MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia psittaci VS225 chromosome

Total Repeats: 130

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018621	ATAAA	2	10	34288	34297	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018621	TTTTG	2	10	52486	52495	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018621	TTAAT	2	10	57966	57975	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018621	TCTTT	2	10	59378	59387	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_018621	TGTTT	2	10	59823	59832	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_018621	CACTT	2	10	71096	71105	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
7	NC_018621	AATTT	2	10	77709	77718	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018621	AGGAA	2	10	84720	84729	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018621	AGAAA	2	10	87318	87327	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018621	AATTA	2	10	93917	93926	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018621	TGTTT	2	10	94979	94988	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018621	ATTTG	2	10	98914	98923	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_018621	AAAAT	2	10	99635	99644	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_018621	CTTTT	2	10	108316	108325	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_018621	CTTTT	2	10	122826	122835	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_018621	TTCTT	2	10	131308	131317	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_018621	TTTTA	2	10	148135	148144	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_018621	TAAAT	2	10	164453	164462	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_018621	TTTTC	2	10	169202	169211	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_018621	CAAAA	2	10	173521	173530	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_018621	CGCAT	2	10	173891	173900	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
22	NC_018621	AATGT	2	10	187329	187338	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_018621	TTTTA	2	10	193870	193879	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_018621	CCCTA	2	10	195233	195242	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
25	NC_018621	GTTTT	2	10	198584	198593	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018621	ATTAA	2	10	201007	201016	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018621	ATAAA	2	10	225839	225848	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018621	ATTTT	2	10	226696	226705	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018621	TTTAA	2	10	255824	255833	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018621	AAGAT	2	10	255898	255907	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018621	GAAAA	2	10	265288	265297	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018621	GAAGA	2	10	267585	267594	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018621	TAAAA	2	10	274599	274608	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018621	ATTTT	2	10	289483	289492	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_018621	AAAGG	2	10	301201	301210	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018621	ATAGG	2	10	307411	307420	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018621	CATAG	2	10	310144	310153	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
38	NC_018621	TAAGA	2	10	318605	318614	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018621	TGAAA	2	10	324351	324360	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018621	ATTAT	2	10	333847	333856	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_018621	CTTTT	2	10	334729	334738	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_018621	TTTCT	2	10	339165	339174	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_018621	AATAA	2	10	342531	342540	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_018621	TGAAA	2	10	343760	343769	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_018621	GTATT	2	10	354902	354911	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018621	GAATA	2	10	362979	362988	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_018621	CACTA	2	10	381610	381619	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
48	NC_018621	GTTTC	2	10	382710	382719	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
49	NC_018621	TTTAA	2	10	388856	388865	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_018621	ATTTT	2	10	438137	438146	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_018621	GCTTC	2	10	447049	447058	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
52	NC_018621	ATAGA	2	10	455043	455052	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_018621	ATGTA	2	10	461931	461940	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_018621	TAAAT	2	10	468574	468583	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_018621	AACTT	2	10	468587	468596	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_018621	TAAAT	2	10	469859	469868	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_018621	AAATA	2	10	475179	475188	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_018621	TTAAA	2	10	476337	476346	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_018621	TTTAC	2	10	485158	485167	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_018621	AAAAT	2	10	485215	485224	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_018621	AATCT	2	10	496008	496017	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_018621	TAGGG	2	10	496133	496142	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
63	NC_018621	TAAAA	2	10	540499	540508	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_018621	TTTCT	2	10	551089	551098	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_018621	AAATA	3	15	551102	551116	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_018621	TTATT	2	10	562394	562403	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_018621	ATTAA	2	10	562432	562441	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_018621	ATATA	2	10	576856	576865	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_018621	ACAAA	2	10	578114	578123	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_018621	CAATA	2	10	583714	583723	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_018621	AATTA	2	10	584584	584593	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_018621	ATTTA	2	10	588833	588842	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_018621	ATTTT	2	10	592702	592711	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_018621	TATCC	2	10	614202	614211	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
75	NC_018621	ATCAA	2	10	645678	645687	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_018621	TTTTA	2	10	648664	648673	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_018621	GTATT	2	10	649413	649422	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_018621	ATTCT	2	10	652492	652501	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_018621	AAGAG	2	10	654881	654890	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_018621	TCTTA	2	10	656029	656038	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_018621	AAATA	2	10	656060	656069	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_018621	CTAAG	2	10	659035	659044	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_018621	AAAAT	2	10	660905	660914	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_018621	TTAAT	2	10	660922	660931	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_018621	CACAA	2	10	665465	665474	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
86	NC_018621	TAAAA	2	10	667318	667327	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_018621	TAAAA	2	10	683629	683638	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_018621	CAGAG	2	10	712538	712547	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
89	NC_018621	GGCCT	2	10	744462	744471	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
90	NC_018621	AATCA	2	10	746444	746453	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_018621	GAAAA	2	10	788086	788095	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_018621	AGCTA	2	10	791226	791235	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
93	NC_018621	TTTAC	2	10	793149	793158	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_018621	AAGAA	2	10	795844	795853	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_018621	TCCTC	2	10	797551	797560	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
96	NC_018621	GTTTT	2	10	805029	805038	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_018621	TCTTT	2	10	820811	820820	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_018621	ATTTT	2	10	830770	830779	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_018621	AGAAC	2	10	841244	841253	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_018621	CAGAT	2	10	846148	846157	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_018621	TAAAA	2	10	850675	850684	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_018621	AAAAG	2	10	852389	852398	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_018621	TCAAA	2	10	853954	853963	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_018621	TAAAA	2	10	859385	859394	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_018621	AAAAG	2	10	867337	867346	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_018621	TTTTC	2	10	870474	870483	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_018621	AAGTT	2	10	880234	880243	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_018621	TCTAT	2	10	905901	905910	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_018621	TTAAA	2	10	918922	918931	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_018621	AGCGT	2	10	936651	936660	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
111	NC_018621	ACTAG	2	10	939731	939740	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
112	NC_018621	CTTTT	2	10	942484	942493	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_018621	TTTTG	2	10	946104	946113	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_018621	CCCTT	2	10	957494	957503	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
115	NC_018621	AATTT	2	10	969501	969510	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_018621	TATTG	2	10	981163	981172	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_018621	TTCTG	2	10	987951	987960	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_018621	TAAAT	2	10	998521	998530	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_018621	GTAAC	2	10	1004943	1004952	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_018621	AACCT	2	10	1006421	1006430	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
121	NC_018621	TAACT	2	10	1007348	1007357	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_018621	ACATA	2	10	1008087	1008096	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_018621	CTTCT	2	10	1010271	1010280	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
124	NC_018621	TTAAA	2	10	1017223	1017232	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_018621	AACAA	2	10	1017436	1017445	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_018621	TAAAA	2	10	1042036	1042045	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_018621	AGCCC	2	10	1055658	1055667	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
128	NC_018621	TTAAT	2	10	1058596	1058605	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_018621	GCTCG	2	10	1118285	1118294	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
130	NC_018621	AAAAG	2	10	1139933	1139942	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.