MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis G/9301 chromosome

Total Repeats: 341

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017432	AATG	2	8	466	473	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017432	CTAT	2	8	800	807	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_017432	AAGG	2	8	1309	1316	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017432	GGAG	2	8	6306	6313	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017432	TATG	2	8	6955	6962	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017432	ATTT	2	8	7096	7103	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017432	TTTG	2	8	7188	7195	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017432	TATT	2	8	9310	9317	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017432	AGAA	2	8	11202	11209	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017432	AAGG	2	8	13438	13445	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017432	CAAA	2	8	16072	16079	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
12	NC_017432	TGCG	2	8	18526	18533	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
13	NC_017432	CGCT	2	8	21268	21275	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
14	NC_017432	TTAA	2	8	21289	21296	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017432	GTTA	2	8	21326	21333	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017432	GATC	2	8	21381	21388	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
17	NC_017432	ATTG	2	8	27938	27945	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017432	TGTT	2	8	43817	43824	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017432	AATA	2	8	44056	44063	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017432	AAGT	2	8	47978	47985	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017432	TATT	2	8	52132	52139	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017432	GTTT	2	8	53992	53999	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017432	TGTT	2	8	54000	54007	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017432	TAAT	2	8	54044	54051	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017432	AGCT	2	8	56427	56434	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
26	NC_017432	GTTG	2	8	57197	57204	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017432	AGAA	2	8	58057	58064	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017432	AGGT	2	8	58097	58104	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017432	TAGA	2	8	58776	58783	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017432	TGAA	2	8	58881	58888	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017432	CAGA	2	8	60705	60712	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
32	NC_017432	ACAA	2	8	67355	67362	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
33	NC_017432	AAGG	2	8	67453	67460	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017432	GATA	2	8	71934	71941	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017432	TCTA	2	8	76593	76600	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
36	NC_017432	GTTT	2	8	79368	79375	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017432	ATTC	2	8	79571	79578	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
38	NC_017432	GGTT	2	8	79721	79728	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017432	GTTT	2	8	88027	88034	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017432	TTTA	2	8	88050	88057	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017432	GTTT	2	8	88062	88069	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017432	GTTT	2	8	88113	88120	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017432	AACA	2	8	88126	88133	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
44	NC_017432	GAAT	2	8	90380	90387	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017432	AAGT	2	8	90412	90419	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017432	AAAT	2	8	93658	93665	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017432	CATT	2	8	94305	94312	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
48	NC_017432	TATT	2	8	97688	97695	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017432	AAGA	2	8	106675	106682	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017432	CTGG	2	8	120375	120382	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
51	NC_017432	GTTT	2	8	134874	134881	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017432	ATCT	2	8	151591	151598	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
53	NC_017432	GCTG	2	8	151630	151637	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
54	NC_017432	TGTT	2	8	157203	157210	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017432	AAAG	2	8	158046	158053	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017432	TTTA	2	8	158055	158062	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017432	TAAT	2	8	158172	158179	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017432	TAAT	2	8	159007	159014	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017432	GCTT	2	8	161643	161650	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
60	NC_017432	CTTC	2	8	165714	165721	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
61	NC_017432	TTAG	2	8	170122	170129	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017432	AAAC	2	8	171869	171876	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
63	NC_017432	GTAT	2	8	173051	173058	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017432	GGAA	2	8	178239	178246	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017432	GCTG	2	8	178406	178413	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
66	NC_017432	TTTC	2	8	178699	178706	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
67	NC_017432	TTGA	2	8	179433	179440	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017432	TTCC	2	8	181081	181088	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
69	NC_017432	AAAC	2	8	181184	181191	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
70	NC_017432	AAGA	2	8	182492	182499	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017432	AAAC	2	8	187924	187931	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
72	NC_017432	GGAC	2	8	188283	188290	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
73	NC_017432	ATTT	2	8	196688	196695	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017432	ACGA	2	8	202806	202813	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_017432	GAAA	2	8	203092	203099	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017432	CCTT	2	8	216226	216233	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_017432	CTAT	2	8	219952	219959	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
78	NC_017432	GCAA	2	8	220195	220202	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
79	NC_017432	AATT	2	8	221530	221537	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017432	CTTG	2	8	221879	221886	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
