MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis F/SW5

Total Repeats: 378

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017953	AAGG	2	8	1909	1916	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017953	GGAG	2	8	6904	6911	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017953	TATG	2	8	7553	7560	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017953	ATTT	2	8	7694	7701	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017953	ATTT	2	8	7785	7792	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017953	TATT	2	8	9909	9916	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017953	AGAA	2	8	11803	11810	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017953	AAGG	2	8	14039	14046	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017953	CAAA	2	8	16673	16680	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_017953	TGCG	2	8	19127	19134	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
11	NC_017953	GCCA	2	8	21621	21628	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
12	NC_017953	CGCT	2	8	21869	21876	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
13	NC_017953	TTAA	2	8	21890	21897	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017953	GTTA	2	8	21927	21934	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017953	GATC	2	8	21982	21989	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
16	NC_017953	ATTG	2	8	28539	28546	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017953	TGTT	2	8	44417	44424	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017953	AATA	2	8	44656	44663	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017953	AAGT	2	8	48579	48586	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017953	TATT	2	8	52781	52788	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017953	GTTT	2	8	54641	54648	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017953	TGTT	2	8	54649	54656	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017953	TAAT	2	8	54693	54700	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017953	CAGA	2	8	61314	61321	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
25	NC_017953	ACAA	2	8	67958	67965	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
26	NC_017953	AAGG	2	8	68056	68063	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017953	GATA	2	8	72537	72544	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017953	TCTA	2	8	77196	77203	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_017953	GTTT	2	8	79970	79977	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017953	ATTC	2	8	80173	80180	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
31	NC_017953	GGTT	2	8	80323	80330	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017953	GTTT	2	8	88630	88637	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017953	TTTA	2	8	88653	88660	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017953	GTTT	2	8	88665	88672	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017953	GTTT	2	8	88716	88723	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017953	AAAT	2	8	94260	94267	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017953	CATC	2	8	94994	95001	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
38	NC_017953	GTAA	2	8	95692	95699	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017953	TTCC	2	8	96290	96297	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
40	NC_017953	TATT	2	8	98298	98305	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017953	AAGA	2	8	107285	107292	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017953	CTGG	2	8	120985	120992	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
43	NC_017953	GTTT	2	8	135486	135493	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017953	ATCT	2	8	152205	152212	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
45	NC_017953	GCTG	2	8	152244	152251	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
46	NC_017953	TGTT	2	8	157820	157827	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017953	AAAG	2	8	158662	158669	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017953	TTTA	2	8	158671	158678	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017953	TAAT	2	8	158788	158795	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017953	TAAT	2	8	159623	159630	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017953	GCTT	2	8	162259	162266	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
52	NC_017953	CTTC	2	8	166330	166337	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
53	NC_017953	TTAG	2	8	170739	170746	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017953	AAAC	2	8	172486	172493	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_017953	GTAT	2	8	173668	173675	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017953	GGAA	2	8	178856	178863	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017953	TTCC	2	8	181267	181274	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
58	NC_017953	AAAC	2	8	181370	181377	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
59	NC_017953	AAAG	2	8	182645	182652	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017953	AAGA	2	8	182663	182670	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017953	AAAG	2	8	182843	182850	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017953	GATG	2	8	182875	182882	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017953	CCAG	2	8	183273	183280	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
64	NC_017953	TCGC	2	8	183535	183542	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
65	NC_017953	GTTG	2	8	184140	184147	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017953	GGAC	2	8	188419	188426	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
67	NC_017953	ATGC	2	8	193234	193241	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_017953	CTTT	2	8	193375	193382	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
69	NC_017953	GTTC	2	8	196678	196685	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_017953	ATTT	2	8	196822	196829	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017953	AACT	2	8	196833	196840	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
72	NC_017953	TTTG	2	8	196942	196949	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017953	AACA	2	8	197070	197077	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
74	NC_017953	ACGA	2	8	202940	202947	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_017953	GAAA	2	8	203226	203233	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017953	CCTT	2	8	216360	216367	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_017953	CTAT	2	8	220050	220057	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
