MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia psittaci CP3 chromosome

Total Repeats: 422

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018625	AATC	2	8	5411	5418	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_018625	GAAT	2	8	6849	6856	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018625	TGGA	2	8	8668	8675	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018625	CTGT	2	8	8678	8685	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
5	NC_018625	TAAA	2	8	17021	17028	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_018625	TTTC	2	8	17678	17685	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
7	NC_018625	ATTT	2	8	26653	26660	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018625	ATTA	2	8	26664	26671	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018625	TTTC	2	8	31649	31656	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_018625	GCAG	2	8	32005	32012	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
11	NC_018625	TCTA	2	8	32053	32060	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
12	NC_018625	AATT	2	8	32377	32384	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_018625	TTAA	2	8	32417	32424	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_018625	TTAA	2	8	33507	33514	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_018625	AGAT	2	8	33550	33557	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_018625	CGCT	2	8	36839	36846	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
17	NC_018625	TCAA	2	8	37771	37778	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
18	NC_018625	GTCG	2	8	44191	44198	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
19	NC_018625	AAGA	2	8	48047	48054	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018625	ATAA	2	8	49525	49532	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018625	AAAG	2	8	52605	52612	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_018625	TTTA	2	8	52615	52622	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_018625	AAAG	2	8	54783	54790	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_018625	GTTT	2	8	59889	59896	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018625	TATG	2	8	59904	59911	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018625	CTTT	2	8	64563	64570	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
27	NC_018625	TAAT	2	8	77655	77662	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018625	TATT	2	8	77672	77679	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018625	TTAA	2	8	77681	77688	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018625	TAAA	2	8	77712	77719	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018625	ATTA	2	8	77729	77736	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018625	TAAA	2	8	80497	80504	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018625	AAAG	2	8	83477	83484	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018625	TTTA	2	8	87390	87397	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_018625	ATGT	2	8	93626	93633	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018625	ATAC	2	8	99184	99191	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
37	NC_018625	AACA	2	8	99355	99362	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
38	NC_018625	TGAT	2	8	99623	99630	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018625	TTAA	2	8	107104	107111	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018625	CCGC	2	8	111346	111353	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
41	NC_018625	ATTT	2	8	122750	122757	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_018625	AAAG	2	8	122925	122932	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_018625	TAAT	2	8	123094	123101	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_018625	TTAA	2	8	128509	128516	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_018625	CTGG	2	8	128660	128667	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
46	NC_018625	TTTA	2	8	128686	128693	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_018625	TAGT	2	8	140246	140253	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_018625	TTAT	2	8	146087	146094	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_018625	TTAT	2	8	146122	146129	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_018625	GTAA	2	8	146143	146150	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_018625	ATTT	3	12	147530	147541	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_018625	AAAG	2	8	148627	148634	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_018625	AATG	2	8	148920	148927	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_018625	GATG	2	8	159371	159378	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_018625	GTAG	2	8	159397	159404	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
56	NC_018625	TTTC	2	8	160502	160509	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
57	NC_018625	TAAA	2	8	164508	164515	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_018625	AAAT	2	8	164565	164572	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_018625	ACTT	2	8	164618	164625	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
60	NC_018625	TAGT	2	8	170078	170085	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_018625	TTCC	2	8	170391	170398	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
62	NC_018625	AAGA	2	8	173676	173683	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_018625	TAAA	2	8	179360	179367	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_018625	TTTA	2	8	179420	179427	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_018625	AACT	2	8	179436	179443	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_018625	AACA	2	8	185976	185983	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
67	NC_018625	GATT	2	8	187302	187309	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
68	NC_018625	AGAT	2	8	191789	191796	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_018625	GTTT	2	8	193722	193729	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
70	NC_018625	TATT	2	8	195447	195454	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_018625	TAAA	2	8	195478	195485	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_018625	GTTT	2	8	196528	196535	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NC_018625	CACT	2	8	198175	198182	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_018625	CTTT	2	8	198429	198436	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
75	NC_018625	ATTA	2	8	198446	198453	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_018625	CTTT	2	8	198603	198610	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_018625	AATC	2	8	198611	198618	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