81	NC_017432	AAAC	2	8	225609	225616	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
82	NC_017432	TCCT	2	8	228234	228241	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
83	NC_017432	AAAT	2	8	243849	243856	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017432	AAGA	2	8	243868	243875	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017432	TTTC	2	8	246469	246476	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
86	NC_017432	TAAA	2	8	247303	247310	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017432	AATA	2	8	250962	250969	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017432	GAAA	2	8	252582	252589	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017432	GCAG	2	8	252631	252638	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
90	NC_017432	AGAA	2	8	252664	252671	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017432	CCAA	2	8	254547	254554	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
92	NC_017432	AAAC	2	8	255154	255161	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
93	NC_017432	TAAA	2	8	264562	264569	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017432	CAAA	2	8	267497	267504	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_017432	ATTT	2	8	274010	274017	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017432	GTTT	2	8	279852	279859	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017432	AAAG	2	8	279887	279894	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017432	TGCC	2	8	280375	280382	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
99	NC_017432	GGGA	2	8	284223	284230	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017432	TAAA	2	8	285365	285372	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017432	GATA	2	8	287026	287033	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017432	AATC	2	8	292151	292158	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
103	NC_017432	ACAA	2	8	297925	297932	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
104	NC_017432	GCTT	2	8	299255	299262	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_017432	CCCT	2	8	299822	299829	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
106	NC_017432	ACTA	2	8	302071	302078	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
107	NC_017432	TAAA	2	8	302294	302301	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017432	TCCA	2	8	305453	305460	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
109	NC_017432	TCCC	2	8	305655	305662	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
110	NC_017432	ATTG	2	8	306840	306847	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017432	AATA	2	8	318216	318223	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017432	TAAA	2	8	318237	318244	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017432	CAGA	2	8	318245	318252	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
114	NC_017432	AATA	2	8	318312	318319	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017432	CAAT	2	8	327917	327924	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
116	NC_017432	GCTA	2	8	328607	328614	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_017432	TTAA	2	8	333950	333957	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017432	CAGT	2	8	334295	334302	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
119	NC_017432	TTGT	2	8	334433	334440	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017432	CAAG	2	8	340481	340488	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
121	NC_017432	TTTA	2	8	363988	363995	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017432	CAAA	2	8	364282	364289	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
123	NC_017432	TAGT	2	8	364592	364599	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017432	TATG	2	8	367977	367984	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017432	GCTT	2	8	368649	368656	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
126	NC_017432	TAAA	2	8	368927	368934	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017432	AAAT	2	8	369847	369854	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017432	CCTT	2	8	369869	369876	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
129	NC_017432	ATCT	2	8	369902	369909	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
130	NC_017432	TAAA	2	8	381681	381688	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017432	TTTA	2	8	391648	391655	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017432	GATT	2	8	392407	392414	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017432	AATT	2	8	392456	392463	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017432	ATAA	2	8	392516	392523	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017432	TTAT	2	8	395849	395856	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017432	GCAA	2	8	395902	395909	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
137	NC_017432	TCAT	2	8	405187	405194	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_017432	CAAA	2	8	407323	407330	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
139	NC_017432	ATTT	2	8	416742	416749	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017432	AGAA	2	8	416752	416759	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017432	ATTA	2	8	418541	418548	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017432	ACTG	2	8	425035	425042	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
143	NC_017432	CTTT	2	8	425054	425061	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
144	NC_017432	TTCT	2	8	428599	428606	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_017432	AACT	2	8	430831	430838	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
146	NC_017432	CAAA	2	8	431179	431186	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
147	NC_017432	ACTC	2	8	435870	435877	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
148	NC_017432	AAAC	2	8	440902	440909	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
149	NC_017432	AAAT	2	8	441044	441051	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017432	TAAC	2	8	443610	443617	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
151	NC_017432	AATT	2	8	448474	448481	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_017432	AAAC	2	8	448487	448494	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
153	NC_017432	CTTC	2	8	448629	448636	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
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336	NC_017432	CAAA	2	8	1038389	1038396	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
337	NC_017432	TATT	2	8	1042136	1042143	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
338	NC_017432	GGTT	2	8	1042200	1042207	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
339	NC_017432	GGAT	2	8	1042268	1042275	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
340	NC_017432	AGTG	2	8	1042758	1042765	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
341	NC_017432	TGGC	2	8	1042792	1042799	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.