MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis E/150 chromosome

Total Repeats: 102

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017439	TATTT	2	10	7034	7043	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017439	AAAGA	2	10	33081	33090	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017439	TGCAA	2	10	42315	42324	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_017439	CAAAA	2	10	42633	42642	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017439	GAAGA	2	10	47999	48008	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017439	CTATT	2	10	49578	49587	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_017439	AATTT	2	10	54151	54160	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017439	AAAAG	2	10	69064	69073	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017439	AAAAG	2	10	76757	76766	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017439	ATCAA	2	10	78455	78464	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_017439	TTTGT	2	10	85192	85201	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017439	AATAA	2	10	88191	88200	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017439	TTTAA	2	10	93727	93736	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017439	CTTTT	2	10	94262	94271	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_017439	ACAAA	2	10	97802	97811	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_017439	GCTCT	2	10	114075	114084	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_017439	TTGCA	2	10	137057	137066	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_017439	TTCTA	2	10	157315	157324	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_017439	CAAAA	2	10	161771	161780	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_017439	ACGAT	2	10	186649	186658	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_017439	CGATA	2	10	187462	187471	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017439	CTAAG	2	10	202898	202907	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_017439	ATTTC	2	10	221391	221400	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_017439	CAATA	2	10	224514	224523	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_017439	TACAA	2	10	248221	248230	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_017439	TTTCA	2	10	264337	264346	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_017439	AAAGC	2	10	299167	299176	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_017439	TGTTT	2	10	302046	302055	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017439	GCAAC	2	10	334090	334099	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
30	NC_017439	CTTGT	2	10	334150	334159	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_017439	CCTTT	2	10	334608	334617	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
32	NC_017439	AAGGC	2	10	362356	362365	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_017439	AGTAG	2	10	364546	364555	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017439	AGGGA	2	10	366883	366892	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017439	TCTCT	2	10	368098	368107	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
36	NC_017439	AACAA	2	10	368481	368490	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_017439	AAAAC	2	10	368803	368812	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_017439	AAGCG	2	10	404325	404334	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_017439	GTATA	2	10	416572	416581	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017439	AGCAA	2	10	416608	416617	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_017439	AAAAT	2	10	418457	418466	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017439	CTCTT	2	10	428521	428530	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
43	NC_017439	TAAAA	2	10	431064	431073	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017439	AGAAA	2	10	436739	436748	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017439	CTCTT	2	10	436778	436787	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
46	NC_017439	GAAGA	2	10	436788	436797	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017439	AAATT	2	10	437075	437084	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017439	AATTT	2	10	437096	437105	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017439	ATAGA	2	10	450367	450376	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017439	TAAAA	2	10	465304	465313	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017439	CAAAA	2	10	485751	485760	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_017439	AATCT	2	10	503092	503101	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_017439	TTTCT	2	10	508695	508704	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_017439	CCTTT	2	10	509704	509713	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
55	NC_017439	TAAAA	2	10	514723	514732	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017439	AGGAA	2	10	516707	516716	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017439	ATGAA	2	10	516731	516740	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017439	CAAAA	2	10	524958	524967	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_017439	TTTTC	2	10	536841	536850	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_017439	AAAAG	2	10	558095	558104	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017439	GAAAA	2	10	565279	565288	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017439	ATTTT	2	10	566716	566725	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017439	ATACT	2	10	572789	572798	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_017439	AAAGG	2	10	581745	581754	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017439	ATTAA	2	10	637293	637302	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017439	TCGTC	2	10	650190	650199	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
67	NC_017439	GCAAA	2	10	671759	671768	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_017439	TATCG	2	10	672980	672989	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
69	NC_017439	TAAAA	2	10	685814	685823	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017439	TTTAT	2	10	697769	697778	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017439	TCATG	2	10	697964	697973	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
72	NC_017439	AAAAC	2	10	702075	702084	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_017439	TTATT	2	10	714489	714498	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017439	GAAGA	2	10	737386	737395	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017439	TTTCT	2	10	746900	746909	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_017439	AGAAT	2	10	760196	760205	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017439	AGGGG	2	10	760427	760436	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017439	AAAAG	2	10	780996	781005	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017439	AGGTA	2	10	784394	784403	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017439	TCCTT	2	10	785581	785590	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
81	NC_017439	TTTCT	2	10	804997	805006	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_017439	AGAAA	2	10	813529	813538	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017439	AAGAG	2	10	825368	825377	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017439	CTTTT	2	10	859661	859670	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_017439	AGAAA	2	10	864018	864027	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017439	GAAGA	2	10	876192	876201	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017439	CTTTT	2	10	881712	881721	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_017439	TAGAA	2	10	890182	890191	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017439	CTTTT	2	10	906217	906226	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_017439	AGAGC	2	10	909249	909258	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
91	NC_017439	TCGTT	2	10	937344	937353	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
92	NC_017439	TTCTT	2	10	940300	940309	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_017439	CTTCA	2	10	962185	962194	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
94	NC_017439	CTAGT	2	10	969042	969051	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
95	NC_017439	TAAAA	2	10	985037	985046	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017439	ATAAA	2	10	985068	985077	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017439	CGGGG	2	10	1006478	1006487	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
98	NC_017439	TATTT	2	10	1008636	1008645	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017439	CAAGC	2	10	1014945	1014954	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
100	NC_017439	TAGAA	2	10	1020064	1020073	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017439	TTTTC	2	10	1038420	1038429	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_017439	TTTTA	2	10	1042369	1042378	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.