78	NC_018625	ATTA	2	8	198748	198755	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_018625	TAAT	2	8	201076	201083	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_018625	TAAA	2	8	204089	204096	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_018625	TTTA	2	8	205658	205665	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_018625	GTTT	2	8	211869	211876	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
83	NC_018625	AAAG	2	8	213264	213271	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
84	NC_018625	CATA	2	8	213541	213548	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
85	NC_018625	ATGT	2	8	213657	213664	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
86	NC_018625	AAGA	2	8	222926	222933	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
87	NC_018625	CACG	2	8	226676	226683	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
88	NC_018625	AACA	2	8	226744	226751	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
89	NC_018625	ATTA	2	8	232248	232255	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_018625	CTTG	2	8	238173	238180	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
91	NC_018625	GAAT	2	8	238224	238231	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
92	NC_018625	AATT	2	8	238363	238370	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_018625	ATAA	2	8	239846	239853	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_018625	GTTT	2	8	240896	240903	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
95	NC_018625	TCAT	2	8	241126	241133	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
96	NC_018625	AGGA	2	8	244056	244063	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
97	NC_018625	TAAA	2	8	263025	263032	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_018625	GTTC	2	8	266712	266719	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
99	NC_018625	TAAT	2	8	266815	266822	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_018625	AATT	2	8	266830	266837	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_018625	TAAT	2	8	267906	267913	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_018625	TAAA	2	8	268020	268027	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_018625	TTGT	2	8	274647	274654	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_018625	AAAT	2	8	276692	276699	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_018625	TACT	2	8	281022	281029	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_018625	AATT	2	8	281043	281050	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_018625	TGTA	2	8	281086	281093	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_018625	GTTT	2	8	281994	282001	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
109	NC_018625	AACG	2	8	286175	286182	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
110	NC_018625	ATTT	2	8	289645	289652	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_018625	TAAT	3	12	289692	289703	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_018625	TAGA	2	8	291528	291535	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
113	NC_018625	TATT	2	8	291562	291569	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_018625	TATT	2	8	291611	291618	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_018625	AATG	2	8	299712	299719	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_018625	ATTG	2	8	301265	301272	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
117	NC_018625	TTGA	2	8	301336	301343	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
118	NC_018625	GATT	2	8	307604	307611	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
119	NC_018625	GGGA	2	8	310473	310480	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
120	NC_018625	GTAG	2	8	315969	315976	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
121	NC_018625	AGGA	2	8	319136	319143	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
122	NC_018625	TTAG	2	8	323211	323218	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_018625	TGCT	2	8	329201	329208	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
124	NC_018625	CTTG	2	8	329413	329420	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
125	NC_018625	AAAG	2	8	332700	332707	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NC_018625	CAGA	2	8	342996	343003	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
127	NC_018625	TGAT	2	8	343022	343029	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
128	NC_018625	TATT	2	8	345208	345215	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_018625	ATAA	2	8	349031	349038	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_018625	TCTT	2	8	349796	349803	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
131	NC_018625	AGAA	2	8	351798	351805	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
132	NC_018625	ATTT	2	8	354342	354349	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_018625	TAGT	2	8	354397	354404	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_018625	ATAC	2	8	356604	356611	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_018625	TTTG	2	8	361896	361903	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
136	NC_018625	GCTT	2	8	363244	363251	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
137	NC_018625	TTAA	2	8	372151	372158	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_018625	ATCT	2	8	375167	375174	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
139	NC_018625	AACT	2	8	376012	376019	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
140	NC_018625	TAAT	2	8	389696	389703	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_018625	AAGA	2	8	389731	389738	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
142	NC_018625	ATTA	2	8	389756	389763	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_018625	AAAC	2	8	391068	391075	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
144	NC_018625	TGAT	2	8	398012	398019	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
145	NC_018625	GTTT	2	8	401416	401423	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
146	NC_018625	TAAT	2	8	401457	401464	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_018625	AAAG	2	8	404449	404456	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
148	NC_018625	ATTA	2	8	417678	417685	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_018625	CAAT	2	8	420329	420336	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
150	NC_018625	ATTT	2	8	420383	420390	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_018625	AATA	2	8	421503	421510	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_018625	CTTT	2	8	425203	425210	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.