78	NC_017953	GCAA	2	8	220294	220301	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
79	NC_017953	AATT	2	8	221630	221637	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017953	CTTG	2	8	221979	221986	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
81	NC_017953	AAAC	2	8	225709	225716	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
82	NC_017953	AAAT	2	8	243945	243952	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017953	AAGA	2	8	243964	243971	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017953	TTTC	2	8	246565	246572	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
85	NC_017953	TAAA	2	8	247399	247406	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017953	AATA	2	8	251057	251064	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017953	GAAA	2	8	252676	252683	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017953	GCAG	2	8	252725	252732	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
89	NC_017953	AGAA	2	8	252758	252765	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017953	CCAA	2	8	254641	254648	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_017953	AAAC	2	8	255248	255255	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
92	NC_017953	TAAA	2	8	264653	264660	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017953	CAAA	2	8	267588	267595	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_017953	TCTA	2	8	273955	273962	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_017953	ATTT	2	8	274101	274108	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017953	GTTT	2	8	279943	279950	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017953	AAAG	2	8	279978	279985	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017953	TGCC	2	8	280466	280473	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
99	NC_017953	GGGA	2	8	284314	284321	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017953	CAAA	2	8	284359	284366	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
101	NC_017953	TAAA	2	8	285456	285463	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017953	GATA	2	8	287117	287124	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017953	AATC	2	8	292242	292249	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
104	NC_017953	ACAA	2	8	298011	298018	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
105	NC_017953	GCTT	2	8	299341	299348	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
106	NC_017953	CCCT	2	8	299908	299915	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
107	NC_017953	TAAA	2	8	302380	302387	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017953	TCCA	2	8	305539	305546	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
109	NC_017953	TCCC	2	8	305741	305748	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
110	NC_017953	ATTG	2	8	306926	306933	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017953	AATA	2	8	318315	318322	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017953	TAAA	2	8	318336	318343	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017953	CAGA	2	8	318344	318351	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
114	NC_017953	AATA	2	8	318411	318418	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017953	CAAT	2	8	328040	328047	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
116	NC_017953	GCTA	2	8	328730	328737	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_017953	TTAA	2	8	334073	334080	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017953	CAGT	2	8	334419	334426	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
119	NC_017953	CAAG	2	8	340607	340614	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
120	NC_017953	GCAA	2	8	359416	359423	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
121	NC_017953	TTTA	2	8	364117	364124	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017953	CAAA	2	8	364411	364418	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
123	NC_017953	TAGT	2	8	364722	364729	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017953	AGGC	2	8	366711	366718	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
125	NC_017953	TCCA	2	8	366767	366774	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
126	NC_017953	ACCA	2	8	366844	366851	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
127	NC_017953	GCAT	2	8	367308	367315	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
128	NC_017953	TGAG	2	8	367341	367348	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017953	TATG	2	8	368083	368090	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017953	GCTT	2	8	368756	368763	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
131	NC_017953	TAAA	2	8	369034	369041	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017953	AAAT	2	8	369952	369959	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017953	CCTT	2	8	369974	369981	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
134	NC_017953	ATCT	2	8	370007	370014	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_017953	ACAA	2	8	370016	370023	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_017953	TAAA	2	8	381790	381797	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017953	TTTA	2	8	391758	391765	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017953	GATT	2	8	392517	392524	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017953	AATT	2	8	392566	392573	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017953	TTAT	2	8	395959	395966	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017953	GCAA	2	8	396012	396019	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
142	NC_017953	TCAT	2	8	405306	405313	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_017953	CTTT	2	8	407398	407405	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
144	NC_017953	CAAA	2	8	407442	407449	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_017953	ATGC	2	8	411978	411985	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
146	NC_017953	ATTT	2	8	416859	416866	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017953	AGAA	2	8	416869	416876	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017953	ATTA	2	8	418658	418665	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017953	ACTG	2	8	425152	425159	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
150	NC_017953	CTTT	2	8	425171	425178	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
151	NC_017953	TTCT	2	8	428716	428723	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
152	NC_017953	AACT	2	8	430948	430955	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.