MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia psittaci GR9 chromosome

Total Repeats: 131

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018620	ATAAA	2	10	34280	34289	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018620	TTTTG	2	10	52482	52491	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018620	TCTTT	2	10	59372	59381	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_018620	GCTTT	2	10	64510	64519	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_018620	CACTT	2	10	71092	71101	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
6	NC_018620	AATTT	2	10	77705	77714	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018620	AGAAA	2	10	87322	87331	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018620	AATTA	2	10	93932	93941	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018620	ATTTG	2	10	98929	98938	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018620	AAAAT	2	10	99650	99659	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018620	CTTTT	2	10	108332	108341	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_018620	CTTTT	2	10	122846	122855	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_018620	TTCTT	2	10	131329	131338	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_018620	TGTTT	2	10	147586	147595	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_018620	TTTTA	2	10	148084	148093	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_018620	TTTTC	2	10	169154	169163	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_018620	CAAAA	2	10	173473	173482	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_018620	CGCAT	2	10	173843	173852	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_018620	AATGT	2	10	187283	187292	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018620	TTTTA	2	10	193821	193830	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018620	ATTTA	2	10	193855	193864	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_018620	CCCTA	2	10	195184	195193	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
23	NC_018620	GTTTT	2	10	198521	198530	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_018620	ATTAA	2	10	200950	200959	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018620	ATAAA	2	10	225787	225796	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018620	ATTTT	2	10	226644	226653	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018620	TTTAA	2	10	255772	255781	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018620	AAGAT	2	10	255846	255855	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018620	GAAGA	2	10	267538	267547	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018620	TAAAA	2	10	274552	274561	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018620	ATTTT	2	10	289420	289429	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018620	AAAGG	2	10	301130	301139	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018620	ATAGG	2	10	307345	307354	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018620	AAAGA	2	10	307365	307374	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_018620	CATAG	2	10	310080	310089	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_018620	TAAGA	2	10	318625	318634	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018620	TGAAA	2	10	327115	327124	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018620	ATTAT	2	10	336629	336638	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018620	CTTGA	2	10	343408	343417	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_018620	TGAAA	2	10	346390	346399	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_018620	GTATT	2	10	357521	357530	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_018620	GAATA	2	10	365599	365608	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_018620	CACTA	2	10	384246	384255	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
44	NC_018620	GTTTC	2	10	385345	385354	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_018620	TTTAA	2	10	391492	391501	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018620	ATTTT	2	10	440776	440785	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_018620	GCTTC	2	10	449690	449699	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
48	NC_018620	ATAGA	2	10	457686	457695	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_018620	ATGTA	2	10	464574	464583	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_018620	TAAAT	2	10	471216	471225	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_018620	AACTT	2	10	471229	471238	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_018620	TAAAT	2	10	472502	472511	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_018620	AAATA	2	10	477822	477831	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_018620	TTAAA	2	10	478981	478990	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_018620	TTTAC	2	10	487805	487814	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_018620	AAAAT	2	10	487862	487871	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_018620	AATCT	2	10	498655	498664	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_018620	TAGGG	2	10	498780	498789	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
59	NC_018620	TAAAA	2	10	543149	543158	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_018620	TTTCT	2	10	553738	553747	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_018620	AAATA	3	15	553751	553765	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_018620	TTATT	2	10	565043	565052	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_018620	ATTAA	2	10	565081	565090	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_018620	ATATA	2	10	579509	579518	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_018620	ACAAA	2	10	580767	580776	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_018620	CAATA	2	10	586374	586383	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_018620	AATTA	2	10	587244	587253	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_018620	ATTTT	2	10	591183	591192	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_018620	ATTTA	2	10	591496	591505	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_018620	ATTTT	2	10	595365	595374	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_018620	TATCC	2	10	616862	616871	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
72	NC_018620	AGGGG	2	10	624684	624693	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
73	NC_018620	CAAAA	2	10	629007	629016	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_018620	AAAAC	2	10	639501	639510	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_018620	GTTTT	2	10	641029	641038	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_018620	GGTTT	2	10	643495	643504	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
77	NC_018620	AAGAG	2	10	646578	646587	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
78	NC_018620	TCTTA	2	10	647726	647735	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_018620	AAATA	2	10	647757	647766	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_018620	CTAAG	2	10	650732	650741	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
81	NC_018620	AAAAT	2	10	652601	652610	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_018620	TTAAT	2	10	652618	652627	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_018620	CACAA	2	10	657159	657168	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
84	NC_018620	TAAAA	2	10	659011	659020	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_018620	TAAAA	2	10	675324	675333	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_018620	CAGAG	2	10	707028	707037	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
87	NC_018620	GGCCT	2	10	738955	738964	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
88	NC_018620	AATCA	2	10	740937	740946	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_018620	GAAAA	2	10	782578	782587	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_018620	AGCTA	2	10	785719	785728	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
91	NC_018620	TTTAC	2	10	787642	787651	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_018620	AAGAA	2	10	790337	790346	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_018620	GTTTT	2	10	799518	799527	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_018620	TCTTT	2	10	815294	815303	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_018620	ATTTT	2	10	825254	825263	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_018620	AGAAC	2	10	835732	835741	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_018620	TAAAA	2	10	845167	845176	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_018620	AAAAG	2	10	846881	846890	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_018620	TCAAA	2	10	848447	848456	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_018620	TAAAA	2	10	853882	853891	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_018620	AAAAG	2	10	861833	861842	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_018620	TTTTC	2	10	864970	864979	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_018620	AAGTT	2	10	874730	874739	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_018620	AATGA	2	10	894692	894701	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_018620	AGACA	2	10	894803	894812	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_018620	TATTT	2	10	895682	895691	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_018620	AAAGA	2	10	896810	896819	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_018620	AATTA	2	10	901107	901116	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_018620	TACAA	2	10	901649	901658	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_018620	TTAAA	2	10	908701	908710	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_018620	ACTAG	2	10	929513	929522	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
112	NC_018620	AATTA	2	10	934209	934218	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_018620	TTTTG	2	10	935888	935897	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_018620	CCCTT	2	10	947279	947288	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
115	NC_018620	AATTT	2	10	959285	959294	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_018620	TATTG	2	10	970948	970957	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_018620	TTCTG	2	10	977735	977744	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_018620	TAAAT	2	10	988304	988313	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_018620	GTAAC	2	10	994685	994694	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_018620	AACCT	2	10	996163	996172	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
121	NC_018620	TAACT	2	10	997090	997099	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_018620	ACATA	2	10	997829	997838	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_018620	CTTTC	2	10	998909	998918	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
124	NC_018620	CTTCT	2	10	1000025	1000034	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
125	NC_018620	TTAAA	2	10	1006979	1006988	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_018620	AACAA	2	10	1007192	1007201	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
127	NC_018620	TAAAA	2	10	1031794	1031803	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_018620	AGCCC	2	10	1045415	1045424	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
129	NC_018620	TTAAT	2	10	1048353	1048362	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_018620	CAAAG	2	10	1075245	1075254	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
131	NC_018620	AAAAG	2	10	1129701	1129710	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.