MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis D-EC chromosome

Total Repeats: 39

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017434	GAAGGA	2	12	760	771	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017434	TATGGA	2	12	813	824	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017434	CAAAAA	2	12	6252	6263	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_017434	AAAAAT	2	12	60814	60825	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017434	ATCTAG	2	12	76543	76554	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_017434	TTTTAG	2	12	115814	115825	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017434	TAAAAA	2	12	120411	120422	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017434	AGAAAA	2	12	182035	182046	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017434	TATGAA	2	12	194848	194859	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017434	TTTTAC	2	12	220862	220873	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_017434	AACCCT	2	12	254579	254590	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
12	NC_017434	ATTTTT	2	12	255374	255385	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017434	AGGAGA	2	12	270476	270487	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017434	ATATTA	2	12	279374	279385	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017434	AAAAAG	2	12	323534	323545	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017434	AGAATA	2	12	361009	361020	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017434	CCAATC	2	12	488279	488290	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
18	NC_017434	TAACTA	2	12	502584	502595	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_017434	AAGAAA	2	12	502597	502608	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017434	AGAATA	2	12	508572	508583	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017434	AACTAA	2	12	514305	514316	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_017434	AAATAA	2	12	530822	530833	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017434	AAAAAT	2	12	566292	566303	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017434	TAGGGG	2	12	605459	605470	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017434	TTATTT	2	12	648663	648674	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017434	TCTGCA	2	12	745119	745130	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_017434	TATTTT	2	12	754595	754606	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017434	GAGAAA	2	12	802043	802054	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017434	TTTTCT	2	12	804501	804512	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_017434	ATTTTT	2	12	808280	808291	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017434	TTTTTA	2	12	834718	834729	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017434	TAAGGA	2	12	855681	855692	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017434	CCGGAG	2	12	856599	856610	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_017434	CCTCTA	2	12	869744	869755	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
35	NC_017434	TAAGGA	2	12	877726	877737	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017434	CCGGAG	2	12	878644	878655	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_017434	AAACAA	2	12	922761	922772	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_017434	ATTTTT	2	12	1038256	1038267	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017434	TAAAAT	2	12	1041879	1041890	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.