MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia psittaci VS225 chromosome

Total Repeats: 402

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018621	AATC	2	8	5416	5423	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_018621	GAAT	2	8	6854	6861	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018621	TAAA	2	8	17026	17033	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018621	TTTC	2	8	17683	17690	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
5	NC_018621	TTTC	2	8	31653	31660	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
6	NC_018621	TCTA	2	8	32057	32064	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
7	NC_018621	AATT	2	8	32381	32388	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018621	TTAA	2	8	32421	32428	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018621	TTAA	2	8	33517	33524	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018621	AGAT	2	8	33560	33567	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018621	TCAA	2	8	37781	37788	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
12	NC_018621	AAGA	2	8	48054	48061	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_018621	ATAA	2	8	49531	49538	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_018621	AAAG	2	8	52610	52617	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_018621	TTTA	2	8	52620	52627	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_018621	AAAG	2	8	54788	54795	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_018621	TGAG	2	8	59930	59937	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_018621	CTTT	2	8	64536	64543	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
19	NC_018621	GATA	2	8	70183	70190	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018621	TAAT	2	8	77627	77634	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018621	TATT	2	8	77644	77651	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_018621	TTAA	2	8	77653	77660	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_018621	TAAA	2	8	77684	77691	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_018621	ATTA	2	8	77701	77708	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018621	TAAA	2	8	80464	80471	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018621	AAAG	2	8	83444	83451	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018621	CAAG	2	8	84801	84808	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
28	NC_018621	TTTA	2	8	87358	87365	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018621	ATGT	2	8	93586	93593	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018621	ATAC	2	8	99143	99150	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
31	NC_018621	AACA	2	8	99314	99321	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
32	NC_018621	TGAT	2	8	99582	99589	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018621	TTAA	2	8	107062	107069	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018621	AAAG	2	8	109882	109889	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_018621	CAGC	2	8	110030	110037	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
36	NC_018621	CCGC	2	8	111304	111311	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
37	NC_018621	ATTT	2	8	122704	122711	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018621	AAAG	2	8	122879	122886	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018621	TAAT	2	8	123048	123055	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018621	CTGG	2	8	128614	128621	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
41	NC_018621	TTTA	2	8	128640	128647	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_018621	TAGT	2	8	140198	140205	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_018621	TTAT	2	8	146038	146045	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_018621	TTAT	2	8	146073	146080	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_018621	GTAA	2	8	146094	146101	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018621	ATTT	3	12	147481	147492	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_018621	TAAG	2	8	148548	148555	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_018621	AAAG	2	8	148578	148585	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
49	NC_018621	AAGC	2	8	158092	158099	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
50	NC_018621	GATG	2	8	159321	159328	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
51	NC_018621	GTAG	2	8	159347	159354	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
52	NC_018621	AAAT	2	8	164515	164522	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_018621	ACTT	2	8	164568	164575	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
54	NC_018621	CTTT	2	8	168966	168973	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_018621	TAGT	2	8	170024	170031	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_018621	AAGA	2	8	173621	173628	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_018621	TAAA	2	8	179305	179312	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_018621	TTTA	2	8	179366	179373	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_018621	AACT	2	8	179382	179389	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
60	NC_018621	GATT	2	8	187248	187255	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_018621	AGAT	2	8	191735	191742	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_018621	GTTT	2	8	193668	193675	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_018621	TATT	2	8	195394	195401	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_018621	TAAA	3	12	195425	195436	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_018621	GTTT	2	8	196475	196482	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_018621	CACT	2	8	198123	198130	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
67	NC_018621	CTTT	2	8	198377	198384	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
68	NC_018621	ATTA	2	8	198394	198401	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_018621	CTTT	2	8	198551	198558	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
70	NC_018621	AATC	2	8	198559	198566	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
71	NC_018621	ATTA	2	8	198695	198702	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_018621	TAAT	2	8	201023	201030	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_018621	TAAA	2	8	204035	204042	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_018621	TTTA	2	8	205604	205611	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_018621	GTTT	2	8	211815	211822	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
76	NC_018621	GAAG	2	8	213148	213155	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
