MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Candidatus Tremblaya princeps PCVAL chromosome

Total Repeats: 121

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017293	GAAA	2	8	50	57	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017293	TGCT	2	8	353	360	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
3	NC_017293	GTCG	2	8	482	489	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
4	NC_017293	AGGG	2	8	775	782	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017293	GGTG	2	8	1592	1599	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017293	GCCT	2	8	2964	2971	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
7	NC_017293	AACT	2	8	2995	3002	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
8	NC_017293	CCTT	2	8	3017	3024	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
9	NC_017293	GCTG	2	8	3682	3689	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
10	NC_017293	GCTG	2	8	3729	3736	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
11	NC_017293	CTGG	2	8	3866	3873	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
12	NC_017293	GCTG	2	8	4107	4114	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
13	NC_017293	TCTT	2	8	4444	4451	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
14	NC_017293	GCAG	2	8	4629	4636	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
15	NC_017293	GCGA	2	8	4861	4868	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
16	NC_017293	AGGC	2	8	4913	4920	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
17	NC_017293	ATGC	2	8	4981	4988	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
18	NC_017293	GCAC	2	8	8120	8127	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
19	NC_017293	TTCG	2	8	8274	8281	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
20	NC_017293	GTGC	2	8	9137	9144	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
21	NC_017293	TTGC	2	8	11883	11890	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
22	NC_017293	GCTG	2	8	11919	11926	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
23	NC_017293	GTAG	2	8	15513	15520	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017293	GCCT	2	8	15580	15587	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
25	NC_017293	GCAT	2	8	15612	15619	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
26	NC_017293	GCAG	2	8	15700	15707	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
27	NC_017293	AAGT	2	8	15993	16000	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017293	GATG	2	8	16301	16308	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017293	TGCA	2	8	21788	21795	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
30	NC_017293	CTAT	2	8	21979	21986	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
31	NC_017293	CAGA	2	8	26736	26743	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
32	NC_017293	TACC	2	8	27731	27738	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
33	NC_017293	TGGG	2	8	27959	27966	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017293	GCGA	2	8	28599	28606	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
35	NC_017293	ACCG	2	8	28794	28801	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
36	NC_017293	GAGG	2	8	28971	28978	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017293	AAAG	2	8	29441	29448	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017293	CACT	2	8	30509	30516	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
39	NC_017293	CGTC	2	8	31544	31551	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
40	NC_017293	GAGT	2	8	32991	32998	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017293	ACTT	2	8	33881	33888	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
42	NC_017293	CATC	2	8	33940	33947	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
43	NC_017293	TGAG	2	8	33991	33998	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017293	ATCT	2	8	34662	34669	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
45	NC_017293	CTGC	2	8	34705	34712	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
46	NC_017293	TGCA	2	8	35222	35229	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
47	NC_017293	TGCT	2	8	35888	35895	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
48	NC_017293	CCAG	2	8	35924	35931	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
49	NC_017293	GCGA	2	8	36972	36979	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
50	NC_017293	GGCT	2	8	38074	38081	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
51	NC_017293	CGCA	2	8	44451	44458	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
52	NC_017293	AGTA	2	8	44611	44618	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017293	CTAT	2	8	44814	44821	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
54	NC_017293	CAGC	2	8	45279	45286	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
55	NC_017293	GCGA	2	8	45954	45961	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
56	NC_017293	CCTG	3	12	47616	47627	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
57	NC_017293	TAAG	2	8	48159	48166	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017293	AAGC	2	8	48457	48464	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
59	NC_017293	TGGC	2	8	50535	50542	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
60	NC_017293	GGCA	2	8	50615	50622	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
61	NC_017293	CTGG	2	8	50662	50669	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
62	NC_017293	GCAG	2	8	52188	52195	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
63	NC_017293	GGGT	2	8	52635	52642	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017293	TAGC	2	8	53046	53053	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
65	NC_017293	TGCA	2	8	53737	53744	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
66	NC_017293	GCAC	2	8	53789	53796	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
67	NC_017293	AGCC	2	8	57453	57460	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
68	NC_017293	AACA	2	8	57614	57621	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
69	NC_017293	CATC	2	8	57966	57973	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_017293	GTGC	2	8	58691	58698	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
71	NC_017293	TGGA	2	8	60328	60335	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017293	CTAC	2	8	62118	62125	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
73	NC_017293	CTGC	2	8	62360	62367	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
74	NC_017293	GCAG	2	8	62559	62566	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
75	NC_017293	GACA	2	8	63223	63230	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
76	NC_017293	GCAT	2	8	63319	63326	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
77	NC_017293	AGTA	2	8	65732	65739	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017293	ATGC	2	8	66009	66016	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
79	NC_017293	GCGG	2	8	66137	66144	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
80	NC_017293	TGCC	2	8	67789	67796	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
81	NC_017293	GACA	2	8	68045	68052	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
82	NC_017293	CGCA	2	8	68062	68069	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
83	NC_017293	GCGA	2	8	68207	68214	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
84	NC_017293	AAGG	2	8	68338	68345	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017293	AAGG	2	8	68390	68397	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017293	TCAC	2	8	73222	73229	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
87	NC_017293	GAAG	2	8	103492	103499	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017293	GGAC	2	8	103584	103591	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
89	NC_017293	GAGT	2	8	104619	104626	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017293	CTTT	2	8	105688	105695	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
91	NC_017293	CCTC	2	8	106158	106165	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
92	NC_017293	TCGG	2	8	106334	106341	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
93	NC_017293	TCGC	2	8	106530	106537	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
94	NC_017293	CCCA	2	8	107170	107177	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
95	NC_017293	CTCC	2	8	107207	107214	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
96	NC_017293	TCTG	2	8	108393	108400	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
97	NC_017293	CTGC	2	8	110662	110669	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
98	NC_017293	AGCA	2	8	110958	110965	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
99	NC_017293	CAGC	2	8	112000	112007	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
100	NC_017293	CGGC	2	8	113572	113579	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
101	NC_017293	CCAT	2	8	114063	114070	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
102	NC_017293	TGCA	2	8	114120	114127	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
103	NC_017293	TAGA	2	8	115219	115226	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017293	CCAT	2	8	116938	116945	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_017293	TAGC	2	8	117140	117147	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
106	NC_017293	CTGG	2	8	123087	123094	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
107	NC_017293	GCAA	2	8	126882	126889	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_017293	TTCG	2	8	128455	128462	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
109	NC_017293	GCAC	2	8	128665	128672	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
110	NC_017293	TGCA	2	8	128982	128989	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_017293	CTGG	2	8	129127	129134	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
112	NC_017293	CAGC	2	8	129160	129167	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
113	NC_017293	TCAG	2	8	129254	129261	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
114	NC_017293	GTCG	2	8	129631	129638	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
115	NC_017293	GGGC	2	8	129859	129866	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
116	NC_017293	GTGA	2	8	129913	129920	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017293	GCCT	2	8	130068	130075	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
118	NC_017293	TCCT	2	8	134227	134234	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
119	NC_017293	TGCG	2	8	134381	134388	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
120	NC_017293	GAGC	2	8	135816	135823	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
121	NC_017293	GGCA	2	8	136038	136045	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.