MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis D-EC chromosome

Total Repeats: 337

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017434	AATG	2	8	466	473	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017434	CTAT	2	8	800	807	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_017434	AAGG	2	8	1309	1316	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017434	GGAG	2	8	6306	6313	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017434	TATG	2	8	6955	6962	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017434	ATTT	2	8	7096	7103	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017434	TTTG	2	8	7188	7195	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017434	TATT	2	8	9310	9317	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017434	AGAA	2	8	11202	11209	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017434	AAGG	2	8	13438	13445	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017434	CAAA	2	8	16072	16079	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
12	NC_017434	CGCT	2	8	21268	21275	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
13	NC_017434	TTAA	2	8	21289	21296	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017434	GTTA	2	8	21326	21333	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017434	GATC	2	8	21381	21388	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
16	NC_017434	ATTG	2	8	27938	27945	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017434	TGTT	2	8	43817	43824	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017434	AATA	2	8	44056	44063	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017434	GTTT	2	8	54040	54047	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017434	TGTT	2	8	54048	54055	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017434	TAAT	2	8	54092	54099	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017434	CAGA	2	8	60637	60644	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_017434	AAGG	2	8	67385	67392	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017434	GATA	2	8	71866	71873	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017434	TCTA	2	8	76525	76532	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
26	NC_017434	GTTT	2	8	79300	79307	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017434	ATTC	2	8	79503	79510	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
28	NC_017434	GGTT	2	8	79653	79660	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017434	ACTT	2	8	87325	87332	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
30	NC_017434	GTTT	2	8	87958	87965	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017434	TTTA	2	8	87981	87988	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017434	GTTT	2	8	87993	88000	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017434	GTTT	2	8	88044	88051	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017434	AACA	2	8	88057	88064	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_017434	AAAT	2	8	93589	93596	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017434	TATT	2	8	97619	97626	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017434	AAGA	2	8	106606	106613	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017434	CTGG	2	8	120307	120314	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
39	NC_017434	GTTT	2	8	134805	134812	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017434	TACA	2	8	144259	144266	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
41	NC_017434	ATCT	2	8	151524	151531	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
42	NC_017434	GCTG	2	8	151563	151570	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
43	NC_017434	TGTT	2	8	157140	157147	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017434	AAAG	2	8	157983	157990	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017434	TTTA	2	8	157992	157999	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017434	TAAT	2	8	158109	158116	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017434	TAAT	2	8	158945	158952	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017434	GCTT	2	8	161581	161588	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
49	NC_017434	CTTC	2	8	165652	165659	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
50	NC_017434	TTAG	2	8	170060	170067	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017434	AAAC	2	8	171807	171814	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
52	NC_017434	GTAT	2	8	172989	172996	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017434	TTCC	2	8	180582	180589	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
54	NC_017434	AAAC	2	8	180685	180692	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_017434	AAGA	2	8	181993	182000	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017434	GGAC	2	8	187790	187797	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
57	NC_017434	ATGC	2	8	192605	192612	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
58	NC_017434	CTTT	2	8	192746	192753	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
59	NC_017434	ATTT	2	8	196195	196202	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017434	ACGA	2	8	202313	202320	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
61	NC_017434	GAAA	2	8	202599	202606	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017434	CCTT	2	8	215733	215740	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
63	NC_017434	CTAT	2	8	219460	219467	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
64	NC_017434	GCAA	2	8	219703	219710	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
65	NC_017434	CTTG	2	8	221387	221394	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
66	NC_017434	AAAC	2	8	225117	225124	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
67	NC_017434	TCCT	2	8	227742	227749	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
68	NC_017434	AAAT	2	8	243357	243364	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017434	AAGA	2	8	243376	243383	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017434	TAAA	2	8	246811	246818	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017434	AATA	2	8	250470	250477	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017434	GAAA	2	8	252090	252097	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017434	GCAG	2	8	252139	252146	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
74	NC_017434	AGAA	2	8	252172	252179	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017434	CCAA	2	8	254055	254062	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
