MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis Sweden2

Total Repeats: 117

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017441	TATTT	2	10	7634	7643	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017441	AAGAA	2	10	12394	12403	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017441	AAAGA	2	10	33682	33691	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017441	TGCAA	2	10	42916	42925	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017441	CAAAA	2	10	43234	43243	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_017441	GAAGA	2	10	48600	48609	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017441	CTATT	2	10	50179	50188	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_017441	AATTT	2	10	54536	54545	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017441	AAAAG	2	10	69449	69458	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017441	CTTGC	2	10	72392	72401	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_017441	AAAAG	2	10	77142	77151	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017441	ATCAA	2	10	78840	78849	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_017441	TTTGT	2	10	85577	85586	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017441	AATAA	2	10	88576	88585	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017441	TTTAA	2	10	94112	94121	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017441	CTTTT	2	10	94647	94656	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_017441	ACAAA	2	10	98187	98196	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_017441	GCTCT	2	10	114460	114469	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_017441	TTGCA	2	10	137442	137451	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_017441	AAAAG	2	10	141914	141923	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017441	ATTCT	2	10	152918	152927	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017441	CTGTG	2	10	153122	153131	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_017441	TTCTA	2	10	157700	157709	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_017441	CAAAA	2	10	162159	162168	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_017441	AGAAA	2	10	182520	182529	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017441	TTGAG	2	10	182903	182912	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017441	GAATG	2	10	182928	182937	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017441	CGATA	2	10	187897	187906	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_017441	CTAAG	2	10	203333	203342	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_017441	ATTTC	2	10	221826	221835	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_017441	CAATA	2	10	224949	224958	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_017441	TACAA	2	10	248656	248665	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_017441	TTTCA	2	10	264772	264781	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_017441	AAAGC	2	10	299603	299612	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_017441	TGTTT	2	10	302482	302491	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017441	GCAAC	2	10	334526	334535	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
37	NC_017441	CTTGT	2	10	334586	334595	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
38	NC_017441	CCTTT	2	10	335044	335053	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
39	NC_017441	AAGGC	2	10	362792	362801	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_017441	GCTTC	2	10	364904	364913	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
41	NC_017441	AGTAG	2	10	364982	364991	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017441	AGGGA	2	10	367319	367328	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017441	TCTCT	2	10	368534	368543	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
44	NC_017441	AACAA	2	10	368917	368926	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_017441	AAAAC	2	10	369239	369248	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_017441	AAGCG	2	10	404761	404770	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_017441	TATCT	2	10	410289	410298	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_017441	GTATA	2	10	417008	417017	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017441	AGCAA	2	10	417044	417053	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
50	NC_017441	AAAAT	2	10	418893	418902	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017441	CTCTT	2	10	428957	428966	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
52	NC_017441	TAAAA	2	10	431500	431509	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017441	AGAAA	2	10	437175	437184	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017441	CTCTT	2	10	437214	437223	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
55	NC_017441	GAAGA	2	10	437224	437233	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017441	AAATT	2	10	437511	437520	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017441	AATTT	2	10	437532	437541	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017441	TAAAA	2	10	465740	465749	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017441	CAAAA	2	10	486187	486196	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_017441	AATCT	2	10	503528	503537	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_017441	CTTCT	2	10	503741	503750	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
62	NC_017441	TTTCT	2	10	509131	509140	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_017441	CCTTT	2	10	510140	510149	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
64	NC_017441	TAAAA	2	10	515159	515168	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017441	AGGAA	2	10	517143	517152	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017441	ATGAA	2	10	517167	517176	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017441	TTGGA	2	10	524619	524628	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017441	CAAAA	2	10	525394	525403	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_017441	AAAAG	2	10	558531	558540	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017441	GAAAA	2	10	565715	565724	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017441	ATTTT	2	10	567152	567161	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017441	ATACT	2	10	573225	573234	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_017441	AAAGG	2	10	582181	582190	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017441	ATTAA	2	10	637729	637738	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017441	TCGTC	2	10	650626	650635	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
76	NC_017441	GCAAA	2	10	672195	672204	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_017441	TATCG	2	10	673416	673425	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_017441	TAAAA	2	10	686250	686259	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017441	TTTAT	2	10	698205	698214	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017441	TCATG	2	10	698400	698409	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
81	NC_017441	AAAAC	2	10	702511	702520	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_017441	GAAAA	2	10	707861	707870	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017441	TTATT	2	10	714925	714934	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017441	GAAGA	2	10	737822	737831	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017441	TTTCT	2	10	747336	747345	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_017441	AGAAT	2	10	760632	760641	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017441	AGGGG	2	10	760863	760872	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017441	AAAAG	2	10	781432	781441	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017441	AGGTA	2	10	784830	784839	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017441	TCCTT	2	10	786013	786022	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
91	NC_017441	TTTCT	2	10	805429	805438	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_017441	AGAAA	2	10	813961	813970	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017441	AAGAG	2	10	825800	825809	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017441	CTTTT	2	10	860093	860102	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_017441	AGAAA	2	10	864450	864459	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017441	GAAGA	2	10	876624	876633	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017441	CTTTT	2	10	882144	882153	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_017441	TAGAA	2	10	890614	890623	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017441	CTTTT	2	10	906649	906658	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_017441	TTTTA	2	10	907394	907403	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017441	AGAGC	2	10	909681	909690	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
102	NC_017441	TCGTT	2	10	937776	937785	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_017441	TTCTT	2	10	940732	940741	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_017441	GGTAG	2	10	944914	944923	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017441	AGATA	2	10	944925	944934	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017441	CTTCA	2	10	962617	962626	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
107	NC_017441	CTAGT	2	10	969474	969483	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
108	NC_017441	TAAAA	2	10	985469	985478	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017441	ATAAA	2	10	985500	985509	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017441	CGGGG	2	10	1006910	1006919	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
111	NC_017441	TATTT	2	10	1009068	1009077	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017441	TAGAA	2	10	1020496	1020505	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017441	TTTTC	2	10	1038864	1038873	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_017441	AAAAG	2	10	1039495	1039504	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017441	GTTAG	2	10	1039687	1039696	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017441	TTATT	2	10	1042762	1042771	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017441	TTTTA	2	10	1042812	1042821	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.