MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis E/11023 chromosome

Total Repeats: 100

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017431	TATTT	2	10	7032	7041	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017431	AAAGA	2	10	33093	33102	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017431	TGCAA	2	10	42328	42337	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_017431	CAAAA	2	10	42646	42655	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017431	GAAGA	2	10	48012	48021	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017431	CTATT	2	10	49597	49606	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_017431	AATTT	2	10	54170	54179	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017431	AAAAG	2	10	69074	69083	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017431	AAAAG	2	10	76767	76776	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017431	ATCAA	2	10	78465	78474	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_017431	TTTGT	2	10	85202	85211	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017431	AATAA	2	10	88201	88210	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017431	TTTAA	2	10	93737	93746	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017431	CTTTT	2	10	94272	94281	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_017431	ACAAA	2	10	97812	97821	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_017431	GCTCT	2	10	114097	114106	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_017431	TTGCA	2	10	137079	137088	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_017431	TTCTA	2	10	157337	157346	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_017431	CAAAA	2	10	161793	161802	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_017431	CGATA	2	10	187483	187492	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_017431	CTAAG	2	10	202919	202928	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017431	ATTTC	2	10	221410	221419	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_017431	CAATA	2	10	224533	224542	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_017431	TACAA	2	10	248245	248254	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_017431	TTTCA	2	10	264353	264362	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_017431	AAAGC	2	10	299182	299191	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_017431	TGTTT	2	10	302061	302070	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017431	GCAAC	2	10	334105	334114	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
29	NC_017431	CTTGT	2	10	334165	334174	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_017431	CCTTT	2	10	334623	334632	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
31	NC_017431	AAGGC	2	10	362371	362380	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
32	NC_017431	AGTAG	2	10	364561	364570	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017431	AGGGA	2	10	366898	366907	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017431	TCTCT	2	10	368114	368123	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
35	NC_017431	AACAA	2	10	368497	368506	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_017431	AAAAC	2	10	368819	368828	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_017431	AAGCG	2	10	404341	404350	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
38	NC_017431	GTATA	2	10	416588	416597	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017431	AGCAA	2	10	416624	416633	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_017431	AAAAT	2	10	418473	418482	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017431	CTCTT	2	10	428537	428546	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
42	NC_017431	TAAAA	2	10	431080	431089	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017431	AGAAA	2	10	436755	436764	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017431	CTCTT	2	10	436794	436803	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
45	NC_017431	GAAGA	2	10	436804	436813	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017431	AAATT	2	10	437091	437100	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017431	AATTT	2	10	437112	437121	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017431	ATAGA	2	10	450383	450392	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017431	TAAAA	2	10	465320	465329	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017431	CAAAA	2	10	485767	485776	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_017431	AATCT	2	10	503108	503117	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_017431	TTTCT	2	10	508711	508720	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_017431	CCTTT	2	10	509720	509729	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
54	NC_017431	TAAAA	2	10	514740	514749	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017431	AGGAA	2	10	516724	516733	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017431	ATGAA	2	10	516748	516757	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017431	CAAAA	2	10	524975	524984	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_017431	TTTTC	2	10	536857	536866	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_017431	AAAAG	2	10	558111	558120	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017431	GAAAA	2	10	565295	565304	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017431	ATTTT	2	10	566732	566741	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017431	ATACT	2	10	572805	572814	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_017431	AAAGG	2	10	581761	581770	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017431	ATTAA	2	10	637309	637318	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017431	TCGTC	2	10	650206	650215	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
66	NC_017431	GCAAA	2	10	671775	671784	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
67	NC_017431	TATCG	2	10	672996	673005	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_017431	TAAAA	2	10	685830	685839	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017431	TTTAT	2	10	697785	697794	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017431	TCATG	2	10	697980	697989	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_017431	AAAAC	2	10	702091	702100	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_017431	TTATT	2	10	714505	714514	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017431	GAAGA	2	10	737405	737414	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017431	TTTCT	2	10	746919	746928	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_017431	AGAAT	2	10	760215	760224	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017431	AGGGG	2	10	760446	760455	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017431	AAAAG	2	10	781015	781024	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017431	AGGTA	2	10	784413	784422	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017431	TCCTT	2	10	785596	785605	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
80	NC_017431	TTTCT	2	10	805012	805021	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_017431	AGAAA	2	10	813544	813553	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017431	AAGAG	2	10	825383	825392	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017431	CTTTT	2	10	859676	859685	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_017431	AGAAA	2	10	864033	864042	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017431	GAAGA	2	10	876207	876216	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017431	CTTTT	2	10	881727	881736	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_017431	TAGAA	2	10	890197	890206	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017431	CTTTT	2	10	906232	906241	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_017431	AGAGC	2	10	909264	909273	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
90	NC_017431	TCGTT	2	10	937360	937369	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
91	NC_017431	TTCTT	2	10	940316	940325	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_017431	CTTCA	2	10	962202	962211	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
93	NC_017431	CTAGT	2	10	969059	969068	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
94	NC_017431	TAAAA	2	10	985054	985063	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017431	ATAAA	2	10	985085	985094	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017431	CGGGG	2	10	1006495	1006504	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
97	NC_017431	TATTT	2	10	1008653	1008662	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017431	CAAGC	2	10	1014962	1014971	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
99	NC_017431	TAGAA	2	10	1020081	1020090	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017431	TTTTA	2	10	1042398	1042407	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.