MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis E/SW3

Total Repeats: 117

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017952	TATTT	2	10	7634	7643	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017952	AAGAA	2	10	12394	12403	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017952	AAAGA	2	10	33682	33691	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017952	TGCAA	2	10	42916	42925	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017952	CAAAA	2	10	43234	43243	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_017952	GAAGA	2	10	48600	48609	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017952	CTATT	2	10	50179	50188	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_017952	AATTT	2	10	54752	54761	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017952	AAAAG	2	10	69665	69674	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017952	CTTGC	2	10	72608	72617	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_017952	AAAAG	2	10	77358	77367	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017952	ATCAA	2	10	79056	79065	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_017952	TTTGT	2	10	85793	85802	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017952	AATAA	2	10	88792	88801	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017952	TTTAA	2	10	94328	94337	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017952	CTTTT	2	10	94863	94872	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_017952	ACAAA	2	10	98403	98412	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_017952	GCTCT	2	10	114676	114685	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_017952	GAAAT	2	10	136979	136988	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017952	TTGCA	2	10	137658	137667	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_017952	AAAAG	2	10	142130	142139	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017952	TTCTA	2	10	157919	157928	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_017952	CAAAA	2	10	162375	162384	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_017952	TTGAG	2	10	183118	183127	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017952	GAATG	2	10	183143	183152	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017952	CGATA	2	10	188113	188122	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_017952	TATGC	2	10	192808	192817	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_017952	AAGAA	2	10	192974	192983	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017952	CTAAG	2	10	203549	203558	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_017952	ATTTC	2	10	222042	222051	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_017952	CAATA	2	10	225165	225174	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_017952	TACAA	2	10	248872	248881	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_017952	TTTCA	2	10	264988	264997	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_017952	AAAGC	2	10	299819	299828	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_017952	TGTTT	2	10	302698	302707	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017952	GCAAC	2	10	334742	334751	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
37	NC_017952	CTTGT	2	10	334802	334811	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
38	NC_017952	CCTTT	2	10	335260	335269	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
39	NC_017952	AAGGC	2	10	363008	363017	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_017952	GCTTC	2	10	365120	365129	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
41	NC_017952	AGTAG	2	10	365198	365207	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017952	AGGGA	2	10	367535	367544	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017952	TCTCT	2	10	368750	368759	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
44	NC_017952	AACAA	2	10	369133	369142	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_017952	AAAAC	2	10	369455	369464	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_017952	AAGCG	2	10	404977	404986	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_017952	TATCT	2	10	410505	410514	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_017952	GTATA	2	10	417224	417233	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017952	AGCAA	2	10	417260	417269	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
50	NC_017952	AAAAT	2	10	419109	419118	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017952	CTCTT	2	10	429173	429182	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
52	NC_017952	TAAAA	2	10	431716	431725	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017952	AGAAA	2	10	437391	437400	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017952	CTCTT	2	10	437430	437439	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
55	NC_017952	GAAGA	2	10	437440	437449	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017952	AAATT	2	10	437727	437736	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017952	AATTT	2	10	437748	437757	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017952	TAAAA	2	10	465956	465965	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017952	CAAAA	2	10	486403	486412	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_017952	AATCT	2	10	503744	503753	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_017952	CTTCT	2	10	503957	503966	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
62	NC_017952	TTTCT	2	10	509347	509356	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_017952	CCTTT	2	10	510356	510365	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
64	NC_017952	TAAAA	2	10	515375	515384	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017952	AGGAA	2	10	517359	517368	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017952	ATGAA	2	10	517383	517392	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017952	TTGGA	2	10	524835	524844	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017952	CAAAA	2	10	525610	525619	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_017952	AAAAG	2	10	558594	558603	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017952	GAAAA	2	10	565778	565787	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017952	ATTTT	2	10	567215	567224	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017952	ATACT	2	10	573288	573297	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_017952	AAAGG	2	10	582244	582253	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017952	ATTAA	2	10	637792	637801	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017952	TCGTC	2	10	650689	650698	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
76	NC_017952	GCAAA	2	10	672258	672267	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_017952	TATCG	2	10	673479	673488	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_017952	TAAAA	2	10	686313	686322	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017952	TTTAT	2	10	698268	698277	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017952	TCATG	2	10	698463	698472	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
81	NC_017952	AAAAC	2	10	702574	702583	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_017952	GAAAA	2	10	707924	707933	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017952	TTATT	2	10	714988	714997	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017952	GAAGA	2	10	737885	737894	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017952	TTTCT	2	10	747399	747408	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_017952	AGAAT	2	10	760695	760704	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017952	AGGGG	2	10	760926	760935	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017952	AAAAG	2	10	781495	781504	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017952	AGGTA	2	10	784893	784902	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017952	TCCTT	2	10	786076	786085	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
91	NC_017952	TTTCT	2	10	805492	805501	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_017952	AGAAA	2	10	814024	814033	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017952	AAGAG	2	10	825863	825872	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017952	CTTTT	2	10	860156	860165	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_017952	AGAAA	2	10	864513	864522	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017952	GAAGA	2	10	876687	876696	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017952	CTTTT	2	10	882207	882216	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_017952	TAGAA	2	10	890677	890686	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017952	CTTTT	2	10	906712	906721	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_017952	TTTTA	2	10	907457	907466	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017952	AGAGC	2	10	909744	909753	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
102	NC_017952	TCGTT	2	10	937840	937849	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_017952	TTCTT	2	10	940796	940805	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_017952	GGTAG	2	10	944978	944987	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017952	AGATA	2	10	944989	944998	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017952	CTTCA	2	10	962681	962690	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
107	NC_017952	CTAGT	2	10	969538	969547	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
108	NC_017952	TAAAA	2	10	985533	985542	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017952	ATAAA	2	10	985564	985573	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017952	CGGGG	2	10	1006974	1006983	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
111	NC_017952	TATTT	2	10	1009132	1009141	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017952	TAGAA	2	10	1020560	1020569	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017952	TTTTC	2	10	1038928	1038937	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_017952	AAAAG	2	10	1039559	1039568	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017952	GTTAG	2	10	1039751	1039760	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017952	TTATT	2	10	1042826	1042835	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017952	TTTTA	2	10	1042876	1042885	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.