MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis F/SW4

Total Repeats: 384

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017951	AAGG	2	8	1909	1916	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017951	GGAG	2	8	6904	6911	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017951	TATG	2	8	7553	7560	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017951	ATTT	2	8	7694	7701	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017951	ATTT	2	8	7785	7792	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017951	TATT	2	8	9909	9916	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017951	AGAA	2	8	11803	11810	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017951	AAGG	2	8	14039	14046	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017951	CAAA	2	8	16673	16680	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_017951	TGCG	2	8	19127	19134	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
11	NC_017951	GCCA	2	8	21621	21628	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
12	NC_017951	CGCT	2	8	21869	21876	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
13	NC_017951	TTAA	2	8	21890	21897	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017951	GTTA	2	8	21927	21934	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017951	GATC	2	8	21982	21989	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
16	NC_017951	ATTG	2	8	28539	28546	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017951	TGTT	2	8	44417	44424	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017951	AATA	2	8	44656	44663	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017951	AAGT	2	8	48579	48586	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017951	TATT	2	8	52782	52789	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017951	GTTT	2	8	54642	54649	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017951	TGTT	2	8	54650	54657	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017951	TAAT	2	8	54694	54701	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017951	CAGA	2	8	61315	61322	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
25	NC_017951	ACAA	2	8	67959	67966	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
26	NC_017951	AAGG	2	8	68057	68064	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017951	GATA	2	8	72538	72545	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017951	TCTA	2	8	77197	77204	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_017951	GTTT	2	8	79971	79978	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017951	ATTC	2	8	80174	80181	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
31	NC_017951	GGTT	2	8	80324	80331	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017951	GTTT	2	8	88631	88638	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017951	TTTA	2	8	88654	88661	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017951	GTTT	2	8	88666	88673	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017951	GTTT	2	8	88717	88724	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017951	AAAT	2	8	94261	94268	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017951	TATT	2	8	98292	98299	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017951	AAGA	2	8	107279	107286	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017951	CTGG	2	8	120979	120986	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
40	NC_017951	GTTT	2	8	135480	135487	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017951	ATCT	2	8	152199	152206	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
42	NC_017951	GCTG	2	8	152238	152245	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
43	NC_017951	AACG	2	8	153062	153069	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
44	NC_017951	TGTT	2	8	153231	153238	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017951	CTTT	2	8	153862	153869	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
46	NC_017951	TGTT	2	8	157815	157822	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017951	AAAG	2	8	158657	158664	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017951	TTTA	2	8	158666	158673	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017951	TAAT	2	8	158783	158790	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017951	TAAT	2	8	159618	159625	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017951	GCTT	2	8	162254	162261	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
52	NC_017951	CTTC	2	8	166325	166332	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
53	NC_017951	TTAG	2	8	170734	170741	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017951	AAAC	2	8	172481	172488	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_017951	GTAT	2	8	173663	173670	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017951	GGAA	2	8	178851	178858	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017951	TTCC	2	8	181262	181269	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
58	NC_017951	AAAC	2	8	181365	181372	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
59	NC_017951	TTTG	2	8	181475	181482	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017951	TGCA	2	8	181593	181600	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
61	NC_017951	AAAG	2	8	181962	181969	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017951	GTTT	2	8	182265	182272	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017951	AAAG	2	8	182641	182648	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017951	AAGA	2	8	182659	182666	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017951	AAAG	2	8	182839	182846	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017951	GATG	2	8	182871	182878	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017951	CCAG	2	8	183269	183276	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
68	NC_017951	TCGC	2	8	183531	183538	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
69	NC_017951	GTTG	2	8	184136	184143	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017951	GGAC	2	8	188415	188422	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
71	NC_017951	ATGC	2	8	193230	193237	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
72	NC_017951	CTTT	2	8	193371	193378	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_017951	GTTC	2	8	196674	196681	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
74	NC_017951	ATTT	2	8	196818	196825	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017951	AACT	2	8	196829	196836	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
76	NC_017951	TTTG	2	8	196938	196945	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017951	AACA	2	8	197066	197073	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
