MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis E/11023 chromosome

Total Repeats: 353

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017431	AATG	2	8	466	473	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017431	CTAT	2	8	800	807	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_017431	AAGG	2	8	1309	1316	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017431	GGAG	2	8	6304	6311	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017431	TATG	2	8	6953	6960	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017431	TATT	2	8	9309	9316	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017431	AGAA	2	8	11203	11210	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017431	AAGG	2	8	13439	13446	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017431	CAAA	2	8	16073	16080	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_017431	TGCG	2	8	18527	18534	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
11	NC_017431	GCCA	2	8	21021	21028	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
12	NC_017431	CGCT	2	8	21269	21276	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
13	NC_017431	TTAA	2	8	21290	21297	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017431	GTTA	2	8	21327	21334	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017431	GATC	2	8	21382	21389	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
16	NC_017431	ATTG	2	8	27939	27946	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017431	TGTT	2	8	43817	43824	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017431	AATA	2	8	44056	44063	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017431	AAGT	2	8	47979	47986	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017431	TATT	2	8	52294	52301	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017431	GTTT	2	8	54154	54161	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017431	TGTT	2	8	54162	54169	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017431	TAAT	2	8	54206	54213	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017431	AGCT	2	8	56607	56614	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
25	NC_017431	GTTG	2	8	57311	57318	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017431	GGAA	2	8	58762	58769	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017431	TAGA	2	8	58887	58894	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017431	TGAA	2	8	58992	58999	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017431	CAGA	2	8	60818	60825	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
30	NC_017431	ACAA	2	8	67462	67469	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
31	NC_017431	AAGG	2	8	67560	67567	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017431	TCTA	2	8	76700	76707	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
33	NC_017431	GTTT	2	8	79474	79481	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017431	ATTC	2	8	79677	79684	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_017431	GGTT	2	8	79827	79834	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017431	GTTT	2	8	88134	88141	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017431	TTTA	2	8	88157	88164	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017431	GTTT	2	8	88169	88176	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017431	GTTT	2	8	88220	88227	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017431	GAAT	2	8	90487	90494	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017431	AAGT	2	8	90519	90526	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017431	AAAT	2	8	93764	93771	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017431	TATT	2	8	97789	97796	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017431	AAGA	2	8	106776	106783	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017431	CTGG	2	8	120489	120496	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
46	NC_017431	GTTT	2	8	134990	134997	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017431	ATCT	2	8	151709	151716	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
48	NC_017431	GCTG	2	8	151748	151755	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
49	NC_017431	TGTT	2	8	157324	157331	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017431	AAAG	2	8	158166	158173	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017431	TTTA	2	8	158175	158182	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017431	TAAT	2	8	158292	158299	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017431	TAAT	2	8	159127	159134	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017431	GCTT	2	8	161763	161770	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
55	NC_017431	CTTC	2	8	165834	165841	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
56	NC_017431	TTAG	2	8	170243	170250	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017431	AAAC	2	8	171990	171997	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
58	NC_017431	GTAT	2	8	173172	173179	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017431	GGAA	2	8	178360	178367	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017431	TTGA	2	8	179554	179561	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017431	TTCC	2	8	180772	180779	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
62	NC_017431	AAAC	2	8	180875	180882	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
63	NC_017431	AAAG	2	8	182150	182157	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017431	AAGA	2	8	182168	182175	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017431	AAAG	2	8	182348	182355	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017431	TCGC	2	8	183040	183047	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
67	NC_017431	GTTG	2	8	183645	183652	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017431	AAAC	2	8	187565	187572	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
69	NC_017431	GGAC	2	8	187924	187931	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
70	NC_017431	ACGA	2	8	202753	202760	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
71	NC_017431	GAAA	2	8	203038	203045	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017431	TAAA	2	8	203839	203846	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017431	CCTT	2	8	216175	216182	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_017431	CTAT	2	8	219865	219872	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
75	NC_017431	GCAA	2	8	220109	220116	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
76	NC_017431	AATT	2	8	221443	221450	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017431	CTTG	2	8	221792	221799	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
78	NC_017431	AAAC	2	8	225522	225529	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
