MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia psittaci M56 chromosome

Total Repeats: 143

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018623	ATAAA	2	10	34285	34294	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018623	TTTTG	2	10	52485	52494	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018623	TCTTT	2	10	59411	59420	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_018623	GCTTT	2	10	64550	64559	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_018623	CACTT	2	10	71132	71141	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
6	NC_018623	AATTT	2	10	77738	77747	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018623	AGAAA	2	10	87348	87357	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018623	AATTA	2	10	93958	93967	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018623	ATTTG	2	10	98956	98965	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018623	AAAAT	2	10	99677	99686	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018623	CTTTT	2	10	108359	108368	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_018623	AGCTT	2	10	108470	108479	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_018623	CTTTT	2	10	122873	122882	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_018623	TTCTT	2	10	131357	131366	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_018623	TTTTA	2	10	148170	148179	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_018623	TAAAT	2	10	164501	164510	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_018623	TTTTC	2	10	169242	169251	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_018623	AGGGG	2	10	171172	171181	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
19	NC_018623	CAAAA	2	10	173563	173572	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_018623	CGCAT	2	10	173933	173942	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
21	NC_018623	AATGT	2	10	187333	187342	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_018623	TTTTA	2	10	193871	193880	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_018623	ATTTA	2	10	193905	193914	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_018623	CCCTA	2	10	195234	195243	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
25	NC_018623	GTTTT	2	10	198582	198591	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018623	ATTAA	2	10	201009	201018	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018623	ATAAA	2	10	225836	225845	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018623	TATTT	2	10	225905	225914	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018623	AAAGA	2	10	226786	226795	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018623	TTATT	2	10	238409	238418	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018623	TACGA	2	10	253001	253010	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_018623	AAGAT	2	10	255873	255882	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018623	TTTTG	2	10	261655	261664	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018623	GAAGA	2	10	267573	267582	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
35	NC_018623	TAAAA	2	10	274703	274712	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018623	GAAAA	2	10	277635	277644	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018623	TTTAG	2	10	285079	285088	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018623	ATTTT	2	10	289750	289759	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018623	ATAGG	2	10	307566	307575	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018623	AAAGA	2	10	307587	307596	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_018623	TCCCT	2	10	312893	312902	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
42	NC_018623	CCTGT	2	10	312997	313006	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
43	NC_018623	TAAGA	2	10	318852	318861	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_018623	TGAAA	2	10	327254	327263	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_018623	ATTAT	2	10	336781	336790	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018623	CTTTT	2	10	337663	337672	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_018623	TTTCT	2	10	342101	342110	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_018623	AATAA	2	10	345466	345475	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_018623	TGAAA	2	10	346695	346704	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_018623	GTATT	2	10	357827	357836	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_018623	AGCAT	2	10	363923	363932	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_018623	GAATA	2	10	365905	365914	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_018623	AAGGA	2	10	375705	375714	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
54	NC_018623	GAAAA	2	10	375772	375781	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_018623	CACTA	2	10	384543	384552	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
56	NC_018623	GTTTC	2	10	385643	385652	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
57	NC_018623	TTTAA	2	10	391790	391799	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_018623	AAGAG	2	10	422235	422244	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
59	NC_018623	ATTTT	2	10	441076	441085	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_018623	GCTTC	2	10	449992	450001	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
61	NC_018623	ATGTA	2	10	464513	464522	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_018623	TAAAT	2	10	471156	471165	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_018623	AACTT	2	10	471169	471178	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_018623	TAAAT	2	10	472446	472455	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_018623	AAATA	2	10	477724	477733	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_018623	TTAAA	2	10	478883	478892	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_018623	TTTAC	2	10	487706	487715	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_018623	AAAAT	2	10	487763	487772	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_018623	TAGGG	2	10	498680	498689	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