78	NC_017951	ACGA	2	8	202936	202943	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
79	NC_017951	GAAA	2	8	203222	203229	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017951	CCTT	2	8	216356	216363	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
81	NC_017951	CTAT	2	8	220046	220053	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
82	NC_017951	GCAA	2	8	220290	220297	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
83	NC_017951	AATT	2	8	221626	221633	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017951	CTTG	2	8	221975	221982	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
85	NC_017951	AAAC	2	8	225705	225712	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
86	NC_017951	AAAT	2	8	243941	243948	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017951	AAGA	2	8	243960	243967	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017951	TTTC	2	8	246561	246568	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
89	NC_017951	TAAA	2	8	247395	247402	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017951	AATA	2	8	251053	251060	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017951	GAAA	2	8	252672	252679	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017951	GCAG	2	8	252721	252728	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
93	NC_017951	AGAA	2	8	252754	252761	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017951	CCAA	2	8	254637	254644	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
95	NC_017951	AAAC	2	8	255244	255251	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
96	NC_017951	TAAA	2	8	264649	264656	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017951	CAAA	2	8	267584	267591	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_017951	TCTA	2	8	273951	273958	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
99	NC_017951	ATTT	2	8	274097	274104	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017951	GTTT	2	8	279939	279946	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017951	AAAG	2	8	279974	279981	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017951	TGCC	2	8	280462	280469	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
103	NC_017951	GGGA	2	8	284310	284317	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017951	CAAA	2	8	284355	284362	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
105	NC_017951	TAAA	2	8	285452	285459	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017951	GATA	2	8	287113	287120	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017951	AATC	2	8	292238	292245	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
108	NC_017951	ACAA	2	8	298005	298012	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
109	NC_017951	GCTT	2	8	299335	299342	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
110	NC_017951	CCCT	2	8	299902	299909	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
111	NC_017951	TAAA	2	8	302374	302381	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017951	TCCA	2	8	305533	305540	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
113	NC_017951	TCCC	2	8	305735	305742	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
114	NC_017951	ATTG	2	8	306920	306927	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017951	AATA	2	8	318309	318316	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017951	TAAA	2	8	318330	318337	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017951	CAGA	2	8	318338	318345	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
118	NC_017951	AATA	2	8	318405	318412	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017951	CAAT	2	8	328034	328041	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_017951	GCTA	2	8	328724	328731	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
121	NC_017951	TTAA	2	8	334067	334074	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017951	CAGT	2	8	334413	334420	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
123	NC_017951	CAAG	2	8	340601	340608	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
124	NC_017951	GCAA	2	8	359410	359417	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
125	NC_017951	TTTA	2	8	364111	364118	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017951	CAAA	2	8	364405	364412	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
127	NC_017951	TAGT	2	8	364716	364723	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017951	AGGC	2	8	366705	366712	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
129	NC_017951	TCCA	2	8	366761	366768	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
130	NC_017951	ACCA	2	8	366838	366845	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
131	NC_017951	GCAT	2	8	367302	367309	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
132	NC_017951	TGAG	2	8	367335	367342	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017951	TATG	2	8	368077	368084	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017951	GCTT	2	8	368750	368757	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
135	NC_017951	TAAA	2	8	369028	369035	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017951	AAAT	2	8	369946	369953	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017951	CCTT	2	8	369968	369975	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
138	NC_017951	ATCT	2	8	370001	370008	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
139	NC_017951	ACAA	2	8	370010	370017	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
140	NC_017951	TAAA	2	8	381784	381791	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017951	TTTA	2	8	391752	391759	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017951	GATT	2	8	392511	392518	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017951	AATT	2	8	392560	392567	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017951	TTAT	2	8	395953	395960	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017951	GCAA	2	8	396006	396013	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
146	NC_017951	TCAT	2	8	405300	405307	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
147	NC_017951	CTTT	2	8	407392	407399	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
148	NC_017951	CAAA	2	8	407436	407443	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
149	NC_017951	ATGC	2	8	411972	411979	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
150	NC_017951	ATTT	2	8	416853	416860	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_017951	AGAA	2	8	416863	416870	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
152	NC_017951	ATTA	2	8	418652	418659	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.