79	NC_017431	TCCT	2	8	228147	228154	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
80	NC_017431	AAAT	2	8	243762	243769	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017431	AAGA	2	8	243781	243788	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017431	TTTC	2	8	246382	246389	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_017431	TAAA	2	8	247216	247223	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017431	AATA	2	8	250875	250882	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017431	GAAA	2	8	252495	252502	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017431	GCAG	2	8	252544	252551	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
87	NC_017431	AGAA	2	8	252577	252584	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017431	CCAA	2	8	254460	254467	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
89	NC_017431	AAAC	2	8	255058	255065	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
90	NC_017431	TAAA	2	8	264463	264470	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017431	CAAA	2	8	267398	267405	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
92	NC_017431	TCTA	2	8	273765	273772	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
93	NC_017431	ATTT	2	8	273911	273918	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017431	GTTT	2	8	279753	279760	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017431	AAAG	2	8	279788	279795	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017431	TGCC	2	8	280276	280283	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
97	NC_017431	GGGA	2	8	284124	284131	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017431	CAAA	2	8	284169	284176	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
99	NC_017431	TAAA	2	8	285266	285273	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017431	GATA	2	8	286927	286934	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017431	AATC	2	8	292052	292059	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
102	NC_017431	ACAA	2	8	297819	297826	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
103	NC_017431	GCTT	2	8	299149	299156	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
104	NC_017431	CCCT	2	8	299716	299723	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
105	NC_017431	TAAA	2	8	302188	302195	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017431	TCCA	2	8	305347	305354	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
107	NC_017431	TCCC	2	8	305549	305556	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
108	NC_017431	ATTG	2	8	306734	306741	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017431	AATA	2	8	318123	318130	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017431	TAAA	2	8	318144	318151	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017431	CAGA	2	8	318152	318159	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
112	NC_017431	AATA	2	8	318219	318226	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017431	CAAT	2	8	327848	327855	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
114	NC_017431	GCTA	2	8	328538	328545	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
115	NC_017431	TTAA	2	8	333881	333888	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017431	CAGT	2	8	334227	334234	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_017431	TTGT	2	8	334367	334374	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017431	CAAG	2	8	340407	340414	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
119	NC_017431	GCAA	2	8	359214	359221	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
120	NC_017431	TTTA	2	8	363915	363922	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017431	CAAA	2	8	364209	364216	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
122	NC_017431	TAGT	2	8	364522	364529	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017431	AGGC	2	8	366511	366518	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
124	NC_017431	TCCA	2	8	366567	366574	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
125	NC_017431	ACCA	2	8	366644	366651	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
126	NC_017431	GCAT	2	8	367108	367115	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
127	NC_017431	TGAG	2	8	367141	367148	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017431	GCTT	2	8	368556	368563	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
129	NC_017431	TAAA	2	8	368834	368841	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017431	AAAT	2	8	369752	369759	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017431	CCTT	2	8	369774	369781	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
132	NC_017431	ATCT	2	8	369807	369814	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
133	NC_017431	ACAA	2	8	369816	369823	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
134	NC_017431	TAAA	2	8	381590	381597	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017431	TTTA	2	8	391558	391565	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017431	GATT	2	8	392317	392324	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017431	AATT	2	8	392366	392373	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017431	TTAT	2	8	395759	395766	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017431	GCAA	2	8	395812	395819	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
140	NC_017431	TCAT	2	8	405106	405113	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
141	NC_017431	CAAA	2	8	407242	407249	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
142	NC_017431	ATTT	2	8	416659	416666	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017431	AGAA	2	8	416669	416676	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017431	ATTA	2	8	418458	418465	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017431	ACTG	2	8	424952	424959	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
146	NC_017431	CTTT	2	8	424971	424978	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
147	NC_017431	TTCT	2	8	428516	428523	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
148	NC_017431	AACT	2	8	430748	430755	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
149	NC_017431	CAAA	2	8	431096	431103	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
150	NC_017431	ACTC	2	8	435788	435795	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
151	NC_017431	AAAC	2	8	440828	440835	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
152	NC_017431	AAAT	2	8	440970	440977	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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348	NC_017431	CTTT	2	8	1038619	1038626	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
349	NC_017431	TATT	2	8	1042350	1042357	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.