77	NC_018621	AAAG	2	8	213210	213217	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_018621	CATA	2	8	213487	213494	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
79	NC_018621	ATGT	2	8	213603	213610	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
80	NC_018621	AAGA	2	8	222870	222877	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
81	NC_018621	AACA	2	8	226688	226695	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
82	NC_018621	ATTA	2	8	232192	232199	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_018621	GTCC	2	8	236202	236209	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
84	NC_018621	GTCT	2	8	236220	236227	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
85	NC_018621	CTTG	2	8	238116	238123	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
86	NC_018621	GAAT	2	8	238167	238174	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
87	NC_018621	AATT	2	8	238306	238313	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_018621	TTTC	2	8	238406	238413	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
89	NC_018621	ATAA	2	8	239787	239794	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_018621	GTTT	2	8	240836	240843	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
91	NC_018621	TCAT	2	8	241066	241073	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
92	NC_018621	AGGA	2	8	243996	244003	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
93	NC_018621	TAAA	2	8	262959	262966	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_018621	GTTC	2	8	266644	266651	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
95	NC_018621	TAAT	2	8	266747	266754	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_018621	AATT	2	8	266762	266769	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_018621	TAAT	2	8	267839	267846	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_018621	TAAA	2	8	267953	267960	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_018621	TTGT	2	8	274580	274587	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
100	NC_018621	AAAT	2	8	276625	276632	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_018621	TACT	2	8	280793	280800	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
102	NC_018621	AATT	2	8	280814	280821	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_018621	TGTA	2	8	280857	280864	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_018621	GTTT	2	8	281766	281773	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
105	NC_018621	ATTT	2	8	289419	289426	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_018621	TAAT	3	12	289466	289477	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_018621	TAGA	2	8	291303	291310	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_018621	TCTA	2	8	291335	291342	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
109	NC_018621	TATT	2	8	291386	291393	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_018621	AATG	2	8	299483	299490	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
111	NC_018621	ATTG	2	8	301038	301045	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_018621	TTGA	2	8	301109	301116	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
113	NC_018621	CTTT	2	8	305213	305220	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
114	NC_018621	GATT	2	8	307372	307379	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
115	NC_018621	GGGA	2	8	310231	310238	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
116	NC_018621	TTCG	2	8	318798	318805	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_018621	AGGA	2	8	318815	318822	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
118	NC_018621	AAAG	2	8	324392	324399	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
119	NC_018621	AGTT	2	8	333827	333834	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_018621	CAGA	2	8	334671	334678	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
121	NC_018621	TGAT	2	8	334697	334704	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
122	NC_018621	TATT	2	8	336882	336889	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_018621	GAAG	2	8	340095	340102	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
124	NC_018621	ATAA	2	8	340694	340701	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_018621	TCTT	2	8	341458	341465	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
126	NC_018621	AGAA	2	8	343460	343467	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
127	NC_018621	ATTT	2	8	346005	346012	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_018621	TAGT	2	8	346060	346067	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
129	NC_018621	ATAC	2	8	348268	348275	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
130	NC_018621	TTTG	2	8	353571	353578	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_018621	GCTT	2	8	354919	354926	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
132	NC_018621	TTAA	2	8	363827	363834	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_018621	ATCT	2	8	366841	366848	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
134	NC_018621	AACT	2	8	367686	367693	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_018621	GTTT	2	8	378670	378677	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
136	NC_018621	GGTA	2	8	381268	381275	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
137	NC_018621	AAGA	2	8	381402	381409	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
138	NC_018621	ATTA	2	8	381427	381434	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_018621	AAAC	2	8	382725	382732	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
140	NC_018621	GTTT	2	8	393071	393078	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
141	NC_018621	TTAA	2	8	393093	393100	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_018621	TAAT	2	8	393112	393119	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_018621	AAAG	2	8	396099	396106	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
144	NC_018621	ATTA	2	8	409331	409338	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_018621	CAAT	2	8	411982	411989	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
146	NC_018621	ATTT	2	8	412036	412043	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_018621	AATA	2	8	413156	413163	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_018621	CTTT	2	8	416857	416864	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
149	NC_018621	GTAA	2	8	416939	416946	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
150	NC_018621	TTTA	2	8	416992	416999	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_018621	AAGA	2	8	419302	419309	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
152	NC_018621	ACGA	2	8	427511	427518	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.