MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Corynebacterium pseudotuberculosis PAT10 chromosome

Total Repeats: 99

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017305	AGCTTC	2	12	21470	21481	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_017305	TTTTCT	2	12	22073	22084	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_017305	GATGCC	2	12	69541	69552	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_017305	CAGAAG	2	12	74732	74743	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_017305	CTCACT	2	12	121028	121039	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
6	NC_017305	TGGGGC	2	12	182537	182548	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_017305	TTTGCC	2	12	320893	320904	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_017305	ACGGTA	2	12	321965	321976	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_017305	AATTTT	2	12	325226	325237	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017305	GCTATA	2	12	378621	378632	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_017305	ACGTTG	2	12	379149	379160	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_017305	TGAGTA	2	12	390416	390427	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017305	CTAAAA	2	12	397504	397515	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_017305	CCGAGA	2	12	423128	423139	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_017305	AGGGCT	2	12	429707	429718	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_017305	AGCTTT	2	12	469870	469881	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_017305	GTGCCT	2	12	480529	480540	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_017305	TGGTTC	2	12	483920	483931	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_017305	GCGCAA	2	12	524559	524570	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_017305	ATGCGT	2	12	543518	543529	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_017305	TGCTCG	2	12	584559	584570	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_017305	AAAAAG	2	12	613842	613853	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017305	GGGTGT	2	12	618493	618504	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017305	GTTTTT	2	12	620530	620541	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017305	AGCGAA	2	12	621607	621618	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_017305	CTGAGC	2	12	650846	650857	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_017305	GGCTGC	2	12	770167	770178	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_017305	GTTTTT	2	12	796243	796254	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017305	GGCGAC	2	12	845656	845667	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_017305	AGGGGT	2	12	874268	874279	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017305	CCGTGC	2	12	939205	939216	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
32	NC_017305	GACGGT	2	12	948226	948237	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_017305	GTGGTT	2	12	966139	966150	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017305	GGCAGA	2	12	1018040	1018051	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_017305	ATCGAT	2	12	1018149	1018160	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_017305	GGGTGT	2	12	1027026	1027037	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017305	GTTTTT	2	12	1029062	1029073	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017305	AGCGAA	2	12	1030139	1030150	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_017305	TCAACT	2	12	1082766	1082777	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_017305	AGAAAA	2	12	1148296	1148307	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017305	CAAGAA	2	12	1287088	1287099	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_017305	AATCTA	2	12	1414566	1414577	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_017305	TATTTC	2	12	1428714	1428725	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_017305	GACGGT	2	12	1447580	1447591	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_017305	TCCATC	2	12	1459139	1459150	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
46	NC_017305	TCTGGG	2	12	1460510	1460521	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_017305	GTCTGT	2	12	1475313	1475324	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_017305	AATTTC	2	12	1508732	1508743	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_017305	TCCATT	2	12	1541899	1541910	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_017305	CTGTGC	2	12	1549116	1549127	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_017305	CGTCGA	2	12	1575302	1575313	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_017305	CGTCGA	2	12	1575637	1575648	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_017305	CGTCGA	2	12	1575976	1575987	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_017305	AGCTGG	2	12	1597965	1597976	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_017305	TTGTGT	2	12	1637826	1637837	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017305	TTCATT	2	12	1710172	1710183	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_017305	TTAGCG	2	12	1743414	1743425	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_017305	ATTTTT	2	12	1751569	1751580	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017305	ATTGAC	2	12	1759337	1759348	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_017305	ACCCCT	2	12	1766604	1766615	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
61	NC_017305	AAAAGA	2	12	1812513	1812524	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017305	AGCTTT	2	12	1813712	1813723	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_017305	ACCTTT	2	12	1833111	1833122	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_017305	AGTGGT	2	12	1837956	1837967	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017305	TTCGCT	2	12	1855194	1855205	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_017305	AAAAAC	2	12	1856271	1856282	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_017305	CACCCA	2	12	1858308	1858319	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
68	NC_017305	CAACGC	2	12	1910204	1910215	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
69	NC_017305	TAATTT	2	12	1933397	1933408	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017305	CGCATA	2	12	1942372	1942383	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_017305	AAACAA	2	12	1949756	1949767	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_017305	CATTAT	2	12	1976132	1976143	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_017305	ACAGCC	2	12	1979606	1979617	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
74	NC_017305	TTTTCA	2	12	1983974	1983985	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_017305	TCCTTG	2	12	2030427	2030438	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_017305	TAGGTG	2	12	2032539	2032550	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017305	TACCCC	2	12	2041386	2041397	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
78	NC_017305	CATATA	2	12	2056149	2056160	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_017305	ATGTTG	2	12	2063420	2063431	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017305	GATGAG	2	12	2063884	2063895	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017305	CAAGGA	2	12	2063973	2063984	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_017305	TTCAAT	2	12	2068745	2068756	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_017305	GCACGC	2	12	2069967	2069978	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
84	NC_017305	TCCTTA	2	12	2085295	2085306	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_017305	AGGTCA	2	12	2086466	2086477	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_017305	GCTTGG	2	12	2086954	2086965	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_017305	TTTAGT	2	12	2095101	2095112	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017305	GCAACC	2	12	2120459	2120470	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
89	NC_017305	CGTCCG	2	12	2120748	2120759	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
90	NC_017305	CCCCCG	2	12	2121985	2121996	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
91	NC_017305	CATAGA	2	12	2186845	2186856	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_017305	AGAAAA	2	12	2195186	2195197	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017305	CGATGC	2	12	2210183	2210194	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_017305	TTCGCT	2	12	2228473	2228484	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_017305	AAAAAC	2	12	2229550	2229561	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_017305	CACCCA	2	12	2231588	2231599	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
97	NC_017305	GAATAG	2	12	2238162	2238173	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017305	TGCCCA	2	12	2307583	2307594	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
99	NC_017305	TTTTCT	2	12	2324974	2324985	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.