MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis G/9301 chromosome

Total Repeats: 104

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017432	TATTT	2	10	7034	7043	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017432	AAAGA	2	10	33092	33101	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017432	GAAGA	2	10	48011	48020	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017432	CTATT	2	10	49590	49599	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017432	AATTT	2	10	54008	54017	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017432	AAAAG	2	10	68967	68976	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017432	CTTGC	2	10	71910	71919	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_017432	AAAAG	2	10	76660	76669	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017432	ATCAA	2	10	78358	78367	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_017432	TTTGT	2	10	85095	85104	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017432	AATAA	2	10	88094	88103	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017432	CTTTT	2	10	94166	94175	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_017432	ACAAA	2	10	97711	97720	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_017432	GCTCT	2	10	113984	113993	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_017432	TTGCA	2	10	136963	136972	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_017432	AAAAG	2	10	141433	141442	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017432	TTCTA	2	10	157216	157225	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_017432	CAAAA	2	10	161673	161682	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_017432	GGAAT	2	10	179359	179368	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017432	AGAAA	2	10	182471	182480	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017432	CGATA	2	10	187842	187851	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017432	CTAAG	2	10	202972	202981	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_017432	ATTTC	2	10	221497	221506	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_017432	CAATA	2	10	224620	224629	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_017432	TACAA	2	10	248332	248341	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_017432	TTTCA	2	10	264452	264461	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_017432	AAAGC	2	10	299288	299297	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_017432	TGTTT	2	10	302167	302176	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017432	GCAAC	2	10	334174	334183	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
30	NC_017432	CTTGT	2	10	334234	334243	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_017432	CCTTT	2	10	334689	334698	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
32	NC_017432	AAGGC	2	10	362444	362453	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_017432	GCTTC	2	10	364554	364563	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
34	NC_017432	AGTAG	2	10	364631	364640	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017432	TCTCT	2	10	368207	368216	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
36	NC_017432	AACAA	2	10	368590	368599	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_017432	AAAAC	2	10	368912	368921	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_017432	AAGCG	2	10	404422	404431	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_017432	GTATA	2	10	416671	416680	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017432	AGCAA	2	10	416707	416716	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_017432	AAAAT	2	10	418556	418565	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017432	CTCTT	2	10	428620	428629	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
43	NC_017432	TAAAA	2	10	431163	431172	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017432	AGAAA	2	10	436837	436846	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017432	CTCTT	2	10	436876	436885	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
46	NC_017432	GAAGA	2	10	436886	436895	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017432	AAATT	2	10	437165	437174	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017432	AATTT	2	10	437186	437195	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017432	ATAGA	2	10	450461	450470	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017432	TAAAA	2	10	465398	465407	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017432	CAAAA	2	10	485799	485808	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_017432	AATCT	2	10	503141	503150	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_017432	TTTCT	2	10	508741	508750	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_017432	CCTTT	2	10	509750	509759	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
55	NC_017432	TAAAA	2	10	514765	514774	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017432	AGGAA	2	10	516749	516758	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017432	ATGAA	2	10	516773	516782	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017432	TTGGA	2	10	524214	524223	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017432	CAAAA	2	10	524980	524989	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_017432	TTTTC	2	10	536657	536666	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_017432	AAAAG	2	10	557911	557920	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017432	GAAAA	2	10	565094	565103	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017432	ATTTT	2	10	566532	566541	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017432	ATACT	2	10	572604	572613	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_017432	AAAGG	2	10	581559	581568	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017432	CTTCT	2	10	622998	623007	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
67	NC_017432	TTTCC	2	10	629178	629187	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
68	NC_017432	ATTAA	2	10	637130	637139	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017432	TCGTC	2	10	650028	650037	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
70	NC_017432	TAAAA	2	10	685658	685667	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017432	TTTAT	2	10	697611	697620	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017432	TCATG	2	10	697806	697815	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_017432	AAAAC	2	10	701924	701933	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_017432	GAAAA	2	10	707273	707282	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017432	TTATT	2	10	714332	714341	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017432	GAAGA	2	10	737226	737235	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017432	AGAAT	2	10	760034	760043	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017432	AGGGG	2	10	760265	760274	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017432	AAAAG	2	10	780839	780848	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017432	AGGTA	2	10	784238	784247	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017432	TCCTT	2	10	785421	785430	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
82	NC_017432	AAAAC	2	10	796617	796626	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_017432	TTTCT	2	10	804838	804847	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_017432	AGAAA	2	10	813370	813379	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017432	CTTTT	2	10	859461	859470	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_017432	AGAAA	2	10	863813	863822	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017432	GAAGA	2	10	875987	875996	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017432	CTTTT	2	10	881507	881516	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_017432	TAGAA	2	10	889977	889986	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017432	CTTTT	2	10	906017	906026	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_017432	TTTTA	2	10	906762	906771	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017432	AGAGC	2	10	909050	909059	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
93	NC_017432	AAGAG	2	10	928724	928733	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017432	GCTAG	2	10	928750	928759	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
95	NC_017432	TCGTT	2	10	937145	937154	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_017432	TTCTT	2	10	940102	940111	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_017432	CTTCA	2	10	961989	961998	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
98	NC_017432	CTAGT	2	10	968846	968855	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
99	NC_017432	TAAAA	2	10	984839	984848	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017432	CGGGG	2	10	1006279	1006288	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
101	NC_017432	TATTT	2	10	1008438	1008447	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017432	TAGAA	2	10	1019866	1019875	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017432	TTTTC	2	10	1038234	1038243	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_017432	TTTTA	2	10	1042184	1042193	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.