70	NC_018623	ATTTA	2	10	501619	501628	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_018623	TAAAA	2	10	543055	543064	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_018623	TTTCT	2	10	553642	553651	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_018623	AAATA	3	15	553655	553669	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_018623	TTATT	2	10	564947	564956	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_018623	ATTAA	2	10	564985	564994	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_018623	CTTTT	2	10	567686	567695	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_018623	TTTCC	2	10	568493	568502	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
78	NC_018623	ATATA	2	10	579426	579435	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_018623	ACAAA	2	10	580666	580675	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_018623	CAATA	2	10	586261	586270	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_018623	CTTAT	2	10	586306	586315	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_018623	ATTTA	2	10	591370	591379	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_018623	GATTT	2	10	595238	595247	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_018623	TATCC	2	10	616737	616746	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
85	NC_018623	AGGGG	2	10	624532	624541	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
86	NC_018623	AAAAC	2	10	641282	641291	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_018623	ATTAA	2	10	645100	645109	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_018623	TTAGA	2	10	645181	645190	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_018623	GTTTT	2	10	646175	646184	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_018623	GGTTT	2	10	649122	649131	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
91	NC_018623	AAACA	2	10	650003	650012	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_018623	AAATA	2	10	652250	652259	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_018623	TAAAT	2	10	652262	652271	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_018623	TCTTA	2	10	653499	653508	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_018623	CTAAG	2	10	656503	656512	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_018623	AAAAT	2	10	658371	658380	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_018623	TTAAT	2	10	658388	658397	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_018623	TAAAA	2	10	664781	664790	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_018623	TAAAA	2	10	681099	681108	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_018623	CAGAG	2	10	715346	715355	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
101	NC_018623	GGCCT	2	10	747292	747301	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
102	NC_018623	AATCA	2	10	749274	749283	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_018623	GAAAA	2	10	790926	790935	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_018623	AGCTA	2	10	794067	794076	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_018623	TTTAC	2	10	795990	795999	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_018623	AAGAA	2	10	798685	798694	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_018623	GTTTT	2	10	807900	807909	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_018623	TCTTT	2	10	823677	823686	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_018623	ATTTT	2	10	833644	833653	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_018623	TAAAA	2	10	853570	853579	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_018623	AAAAG	2	10	855284	855293	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_018623	TCAAA	2	10	856850	856859	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_018623	TAAAA	2	10	862282	862291	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_018623	AAAAG	2	10	870227	870236	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_018623	TTTTC	2	10	873365	873374	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
116	NC_018623	AAGTT	2	10	883125	883134	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_018623	TCTAT	2	10	909962	909971	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
118	NC_018623	TTAAA	2	10	922988	922997	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_018623	ACTAG	2	10	943796	943805	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_018623	AATTA	2	10	948492	948501	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_018623	TTTTG	2	10	950145	950154	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_018623	CCCTT	2	10	961536	961545	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
123	NC_018623	GGAGA	2	10	965273	965282	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
124	NC_018623	AATTT	2	10	973545	973554	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_018623	AAGTA	2	10	981690	981699	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_018623	TATTG	2	10	985207	985216	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_018623	TAAAT	2	10	1002564	1002573	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_018623	GATAC	2	10	1005086	1005095	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
129	NC_018623	AGGTA	2	10	1008252	1008261	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
130	NC_018623	GTAAC	2	10	1008995	1009004	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
131	NC_018623	AACCT	2	10	1010473	1010482	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
132	NC_018623	TAACT	2	10	1011400	1011409	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_018623	ACATA	2	10	1012139	1012148	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_018623	CTTTC	2	10	1013219	1013228	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
135	NC_018623	CTTCT	2	10	1014316	1014325	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
136	NC_018623	TTAAA	2	10	1021270	1021279	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_018623	AACAA	2	10	1021484	1021493	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_018623	TAAAA	2	10	1046084	1046093	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_018623	AGCCC	2	10	1059706	1059715	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
140	NC_018623	TTAAT	2	10	1062644	1062653	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_018623	CAAAG	2	10	1089534	1089543	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
142	NC_018623	AAAAG	2	10	1143936	1143945	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
143	NC_018623	ATTAT	2	10	1156940	1156949	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.