MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis F/SW5

Total Repeats: 114

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017953	TATTT	2	10	7632	7641	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017953	AAAGA	2	10	33693	33702	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017953	TGCAA	2	10	42928	42937	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_017953	CAAAA	2	10	43246	43255	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017953	GAAGA	2	10	48612	48621	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017953	CTATT	2	10	50191	50200	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_017953	ATTAA	2	10	51982	51991	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017953	AATTT	2	10	54657	54666	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017953	AAAAG	2	10	69570	69579	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017953	CTTGC	2	10	72513	72522	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_017953	AAAAG	2	10	77263	77272	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017953	ATCAA	2	10	78961	78970	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_017953	TTTGT	2	10	85698	85707	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017953	AATAA	2	10	88697	88706	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017953	TTTAA	2	10	94233	94242	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017953	CTTTT	2	10	94768	94777	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_017953	GGAAC	2	10	95107	95116	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
18	NC_017953	GGATT	2	10	96007	96016	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017953	ACAAA	2	10	98321	98330	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_017953	GCTCT	2	10	114594	114603	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
21	NC_017953	TTGCA	2	10	137575	137584	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017953	AAAAG	2	10	142047	142056	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017953	TTCTA	2	10	157833	157842	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_017953	CAAAA	2	10	162289	162298	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_017953	TTGAG	2	10	183026	183035	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017953	GAATG	2	10	183051	183060	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017953	CGATA	2	10	187978	187987	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_017953	TATGC	2	10	192673	192682	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_017953	AAGAA	2	10	192839	192848	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017953	AGAAA	2	10	197144	197153	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017953	CTAAG	2	10	203106	203115	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_017953	ATTTC	2	10	221597	221606	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_017953	CAATA	2	10	224720	224729	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_017953	TACAA	2	10	248427	248436	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_017953	TTTCA	2	10	264543	264552	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_017953	AAAGC	2	10	299374	299383	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_017953	TGTTT	2	10	302253	302262	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017953	CAATT	2	10	322330	322339	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_017953	GCAAC	2	10	334297	334306	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
40	NC_017953	CTTGT	2	10	334357	334366	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_017953	CCTTT	2	10	334815	334824	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
42	NC_017953	AAGGC	2	10	362573	362582	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
43	NC_017953	GCTTC	2	10	364683	364692	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
44	NC_017953	AGTAG	2	10	364761	364770	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017953	AGGGA	2	10	367098	367107	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017953	TCTCT	2	10	368314	368323	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
47	NC_017953	AACAA	2	10	368697	368706	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_017953	AAAAC	2	10	369019	369028	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_017953	AAGCG	2	10	404541	404550	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
50	NC_017953	TATCT	2	10	410069	410078	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_017953	GTATA	2	10	416788	416797	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017953	AGCAA	2	10	416824	416833	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_017953	AAAAT	2	10	418673	418682	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017953	CTCTT	2	10	428737	428746	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
55	NC_017953	TAAAA	2	10	431280	431289	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017953	AGAAA	2	10	436954	436963	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017953	CTCTT	2	10	436993	437002	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
58	NC_017953	GAAGA	2	10	437003	437012	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017953	AAATT	2	10	437282	437291	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017953	AATTT	2	10	437303	437312	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017953	TAAAA	2	10	465511	465520	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017953	CAAAA	2	10	485958	485967	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_017953	AATCT	2	10	503299	503308	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_017953	CTTCT	2	10	503512	503521	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
65	NC_017953	TTTCT	2	10	508899	508908	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_017953	CCTTT	2	10	509908	509917	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
67	NC_017953	TAAAA	2	10	514928	514937	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017953	AGGAA	2	10	516912	516921	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017953	ATGAA	2	10	516936	516945	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017953	TTGGA	2	10	524388	524397	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017953	CAAAA	2	10	525163	525172	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_017953	AAAAG	2	10	558453	558462	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017953	GAAAA	2	10	565637	565646	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017953	ATTTT	2	10	567074	567083	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017953	AAAGG	2	10	582102	582111	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017953	ATTAA	2	10	637650	637659	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017953	TCGTC	2	10	650547	650556	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
78	NC_017953	GCAAA	2	10	672116	672125	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_017953	TATCG	2	10	673337	673346	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_017953	TAAAA	2	10	686171	686180	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017953	TTTAT	2	10	698126	698135	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017953	TCATG	2	10	698321	698330	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_017953	AAAAC	2	10	702432	702441	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_017953	GAAAA	2	10	707782	707791	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017953	TTATT	2	10	714846	714855	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017953	GAAGA	2	10	737743	737752	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017953	TTTCT	2	10	747257	747266	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_017953	AGAAT	2	10	760553	760562	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017953	AGGGG	2	10	760784	760793	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017953	AGGTA	2	10	784735	784744	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017953	TCCTT	2	10	785918	785927	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
92	NC_017953	TTTCT	2	10	805334	805343	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_017953	AGAAA	2	10	813866	813875	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017953	AAGAG	2	10	825705	825714	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017953	CTTTT	2	10	859998	860007	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_017953	AGAAA	2	10	864355	864364	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017953	GAAGA	2	10	876529	876538	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017953	CTTTT	2	10	882049	882058	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_017953	TAGAA	2	10	890519	890528	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017953	CTTTT	2	10	906554	906563	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_017953	TTTTA	2	10	907299	907308	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017953	AGAGC	2	10	909586	909595	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
103	NC_017953	TCGTT	2	10	937681	937690	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_017953	TTCTT	2	10	940637	940646	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_017953	GGTAG	2	10	944819	944828	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017953	AGATA	2	10	944830	944839	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017953	CTTCA	2	10	962520	962529	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
108	NC_017953	CTAGT	2	10	969377	969386	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
109	NC_017953	TAAAA	2	10	985372	985381	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017953	ATAAA	2	10	985403	985412	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017953	CGGGG	2	10	1006813	1006822	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
112	NC_017953	TATTT	2	10	1008971	1008980	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017953	TAGAA	2	10	1020399	1020408	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017953	TTTTA	2	10	1042716	1042725	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.