	GAAT	2	8	238181	238188	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
79	NC_018626	AATT	2	8	238320	238327	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_018626	TTTC	2	8	238420	238427	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_018626	ATAA	2	8	239803	239810	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_018626	GTTT	2	8	240853	240860	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
83	NC_018626	TCAT	2	8	241083	241090	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
84	NC_018626	AGGA	2	8	244013	244020	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
85	NC_018626	TAAA	2	8	262971	262978	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_018626	GTTC	2	8	266658	266665	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
87	NC_018626	TAAT	2	8	266761	266768	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_018626	AATT	2	8	266776	266783	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_018626	TAAT	2	8	267854	267861	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_018626	TAAA	2	8	267968	267975	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_018626	TTAA	2	8	274586	274593	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_018626	TTGT	2	8	274596	274603	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_018626	AAAT	2	8	276641	276648	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_018626	TACT	2	8	280990	280997	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_018626	AATT	2	8	281011	281018	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_018626	TGTA	2	8	281054	281061	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
97	NC_018626	ATTT	2	8	289620	289627	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_018626	TAAT	3	12	289667	289678	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_018626	TAGA	2	8	291504	291511	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
100	NC_018626	TATT	2	8	291538	291545	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_018626	TATT	2	8	291587	291594	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_018626	AATG	2	8	299682	299689	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_018626	ATTG	2	8	301235	301242	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_018626	GATT	2	8	307548	307555	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
105	NC_018626	GGGA	2	8	310409	310416	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
106	NC_018626	AGGA	2	8	319025	319032	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
107	NC_018626	AAAG	2	8	324604	324611	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_018626	AGTT	2	8	334017	334024	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
109	NC_018626	TGAT	2	8	334887	334894	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
110	NC_018626	TATT	2	8	337073	337080	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_018626	TCTT	2	8	341633	341640	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
112	NC_018626	AGAA	2	8	343638	343645	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
113	NC_018626	ATTT	2	8	346183	346190	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_018626	TAGT	2	8	346238	346245	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
115	NC_018626	ATAC	2	8	348444	348451	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
116	NC_018626	TTTG	2	8	353737	353744	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
117	NC_018626	GCTT	2	8	355086	355093	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
118	NC_018626	TAAA	2	8	359538	359545	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_018626	TTAA	2	8	363994	364001	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_018626	ATCT	2	8	367009	367016	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
121	NC_018626	AACT	2	8	367854	367861	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
122	NC_018626	ATTT	2	8	371831	371838	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_018626	GTTT	2	8	378840	378847	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
124	NC_018626	ATTA	2	8	381596	381603	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_018626	AAAC	2	8	382911	382918	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
126	NC_018626	GTTT	2	8	393259	393266	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
127	NC_018626	TTAA	2	8	393281	393288	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_018626	TAAT	2	8	393300	393307	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_018626	AAAG	2	8	396292	396299	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
130	NC_018626	ATTA	2	8	409526	409533	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_018626	CAAT	2	8	412177	412184	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
132	NC_018626	ATTT	2	8	412231	412238	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_018626	AATA	2	8	413351	413358	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_018626	CTTT	2	8	417052	417059	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_018626	GTAA	2	8	417133	417140	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
136	NC_018626	TTTA	2	8	417186	417193	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_018626	ACGA	2	8	427709	427716	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
138	NC_018626	TTTC	2	8	427874	427881	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
139	NC_018626	AGGA	2	8	435348	435355	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
140	NC_018626	TCTT	2	8	435362	435369	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
141	NC_018626	ATTA	2	8	440291	440298	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_018626	TTTA	2	8	440330	440337	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_018626	TTGA	2	8	441703	441710	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
144	NC_018626	TAAA	2	8	452161	452168	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_018626	TCCT	2	8	452191	452198	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
146	NC_018626	ATAC	2	8	457325	457332	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
147	NC_018626	AATT	2	8	460774	460781	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_018626	ATTT	2	8	474295	474302	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_018626	GCAA	2	8	474318	474325	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
150	NC_018626	GAAA	2	8	475733	475740	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
151	NC_018626	ATTT	2	8	481768	481775	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_018626	TTTA	2	8	481884	481891	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.