76	NC_017434	AAAC	2	8	254653	254660	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_017434	TAAA	2	8	264061	264068	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017434	ATTT	2	8	273509	273516	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017434	GTTT	2	8	279351	279358	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017434	AAAG	2	8	279386	279393	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017434	TGCC	2	8	279874	279881	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
82	NC_017434	GGGA	2	8	283722	283729	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017434	TAAA	2	8	284864	284871	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017434	GATA	2	8	286525	286532	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017434	AATC	2	8	291650	291657	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
86	NC_017434	ACAA	2	8	297421	297428	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
87	NC_017434	CCCT	2	8	299318	299325	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
88	NC_017434	ACTA	2	8	301567	301574	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
89	NC_017434	TAAA	2	8	301790	301797	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017434	TCCA	2	8	304949	304956	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_017434	TCCC	2	8	305151	305158	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
92	NC_017434	AATA	2	8	317712	317719	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017434	TAAA	2	8	317733	317740	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017434	CAGA	2	8	317741	317748	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
95	NC_017434	AATA	2	8	317808	317815	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017434	CAAT	2	8	327414	327421	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
97	NC_017434	GCTA	2	8	328104	328111	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
98	NC_017434	TTAA	2	8	333447	333454	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017434	CAAG	2	8	339979	339986	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
100	NC_017434	TTTA	2	8	363486	363493	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017434	CAAA	2	8	363780	363787	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
102	NC_017434	TAGT	2	8	364090	364097	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017434	TATG	2	8	367364	367371	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017434	GCTT	2	8	368038	368045	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_017434	TAAA	2	8	368316	368323	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017434	AAAT	2	8	369235	369242	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017434	CCTT	2	8	369257	369264	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
108	NC_017434	ATCT	2	8	369290	369297	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
109	NC_017434	CAAC	2	8	371789	371796	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
110	NC_017434	TAAA	2	8	381069	381076	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017434	TTTA	2	8	391036	391043	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017434	GATT	2	8	391795	391802	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017434	AATT	2	8	391844	391851	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017434	ATAA	2	8	391904	391911	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017434	TTAT	2	8	395237	395244	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017434	GCAA	2	8	395290	395297	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_017434	TCAT	2	8	404575	404582	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
118	NC_017434	CAAA	2	8	406711	406718	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
119	NC_017434	CTTG	2	8	409645	409652	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
120	NC_017434	ATGC	2	8	411249	411256	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
121	NC_017434	ATTT	2	8	416130	416137	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017434	AGAA	2	8	416140	416147	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017434	ATTA	2	8	417929	417936	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017434	TTCT	2	8	427987	427994	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
125	NC_017434	AACT	2	8	430219	430226	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
126	NC_017434	CAAA	2	8	430567	430574	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
127	NC_017434	AAAT	2	8	440432	440439	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017434	TAAC	2	8	442998	443005	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
129	NC_017434	AATT	2	8	447862	447869	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017434	AAAC	2	8	447875	447882	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
131	NC_017434	CTTC	2	8	448017	448024	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
132	NC_017434	TCTT	2	8	453682	453689	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
133	NC_017434	TAAT	2	8	453695	453702	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017434	GCAA	2	8	457349	457356	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
135	NC_017434	CTTT	2	8	464898	464905	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_017434	TTCT	2	8	466339	466346	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_017434	CAAA	2	8	466364	466371	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_017434	AGAA	2	8	485388	485395	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017434	GATC	2	8	488108	488115	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
140	NC_017434	GACA	2	8	488621	488628	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
141	NC_017434	AACA	2	8	488985	488992	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
142	NC_017434	TAAA	2	8	489048	489055	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017434	AAGT	2	8	491437	491444	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017434	ATTT	2	8	502576	502583	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017434	TATT	2	8	503492	503499	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017434	TTTG	2	8	508586	508593	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017434	TAAT	2	8	508700	508707	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017434	TAGT	2	8	513712	513719	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017434	ACTA	2	8	513738	513745	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
150	NC_017434	CAAA	2	8	514223	514230	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
151	NC_017434	ACAA	2	8	514274	514281	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
152	NC_017434	AATA	2	8	514297	514304	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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332	NC_017434	TAAT	2	8	1031787	1031794	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
333	NC_017434	CAAA	2	8	1038102	1038109	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.