MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia psittaci WS/RT/E30 chromosome

Total Repeats: 131

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018622	ATAAA	2	10	34281	34290	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018622	TTTTG	2	10	52483	52492	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018622	TTAAT	2	10	57963	57972	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018622	TCTTT	2	10	59407	59416	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_018622	CACTT	2	10	71128	71137	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
6	NC_018622	AATTT	2	10	77741	77750	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018622	AGAAA	2	10	87358	87367	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018622	AATTA	2	10	93966	93975	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018622	ATTTG	2	10	98963	98972	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018622	AAAAT	2	10	99684	99693	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018622	CTTTT	2	10	108365	108374	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_018622	AGCTT	2	10	108476	108485	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_018622	CTTTT	2	10	122879	122888	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_018622	TTCTT	2	10	131362	131371	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_018622	TTTTA	2	10	148195	148204	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_018622	TTTTC	2	10	169258	169267	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_018622	CAAAA	2	10	173577	173586	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_018622	CGCAT	2	10	173947	173956	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_018622	AATGT	2	10	187387	187396	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018622	TTTTA	2	10	193925	193934	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018622	ATTTA	2	10	193959	193968	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_018622	CCCTA	2	10	195288	195297	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
23	NC_018622	GTTTT	2	10	198625	198634	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_018622	ATTAA	2	10	201053	201062	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018622	ATAAA	2	10	225890	225899	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018622	ATTTT	2	10	226747	226756	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018622	TTTAA	2	10	255873	255882	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018622	AAGAT	2	10	255947	255956	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018622	GAAGA	2	10	267642	267651	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018622	TAAAA	2	10	274657	274666	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018622	ATTTT	2	10	289525	289534	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018622	AAAGG	2	10	301235	301244	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018622	ATAGG	2	10	307450	307459	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018622	AAAGA	2	10	307470	307479	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_018622	CATAG	2	10	310185	310194	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_018622	ATAGA	2	10	315074	315083	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018622	TAAGA	2	10	318629	318638	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018622	TGAAA	2	10	323530	323539	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018622	ATTAT	2	10	333043	333052	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018622	TTTCT	2	10	338326	338335	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_018622	AATAA	2	10	341689	341698	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_018622	TGAAA	2	10	342919	342928	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_018622	GTATT	2	10	354050	354059	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_018622	GCATA	2	10	360147	360156	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_018622	GAATA	2	10	362128	362137	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018622	CACTA	2	10	380782	380791	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
47	NC_018622	GTTTC	2	10	381882	381891	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
48	NC_018622	TTTAA	2	10	388029	388038	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_018622	ATTTT	2	10	437316	437325	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_018622	GCTTC	2	10	446230	446239	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
51	NC_018622	ATAGA	2	10	454226	454235	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_018622	ATGTA	2	10	461114	461123	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_018622	TAAAT	2	10	467756	467765	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_018622	AACTT	2	10	467769	467778	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_018622	TAAAT	2	10	469042	469051	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_018622	AAATA	2	10	474362	474371	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_018622	TTAAA	2	10	475522	475531	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_018622	TTTAC	2	10	484347	484356	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_018622	AAAAT	2	10	484404	484413	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_018622	AATCT	2	10	495197	495206	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_018622	TAGGG	2	10	495322	495331	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
62	NC_018622	TTTTA	2	10	498928	498937	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_018622	TAAAA	2	10	539688	539697	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_018622	TTTCT	2	10	550278	550287	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_018622	AAATA	3	15	550291	550305	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_018622	TTATT	2	10	561570	561579	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_018622	ATTAA	2	10	561608	561617	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_018622	ATATA	2	10	576034	576043	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_018622	ACAAA	2	10	577292	577301	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_018622	CAATA	2	10	582896	582905	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_018622	AATTA	2	10	583766	583775	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_018622	ATTTA	2	10	588020	588029	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_018622	ATTTT	2	10	591890	591899	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_018622	TATCC	2	10	613386	613395	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
75	NC_018622	AGGGG	2	10	621206	621215	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
76	NC_018622	CAAAA	2	10	625396	625405	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_018622	AAAAC	2	10	635890	635899	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_018622	GTTTT	2	10	637415	637424	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_018622	AAGAG	2	10	642967	642976	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_018622	TCTTA	2	10	644115	644124	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_018622	AAATA	2	10	644146	644155	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_018622	CTAAG	2	10	647121	647130	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_018622	AAAAT	2	10	648990	648999	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_018622	TTAAT	2	10	649007	649016	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_018622	CACAA	2	10	653548	653557	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
86	NC_018622	TAAAA	2	10	655400	655409	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_018622	TAAAA	2	10	671712	671721	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_018622	CAGAG	2	10	700621	700630	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
89	NC_018622	TATGG	2	10	725735	725744	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
90	NC_018622	GGCCT	2	10	732546	732555	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
91	NC_018622	AATCA	2	10	734528	734537	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_018622	AGCTA	2	10	779307	779316	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
93	NC_018622	TTTAC	2	10	781244	781253	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_018622	AAGAA	2	10	783939	783948	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_018622	GTTTT	2	10	793124	793133	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_018622	TCTTT	2	10	808899	808908	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_018622	ATTTT	2	10	818858	818867	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_018622	AGAAC	2	10	829338	829347	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
99	NC_018622	TAAAA	2	10	838774	838783	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_018622	AAAAG	2	10	840488	840497	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_018622	TCAAA	2	10	842054	842063	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_018622	TAAAA	2	10	847488	847497	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_018622	AAAAG	2	10	855439	855448	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_018622	TTTTC	2	10	858576	858585	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_018622	AAGTT	2	10	868336	868345	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_018622	AGACA	2	10	888439	888448	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_018622	TATTT	2	10	889318	889327	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_018622	AAAGA	2	10	890446	890455	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_018622	AATTA	2	10	894746	894755	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_018622	TACAA	2	10	895288	895297	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_018622	TTAAA	2	10	902340	902349	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_018622	ACTAG	2	10	923153	923162	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
113	NC_018622	AATTA	2	10	927849	927858	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_018622	TTTTG	2	10	929529	929538	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_018622	CCCTT	2	10	940920	940929	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
116	NC_018622	AATTT	2	10	952926	952935	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_018622	TATTG	2	10	964588	964597	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_018622	TTCTG	2	10	971375	971384	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
119	NC_018622	TAAAT	2	10	981945	981954	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_018622	GTAAC	2	10	988325	988334	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
121	NC_018622	AACCT	2	10	989803	989812	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
122	NC_018622	TAACT	2	10	990730	990739	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_018622	ACATA	2	10	991469	991478	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_018622	CTTTC	2	10	992549	992558	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
125	NC_018622	CTTCT	2	10	993666	993675	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
126	NC_018622	TTAAA	2	10	1000619	1000628	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_018622	AACAA	2	10	1000828	1000837	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
128	NC_018622	TAAAA	2	10	1025430	1025439	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_018622	AGCCC	2	10	1039052	1039061	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
130	NC_018622	TTAAT	2	10	1041990	1041999	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_018622	AAAAG	2	10	1123338	1123347	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.