MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis F/SW4

Total Repeats: 116

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017951	TATTT	2	10	7632	7641	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017951	AAAGA	2	10	33693	33702	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017951	TGCAA	2	10	42928	42937	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_017951	CAAAA	2	10	43246	43255	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017951	GAAGA	2	10	48612	48621	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017951	CTATT	2	10	50192	50201	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_017951	ATTAA	2	10	51983	51992	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017951	AATTT	2	10	54658	54667	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017951	AAAAG	2	10	69571	69580	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017951	CTTGC	2	10	72514	72523	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_017951	AAAAG	2	10	77264	77273	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017951	ATCAA	2	10	78962	78971	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_017951	TTTGT	2	10	85699	85708	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017951	AATAA	2	10	88698	88707	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017951	TTTAA	2	10	94234	94243	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017951	CTTTT	2	10	94769	94778	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_017951	ACAAA	2	10	98315	98324	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_017951	GCTCT	2	10	114588	114597	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_017951	TTGCA	2	10	137569	137578	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_017951	AAAAG	2	10	142041	142050	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017951	ATTCT	2	10	153046	153055	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017951	CTGTG	2	10	153250	153259	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_017951	TTCTA	2	10	157828	157837	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_017951	CAAAA	2	10	162284	162293	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_017951	TTGAA	2	10	181461	181470	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017951	TTGAG	2	10	183022	183031	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017951	GAATG	2	10	183047	183056	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017951	CGATA	2	10	187974	187983	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_017951	TATGC	2	10	192669	192678	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_017951	AAGAA	2	10	192835	192844	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017951	AGAAA	2	10	197140	197149	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017951	CTAAG	2	10	203102	203111	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_017951	ATTTC	2	10	221593	221602	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_017951	CAATA	2	10	224716	224725	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_017951	TACAA	2	10	248423	248432	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_017951	TTTCA	2	10	264539	264548	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_017951	AAAGC	2	10	299368	299377	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
38	NC_017951	TGTTT	2	10	302247	302256	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017951	CAATT	2	10	322324	322333	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_017951	GCAAC	2	10	334291	334300	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
41	NC_017951	CTTGT	2	10	334351	334360	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_017951	CCTTT	2	10	334809	334818	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
43	NC_017951	AAGGC	2	10	362567	362576	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
44	NC_017951	GCTTC	2	10	364677	364686	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
45	NC_017951	AGTAG	2	10	364755	364764	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017951	AGGGA	2	10	367092	367101	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017951	TCTCT	2	10	368308	368317	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
48	NC_017951	AACAA	2	10	368691	368700	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_017951	AAAAC	2	10	369013	369022	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_017951	AAGCG	2	10	404535	404544	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
51	NC_017951	TATCT	2	10	410063	410072	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_017951	GTATA	2	10	416782	416791	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017951	AGCAA	2	10	416818	416827	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
54	NC_017951	AAAAT	2	10	418667	418676	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017951	CTCTT	2	10	428731	428740	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
56	NC_017951	TAAAA	2	10	431274	431283	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017951	AGAAA	2	10	436948	436957	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017951	CTCTT	2	10	436987	436996	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
59	NC_017951	GAAGA	2	10	436997	437006	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017951	AAATT	2	10	437276	437285	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017951	AATTT	2	10	437297	437306	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017951	TAAAA	2	10	465505	465514	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017951	CAAAA	2	10	485952	485961	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_017951	AATCT	2	10	503293	503302	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_017951	CTTCT	2	10	503506	503515	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
66	NC_017951	TTTCT	2	10	508893	508902	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_017951	CCTTT	2	10	509902	509911	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
68	NC_017951	TAAAA	2	10	514922	514931	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017951	AGGAA	2	10	516906	516915	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017951	ATGAA	2	10	516930	516939	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017951	TTGGA	2	10	524382	524391	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017951	CAAAA	2	10	525157	525166	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_017951	AAAAG	2	10	558450	558459	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017951	GAAAA	2	10	565634	565643	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017951	ATTTT	2	10	567071	567080	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017951	ATACT	2	10	573144	573153	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_017951	AAAGG	2	10	582101	582110	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017951	ATTAA	2	10	637649	637658	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017951	TCGTC	2	10	650546	650555	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
80	NC_017951	GCAAA	2	10	672115	672124	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
81	NC_017951	TATCG	2	10	673336	673345	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
82	NC_017951	TAAAA	2	10	686170	686179	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017951	TTTAT	2	10	698125	698134	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017951	TCATG	2	10	698320	698329	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
85	NC_017951	AAAAC	2	10	702431	702440	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_017951	GAAAA	2	10	707781	707790	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017951	TTATT	2	10	714845	714854	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017951	GAAGA	2	10	737745	737754	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017951	TTTCT	2	10	747259	747268	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_017951	AGAAT	2	10	760555	760564	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017951	AGGGG	2	10	760786	760795	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017951	AGGTA	2	10	784737	784746	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017951	TCCTT	2	10	785920	785929	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
94	NC_017951	TTTCT	2	10	805336	805345	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_017951	AGAAA	2	10	813868	813877	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017951	AAGAG	2	10	825707	825716	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017951	CTTTT	2	10	860000	860009	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_017951	AGAAA	2	10	864357	864366	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017951	GAAGA	2	10	876531	876540	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017951	CTTTT	2	10	882051	882060	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_017951	TAGAA	2	10	890521	890530	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017951	CTTTT	2	10	906556	906565	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_017951	TTTTA	2	10	907301	907310	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017951	AGAGC	2	10	909588	909597	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
105	NC_017951	TCGTT	2	10	937683	937692	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_017951	TTCTT	2	10	940639	940648	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_017951	GGTAG	2	10	944824	944833	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017951	AGATA	2	10	944835	944844	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017951	CTTCA	2	10	962527	962536	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
110	NC_017951	CTAGT	2	10	969384	969393	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
111	NC_017951	TAAAA	2	10	985382	985391	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017951	ATAAA	2	10	985413	985422	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017951	CGGGG	2	10	1006823	1006832	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
114	NC_017951	TATTT	2	10	1008981	1008990	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017951	TAGAA	2	10	1020409	1020418	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017951	TTTTA	2	10	1042709	1042718	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.