MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis G/9768 chromosome

Total Repeats: 105

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017429	TATTT	2	10	7034	7043	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017429	AAAGA	2	10	33092	33101	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017429	GAAGA	2	10	48011	48020	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017429	CTATT	2	10	49590	49599	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017429	AATTT	2	10	54008	54017	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017429	AAAAG	2	10	68967	68976	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017429	CTTGC	2	10	71910	71919	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_017429	AAAAG	2	10	76660	76669	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017429	ATCAA	2	10	78358	78367	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_017429	TTTGT	2	10	85095	85104	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017429	AATAA	2	10	88094	88103	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017429	CTTTT	2	10	94166	94175	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_017429	ACAAA	2	10	97711	97720	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_017429	GCTCT	2	10	113984	113993	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_017429	TTGCA	2	10	136963	136972	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_017429	AAAAG	2	10	141433	141442	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017429	TTCTA	2	10	157216	157225	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_017429	CAAAA	2	10	161673	161682	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_017429	GGAAT	2	10	179359	179368	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017429	AGAAA	2	10	182471	182480	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017429	CGATA	2	10	187842	187851	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017429	CTAAG	2	10	202972	202981	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_017429	ATTTC	2	10	221497	221506	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_017429	CAATA	2	10	224620	224629	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_017429	TACAA	2	10	248332	248341	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_017429	TTTCA	2	10	264452	264461	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_017429	AAAGC	2	10	299287	299296	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_017429	TGTTT	2	10	302166	302175	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017429	GCAAC	2	10	334173	334182	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
30	NC_017429	CTTGT	2	10	334233	334242	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_017429	CCTTT	2	10	334688	334697	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
32	NC_017429	AAGGC	2	10	362443	362452	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_017429	GCTTC	2	10	364553	364562	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
34	NC_017429	AGTAG	2	10	364630	364639	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017429	TCTCT	2	10	368206	368215	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
36	NC_017429	AACAA	2	10	368589	368598	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_017429	AAAAC	2	10	368911	368920	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_017429	AAGCG	2	10	404421	404430	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_017429	GTATA	2	10	416670	416679	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017429	AGCAA	2	10	416706	416715	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_017429	AAAAT	2	10	418555	418564	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017429	CTCTT	2	10	428619	428628	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
43	NC_017429	TAAAA	2	10	431162	431171	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017429	AGAAA	2	10	436836	436845	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017429	CTCTT	2	10	436875	436884	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
46	NC_017429	GAAGA	2	10	436885	436894	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017429	AAATT	2	10	437164	437173	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017429	AATTT	2	10	437185	437194	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017429	ATAGA	2	10	450460	450469	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017429	TAAAA	2	10	465397	465406	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017429	CAAAA	2	10	485798	485807	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_017429	AATCT	2	10	503140	503149	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_017429	TTTCT	2	10	508740	508749	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_017429	CCTTT	2	10	509749	509758	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
55	NC_017429	TAAAA	2	10	514764	514773	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017429	AGGAA	2	10	516748	516757	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017429	ATGAA	2	10	516772	516781	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017429	TTGGA	2	10	524213	524222	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017429	CAAAA	2	10	524979	524988	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_017429	TTTTC	2	10	536656	536665	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_017429	AAAAG	2	10	557910	557919	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017429	GAAAA	2	10	565093	565102	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017429	ATTTT	2	10	566531	566540	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017429	ATACT	2	10	572603	572612	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_017429	AAAGG	2	10	581558	581567	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017429	CTTCT	2	10	622997	623006	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
67	NC_017429	TTTCC	2	10	629177	629186	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
68	NC_017429	ATTAA	2	10	637129	637138	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017429	TCGTC	2	10	650027	650036	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
70	NC_017429	TAAAA	2	10	685657	685666	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017429	TTTAT	2	10	697610	697619	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017429	TCATG	2	10	697805	697814	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_017429	AAAAC	2	10	701923	701932	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_017429	GAAAA	2	10	707272	707281	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017429	TTATT	2	10	714331	714340	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017429	GAAGA	2	10	737225	737234	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017429	AGAAT	2	10	760033	760042	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017429	AGGGG	2	10	760264	760273	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017429	AAAAG	2	10	780838	780847	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017429	AGGTA	2	10	784237	784246	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017429	TCCTT	2	10	785420	785429	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
82	NC_017429	AAAAC	2	10	796616	796625	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_017429	TTTCT	2	10	804837	804846	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_017429	AGAAA	2	10	813369	813378	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017429	CTTTT	2	10	859460	859469	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_017429	AGAAA	2	10	863812	863821	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017429	GAAGA	2	10	875986	875995	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017429	CTTTT	2	10	881506	881515	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_017429	TAGAA	2	10	889976	889985	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017429	CTTTT	2	10	906016	906025	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_017429	TTTTA	2	10	906761	906770	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017429	AGAGC	2	10	909049	909058	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
93	NC_017429	AAGAG	2	10	928723	928732	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017429	GCTAG	2	10	928749	928758	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
95	NC_017429	TCGTT	2	10	937144	937153	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_017429	TTCTT	2	10	940101	940110	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_017429	CTTCA	2	10	961988	961997	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
98	NC_017429	CTAGT	2	10	968845	968854	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
99	NC_017429	TAAAA	2	10	984838	984847	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017429	CGGGG	2	10	1006278	1006287	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
101	NC_017429	TATTT	2	10	1008437	1008446	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017429	CAAGC	2	10	1014746	1014755	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
103	NC_017429	TAGAA	2	10	1019865	1019874	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017429	TTTTC	2	10	1038233	1038242	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_017429	TTTTA	2	10	1042183	1042192	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.