MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis Sweden2

Total Repeats: 371

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017441	AAGG	2	8	1909	1916	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017441	GGAG	2	8	6906	6913	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017441	TATG	2	8	7555	7562	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017441	ATTT	2	8	7696	7703	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017441	TTTG	2	8	7788	7795	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017441	TATT	2	8	9910	9917	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017441	AGAA	2	8	11802	11809	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017441	AATG	2	8	12131	12138	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017441	ATTT	2	8	12908	12915	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017441	AAGG	2	8	14028	14035	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017441	CAAA	2	8	16662	16669	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
12	NC_017441	TGCG	2	8	19116	19123	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
13	NC_017441	CGCT	2	8	21858	21865	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
14	NC_017441	TTAA	2	8	21879	21886	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017441	GTTA	2	8	21916	21923	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017441	GATC	2	8	21971	21978	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
17	NC_017441	ATTG	2	8	28528	28535	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017441	TGTT	2	8	44405	44412	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017441	AATA	2	8	44644	44651	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017441	AAGT	2	8	48567	48574	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017441	TATT	2	8	52660	52667	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017441	GTTT	2	8	54520	54527	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017441	TGTT	2	8	54528	54535	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017441	TAAT	2	8	54572	54579	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017441	CAGA	2	8	61193	61200	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
26	NC_017441	ACAA	2	8	67837	67844	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
27	NC_017441	AAGG	2	8	67935	67942	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017441	GATA	2	8	72416	72423	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017441	TCTA	2	8	77075	77082	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
30	NC_017441	GTTT	2	8	79849	79856	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017441	ATTC	2	8	80052	80059	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
32	NC_017441	GGTT	2	8	80202	80209	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017441	GTTT	2	8	88509	88516	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017441	TTTA	2	8	88532	88539	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017441	GTTT	2	8	88544	88551	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017441	GTTT	2	8	88595	88602	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017441	AAAT	2	8	94139	94146	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017441	TATT	2	8	98164	98171	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017441	AAGA	2	8	107151	107158	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017441	CTGG	2	8	120851	120858	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
41	NC_017441	GTTT	2	8	135353	135360	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017441	ATGT	2	8	138546	138553	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017441	ATCT	2	8	152072	152079	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
44	NC_017441	GCTG	2	8	152111	152118	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
45	NC_017441	AACG	2	8	152934	152941	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
46	NC_017441	TGTT	2	8	153103	153110	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017441	CTTT	2	8	153734	153741	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
48	NC_017441	TGTT	2	8	157687	157694	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017441	AAAG	2	8	158530	158537	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017441	TTTA	2	8	158539	158546	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017441	TAAT	2	8	158656	158663	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017441	TAAT	2	8	159493	159500	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017441	GCTT	2	8	162129	162136	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
54	NC_017441	CTTC	2	8	166200	166207	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
55	NC_017441	TTAG	2	8	170608	170615	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017441	AAAC	2	8	172355	172362	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
57	NC_017441	GTAT	2	8	173537	173544	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017441	GGAA	2	8	178725	178732	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017441	TTCC	2	8	181130	181137	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_017441	AAAC	2	8	181233	181240	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_017441	AAGA	2	8	182541	182548	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017441	GATG	2	8	182753	182760	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017441	CCAG	2	8	183150	183157	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
64	NC_017441	TCGC	2	8	183412	183419	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
65	NC_017441	GTTG	2	8	184059	184066	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017441	GGAC	2	8	188338	188345	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
67	NC_017441	ATGC	2	8	193153	193160	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_017441	CTTT	2	8	193294	193301	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
69	NC_017441	ACGA	2	8	203167	203174	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_017441	GAAA	2	8	203452	203459	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017441	TAAA	2	8	204253	204260	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017441	CCTT	2	8	216589	216596	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
73	NC_017441	CTAT	2	8	220279	220286	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
74	NC_017441	GCAA	2	8	220523	220530	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_017441	AATT	2	8	221859	221866	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017441	CTTG	2	8	222208	222215	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
