MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydophila psittaci 08DC60 chromosome

Total Repeats: 141

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017290	TGTTT	2	10	6761	6770	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017290	ATAAA	2	10	34287	34296	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017290	TTTTG	2	10	52489	52498	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017290	TTAAT	2	10	57969	57978	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017290	CACTT	2	10	71134	71143	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
6	NC_017290	AATTT	2	10	77747	77756	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017290	AGGAA	2	10	84759	84768	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017290	AGAAA	2	10	87356	87365	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017290	AATTA	2	10	93965	93974	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017290	ATTTG	2	10	98962	98971	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017290	AAAAT	2	10	99683	99692	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017290	CTTTT	2	10	108365	108374	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_017290	AGCTT	2	10	108476	108485	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
14	NC_017290	CTTTT	2	10	122881	122890	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_017290	TTCTT	2	10	131364	131373	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_017290	TTTTA	2	10	148193	148202	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017290	TAAAT	2	10	164513	164522	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017290	TTTTC	2	10	169265	169274	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_017290	CAAAA	2	10	173585	173594	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_017290	CGCAT	2	10	173955	173964	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
21	NC_017290	AATGT	2	10	187387	187396	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017290	TTTTA	2	10	193928	193937	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017290	CCCTA	2	10	195291	195300	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
24	NC_017290	GTTTT	2	10	198643	198652	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017290	ATTAA	2	10	201067	201076	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017290	ATAAA	2	10	225901	225910	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017290	ATTTT	2	10	226758	226767	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017290	TAAAA	2	10	240129	240138	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017290	TTTAA	2	10	255892	255901	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017290	AAGAT	2	10	255966	255975	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017290	GAAGA	2	10	267660	267669	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017290	TAAAA	2	10	274675	274684	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017290	ATTTT	2	10	289740	289749	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017290	AAAGG	2	10	301457	301466	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017290	ATAGG	2	10	307684	307693	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017290	CATAG	2	10	310419	310428	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_017290	AAGAA	2	10	317168	317177	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017290	TAAGA	2	10	318967	318976	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017290	AACTC	2	10	327737	327746	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
40	NC_017290	AAGAC	2	10	329357	329366	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_017290	CAAAG	2	10	329538	329547	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_017290	TGAAA	2	10	332758	332767	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017290	ATTAT	2	10	342259	342268	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017290	CTTTT	2	10	343141	343150	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_017290	TTTCT	2	10	347579	347588	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_017290	AATAA	2	10	350944	350953	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017290	TGAAA	2	10	352172	352181	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017290	GTATT	2	10	363302	363311	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017290	GCATA	2	10	369399	369408	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
50	NC_017290	GAATA	2	10	371380	371389	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017290	CACTA	2	10	390030	390039	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
52	NC_017290	GTTTC	2	10	391130	391139	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_017290	TTTAA	2	10	397277	397286	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017290	ATTTT	2	10	446567	446576	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017290	GCTTC	2	10	455481	455490	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
56	NC_017290	ATAGA	2	10	463477	463486	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017290	ATGTA	2	10	470366	470375	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017290	TAAAT	2	10	477008	477017	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017290	AACTT	2	10	477021	477030	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_017290	TGAGA	2	10	477129	477138	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017290	TAAAT	2	10	478294	478303	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017290	AAATA	2	10	483687	483696	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017290	TTAAA	2	10	484847	484856	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017290	TTTAC	2	10	493671	493680	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_017290	AAAAT	2	10	493728	493737	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017290	AATCT	2	10	504521	504530	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_017290	TAGGG	2	10	504646	504655	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017290	TAAAA	2	10	549018	549027	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017290	TTTCT	2	10	559608	559617	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_017290	AAATA	3	15	559621	559635	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017290	TTATT	2	10	570913	570922	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017290	ATTAA	2	10	570951	570960	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017290	ATATA	2	10	585378	585387	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017290	ACAAA	2	10	586636	586645	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_017290	CAATA	2	10	592236	592245	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_017290	AATTA	2	10	593106	593115	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017290	ATTTA	2	10	597357	597366	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017290	ATTTT	2	10	601227	601236	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017290	TATCC	2	10	622721	622730	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
80	NC_017290	AGGGG	2	10	630544	630553	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017290	ATCAA	2	10	654189	654198	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_017290	TTTTA	2	10	657180	657189	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017290	ATTCT	2	10	661009	661018	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_017290	AAGAG	2	10	663398	663407	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017290	TCTTA	2	10	664546	664555	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_017290	AAATA	2	10	664577	664586	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017290	CTAAG	2	10	667552	667561	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
88	NC_017290	AAAAT	2	10	669421	669430	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017290	TTAAT	2	10	669438	669447	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017290	CACAA	2	10	673980	673989	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
91	NC_017290	TAAAA	2	10	675833	675842	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017290	TAAAA	2	10	692146	692155	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017290	GTCTT	2	10	708532	708541	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
94	NC_017290	GAGTT	2	10	710132	710141	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017290	GTCTT	2	10	711211	711220	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_017290	AAACA	2	10	711512	711521	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_017290	GTCTT	2	10	713890	713899	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
98	NC_017290	TAACC	2	10	714155	714164	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
99	NC_017290	TCACA	2	10	714673	714682	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
100	NC_017290	CAGAG	2	10	726425	726434	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
101	NC_017290	GGCCT	2	10	758350	758359	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
102	NC_017290	AATCA	2	10	760332	760341	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_017290	GAAAA	2	10	801973	801982	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017290	AGCTA	2	10	805114	805123	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_017290	TTTAC	2	10	807037	807046	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_017290	AAGAA	2	10	809731	809740	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017290	GTTTT	2	10	818808	818817	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017290	TCTTT	2	10	834596	834605	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_017290	ATTTT	2	10	844556	844565	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017290	AGAAC	2	10	855033	855042	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
111	NC_017290	TAAAA	2	10	864469	864478	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017290	AAAAG	2	10	866183	866192	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017290	TCAAA	2	10	867749	867758	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_017290	TAAAA	2	10	873183	873192	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017290	AAAAG	2	10	881135	881144	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017290	TTTTC	2	10	884272	884281	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_017290	AAGTT	2	10	894032	894041	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017290	TCTAT	2	10	920505	920514	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_017290	AAAAG	2	10	920585	920594	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017290	TTAAA	2	10	933530	933539	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017290	TTCTT	2	10	946752	946761	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_017290	ACTAG	2	10	954344	954353	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_017290	AATTA	2	10	959040	959049	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017290	CCCTT	2	10	972112	972121	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
125	NC_017290	AATTT	2	10	984120	984129	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017290	TCTTT	2	10	995588	995597	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
127	NC_017290	TATTG	2	10	995783	995792	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017290	TAAAT	2	10	1013141	1013150	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017290	TAGAT	2	10	1019229	1019238	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017290	GTAAC	2	10	1019566	1019575	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
131	NC_017290	AACCT	2	10	1021044	1021053	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
132	NC_017290	TAACT	2	10	1021971	1021980	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_017290	ACATA	2	10	1022710	1022719	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_017290	CTTTC	2	10	1023790	1023799	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
135	NC_017290	CTTCT	2	10	1024897	1024906	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
136	NC_017290	TTAAA	2	10	1031851	1031860	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017290	AACAA	2	10	1032064	1032073	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_017290	TAAAA	2	10	1056667	1056676	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017290	AGCCC	2	10	1070290	1070299	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
140	NC_017290	TTAAT	2	10	1073228	1073237	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017290	AAAAG	2	10	1154576	1154585	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.