MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia psittaci CP3 chromosome

Total Repeats: 131

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018625	ATAAA	2	10	34278	34287	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018625	TCTAG	2	10	37996	38005	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_018625	TTTTG	2	10	52481	52490	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018625	TCTTT	2	10	59405	59414	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_018625	CACTT	2	10	71124	71133	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
6	NC_018625	AATTT	2	10	77737	77746	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018625	AGAAA	2	10	87350	87359	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018625	AATTA	2	10	93958	93967	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018625	ATTTG	2	10	98955	98964	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018625	AAAAT	2	10	99676	99685	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018625	CTTTT	2	10	108357	108366	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_018625	CTTTT	2	10	122872	122881	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_018625	TTCTT	2	10	131356	131365	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_018625	TTTTA	2	10	148184	148193	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_018625	TTTTC	2	10	169255	169264	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_018625	CAAAA	2	10	173576	173585	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_018625	CGCAT	2	10	173946	173955	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
18	NC_018625	AATGT	2	10	187383	187392	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_018625	TTTTA	2	10	193924	193933	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018625	TTTAT	2	10	193991	194000	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018625	CCCTA	2	10	195286	195295	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
22	NC_018625	GTTTT	2	10	198636	198645	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_018625	ATTAA	2	10	201060	201069	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_018625	ATAAA	2	10	225895	225904	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018625	ATTTT	2	10	226752	226761	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018625	TTTAA	2	10	255886	255895	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018625	AAGAT	2	10	255960	255969	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018625	GAAGA	2	10	267653	267662	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018625	TAAAA	2	10	274666	274675	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018625	ATTTT	2	10	289709	289718	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018625	AAAGG	2	10	301428	301437	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018625	ATAGG	2	10	307643	307652	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018625	ATAGA	2	10	315284	315293	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018625	AAGAC	2	10	329254	329263	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_018625	CAAAG	2	10	329435	329444	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_018625	TGAAA	2	10	332659	332668	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018625	ATTAT	2	10	342172	342181	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018625	AATAA	2	10	350870	350879	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018625	TGAAA	2	10	352098	352107	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018625	GTATT	2	10	363227	363236	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_018625	GAATA	2	10	371303	371312	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_018625	CACTA	2	10	389954	389963	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
43	NC_018625	GTTTC	2	10	391053	391062	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_018625	TTTAA	2	10	397200	397209	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_018625	AAGAG	2	10	427648	427657	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018625	ATTTT	2	10	446483	446492	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_018625	GCTTC	2	10	455381	455390	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
48	NC_018625	ATAGA	2	10	463375	463384	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_018625	ATGTA	2	10	470263	470272	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_018625	TAAAT	2	10	476906	476915	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_018625	AACTT	2	10	476919	476928	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_018625	TAAAT	2	10	478192	478201	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_018625	GCAAA	2	10	481069	481078	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
54	NC_018625	AAATA	2	10	483475	483484	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_018625	TTTAC	2	10	493466	493475	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_018625	AAAAT	2	10	493523	493532	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_018625	AATCT	2	10	504313	504322	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_018625	TAGGG	2	10	504438	504447	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
59	NC_018625	TAAAA	2	10	548809	548818	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_018625	TTTCT	2	10	559400	559409	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_018625	AAATA	3	15	559413	559427	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_018625	TTATT	2	10	570704	570713	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_018625	ATTAA	2	10	570742	570751	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_018625	ATATA	2	10	585166	585175	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_018625	ACAAA	2	10	586425	586434	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_018625	CAATA	2	10	592012	592021	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_018625	AATTA	2	10	592882	592891	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_018625	ATTTT	2	10	596819	596828	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_018625	ATTTA	2	10	597132	597141	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_018625	ATTTT	2	10	601002	601011	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_018625	TATCC	2	10	622460	622469	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
72	NC_018625	CATTA	2	10	629788	629797	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_018625	AGGGG	2	10	630287	630296	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
74	NC_018625	TGTAT	2	10	644797	644806	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_018625	ATCAA	2	10	653964	653973	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_018625	TTTTA	2	10	656955	656964	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_018625	ATTCT	2	10	660783	660792	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_018625	TTCCG	2	10	662350	662359	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
79	NC_018625	AAGAG	2	10	663173	663182	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_018625	TCTTA	2	10	664321	664330	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_018625	AAATA	2	10	664352	664361	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_018625	CTAAG	2	10	667328	667337	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_018625	AAAAT	2	10	669196	669205	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_018625	TTAAT	2	10	669213	669222	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_018625	TAAAA	2	10	675606	675615	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_018625	TAAAA	2	10	691916	691925	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_018625	AAGCA	2	10	704862	704871	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
88	NC_018625	CAGAG	2	10	723495	723504	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
89	NC_018625	GCAAA	2	10	726786	726795	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_018625	ACTGT	2	10	744458	744467	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
91	NC_018625	GGCCT	2	10	755418	755427	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
92	NC_018625	AATCA	2	10	757400	757409	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_018625	GAAAA	2	10	799041	799050	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_018625	AGCTA	2	10	802181	802190	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
95	NC_018625	TTTAC	2	10	804104	804113	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_018625	AAGAA	2	10	806798	806807	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_018625	TCTTT	2	10	831822	831831	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_018625	ATTTT	2	10	841779	841788	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_018625	AGAAC	2	10	852252	852261	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_018625	CAGAT	2	10	857156	857165	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_018625	TAAAA	2	10	861685	861694	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_018625	AAAAG	2	10	863399	863408	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_018625	TCAAA	2	10	864964	864973	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_018625	TTTCA	2	10	867545	867554	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_018625	TAAAA	2	10	870404	870413	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_018625	AAAAG	2	10	878354	878363	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_018625	TTTTC	2	10	881491	881500	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_018625	AAGTT	2	10	891250	891259	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_018625	TAGAA	2	10	909196	909205	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_018625	TCTAT	2	10	916687	916696	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_018625	TTAAA	2	10	929713	929722	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_018625	ACTAG	2	10	950520	950529	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
113	NC_018625	AATTA	2	10	955216	955225	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_018625	TTTTG	2	10	956899	956908	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_018625	CCCTT	2	10	968288	968297	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
116	NC_018625	AATTT	2	10	980294	980303	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_018625	TATTG	2	10	991957	991966	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_018625	TAAAT	2	10	1009313	1009322	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_018625	AACCT	2	10	1017194	1017203	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
120	NC_018625	TAACT	2	10	1018121	1018130	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_018625	ACATA	2	10	1018860	1018869	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_018625	CTTTC	2	10	1019939	1019948	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
123	NC_018625	CTTCT	2	10	1021037	1021046	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
124	NC_018625	TTAAA	2	10	1027990	1027999	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_018625	AACAA	2	10	1028203	1028212	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_018625	TAAAA	2	10	1052802	1052811	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_018625	AGCCC	2	10	1066424	1066433	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
128	NC_018625	TTAAT	2	10	1069362	1069371	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_018625	ACCTC	2	10	1086616	1086625	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
130	NC_018625	CAAAG	2	10	1096250	1096259	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
131	NC_018625	AAAAG	2	10	1150704	1150713	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.