77	NC_017441	AAAC	2	8	225938	225945	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
78	NC_017441	AAAT	2	8	244174	244181	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017441	AAGA	2	8	244193	244200	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017441	TTTC	2	8	246794	246801	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_017441	TAAA	2	8	247628	247635	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017441	AATA	2	8	251286	251293	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017441	GAAA	2	8	252905	252912	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017441	GCAG	2	8	252954	252961	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
85	NC_017441	AGAA	2	8	252987	252994	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017441	CCAA	2	8	254870	254877	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
87	NC_017441	AAAC	2	8	255477	255484	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
88	NC_017441	TAAA	2	8	264882	264889	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017441	CAAA	2	8	267817	267824	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
90	NC_017441	TCTA	2	8	274184	274191	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
91	NC_017441	ATTT	2	8	274330	274337	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017441	GTTT	2	8	280172	280179	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017441	AAAG	2	8	280207	280214	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017441	TGCC	2	8	280695	280702	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
95	NC_017441	GGGA	2	8	284543	284550	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017441	CAAA	2	8	284588	284595	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
97	NC_017441	TAAA	2	8	285685	285692	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017441	GATA	2	8	287346	287353	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017441	AATC	2	8	292471	292478	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
100	NC_017441	ACAA	2	8	298240	298247	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
101	NC_017441	GCTT	2	8	299570	299577	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
102	NC_017441	CCCT	2	8	300137	300144	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
103	NC_017441	TAAA	2	8	302609	302616	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017441	TCCA	2	8	305768	305775	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_017441	TCCC	2	8	305970	305977	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
106	NC_017441	ATTG	2	8	307155	307162	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017441	AATA	2	8	318544	318551	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017441	TAAA	2	8	318565	318572	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017441	CAGA	2	8	318573	318580	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
110	NC_017441	AATA	2	8	318640	318647	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017441	CAAT	2	8	328269	328276	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
112	NC_017441	GCTA	2	8	328959	328966	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_017441	TTAA	2	8	334302	334309	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017441	CAGT	2	8	334648	334655	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
115	NC_017441	CAAG	2	8	340828	340835	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
116	NC_017441	GCAA	2	8	359635	359642	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_017441	TTTA	2	8	364336	364343	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017441	CAAA	2	8	364630	364637	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
119	NC_017441	TAGT	2	8	364943	364950	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017441	AGGC	2	8	366932	366939	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
121	NC_017441	TCCA	2	8	366988	366995	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
122	NC_017441	ACCA	2	8	367065	367072	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
123	NC_017441	GCAT	2	8	367529	367536	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
124	NC_017441	TGAG	2	8	367562	367569	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017441	TATG	2	8	368303	368310	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017441	GCTT	2	8	368976	368983	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
127	NC_017441	TAAA	2	8	369254	369261	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017441	AAAT	2	8	370172	370179	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017441	CCTT	2	8	370194	370201	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
130	NC_017441	ATCT	2	8	370227	370234	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
131	NC_017441	ACAA	2	8	370236	370243	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
132	NC_017441	TAAA	2	8	382010	382017	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017441	TTTA	2	8	391978	391985	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017441	GATT	2	8	392737	392744	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017441	AATT	2	8	392786	392793	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017441	TTAT	2	8	396179	396186	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017441	GCAA	2	8	396232	396239	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
138	NC_017441	TCAT	2	8	405526	405533	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
139	NC_017441	CAAA	2	8	407662	407669	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
140	NC_017441	ATGC	2	8	412198	412205	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
141	NC_017441	ATTT	2	8	417079	417086	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017441	AGAA	2	8	417089	417096	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017441	ATTA	2	8	418878	418885	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017441	ACTG	2	8	425372	425379	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
145	NC_017441	CTTT	2	8	425391	425398	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
146	NC_017441	TTCT	2	8	428936	428943	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
147	NC_017441	AACT	2	8	431168	431175	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
148	NC_017441	CAAA	2	8	431516	431523	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
149	NC_017441	ACTC	2	8	436208	436215	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
150	NC_017441	AAAC	2	8	441248	441255	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
151	NC_017441	AAAT	2	8	441390	441397	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_017441	TAAC	2	8	443956	443963	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.